• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

濃縮された遺伝子発現セットのリポソーム封入による生命システム再構成条件の探索

Research Project

Project/Area Number 11J03718
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Molecular biology
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

藤原 慶  東北大学, 大学院工学研究科, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2011 – 2013
Project Status Completed (Fiscal Year 2013)
Budget Amount *help
¥2,400,000 (Direct Cost: ¥2,400,000)
Fiscal Year 2013: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2012: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2011: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Keywords細胞再構成 / 無細胞翻訳 / セントラルドグマ / 人工細胞 / 再構成 / 細胞抽出液 / タンパク質安定性
Research Abstract

本研究の目的である「物質からの細胞再構成」のための道筋理解に向けて、以下の2つの成果を上げた。
1. 試験管内でのセントラルドグマサイクルの再構築
生命の自己複製はDNA複製、転写、翻訳といったセントラルドグマの流れが繰り返されること(セントラルドグマサイクル)により成り立つが、この過程を試験管内で再現した。転写と翻訳に必須の因子のみからなるが、DNA複製系をもたないPURE systemを用い、大腸菌のDNA複製系を発現させた。昨年までに見出した、DNA複製に関与する13遺伝子を機能的に発現できる条件を活用し、本年度はこれら13の因子が共同的に働くことを確認した。結果、27℃ 1晩の発現を行った場合、同時に発現したタンパク質群も発現後に共同してDNA複製を行うことが示された。さらに、特殊な遺伝子回路を設計により、試験管内でセントラルドグマサイクルが回ることを実証した。
2. 細胞内と同等の成分を持つ人工脂質二重膜小胞の構築と解析
生命を細胞抽出液から再構成するための手段を明らかにするため、昨年度までに調製に成功した無添加細胞抽出液(AFCE)を、細胞同様に脂質二重膜小胞(リポソーム)に内包する手法を開発した。昨年度までに、リポソームの半透膜的性質を用いて、外部浸透圧と内部浸透圧の差により内部高分子の濃縮可能性を示していた。そこで本年度は、より定量的な解析と、単成分タンパク質であるBSAを内在させたリポソーム(BSAリポソーム)とAFCEリポソームの違いを解析した。BSAリポソームは理論と同様、最初に与える外部浸透圧と内部浸透圧の比により最終的なリポソーム内の高分子濃度が決定されたが、本手法でAFCEを濃縮した場合、生体高分子濃度300mg/mL近傍で濃縮が停止する現象が見られた。同時に、余剰膜はBSAリポソームと異なるチューブ状変形を提示することを見出した。これらの結果により、単成分であるBSAと多成分であるAFCEでは本質的に内部パラメーターが異なることを示した。

Strategy for Future Research Activity

(抄録なし)

Report

(3 results)
  • 2013 Annual Research Report
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • Research Products

    (30 results)

All 2014 2013 2012 2011

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (20 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Generation of Giant Liposomes Containing Biomacromolecules at Physiological Intracellular Concentrations Using External Osmotic Pressure2014

    • Author(s)
      K. Fujiwara, M. Yanagisawa
    • Journal Title

      ACS synthetic biology

      Volume: (印刷中)(掲載確定) Issue: 12 Pages: 870-874

    • DOI

      10.1021/sb4001917

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cooperative working of bacterial chromosome replication proteins generated by a reconstituted protein expression system2013

    • Author(s)
      K. Fujiwara, T. Katayama, S-i. M. Nomura
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 41(13) Issue: 14 Pages: 7176-7183

    • DOI

      10.1093/nar/gkt489

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A bacterial salt sensor created by multiplying phenotypes of GroE-depleted Escherichia coli2013

    • Author(s)
      K. Fujiwara, K. B. Aoi, S-i. M. Nomura
    • Journal Title

      Analytical methods

      Volume: 5(21) Issue: 21 Pages: 5918-5922

    • DOI

      10.1039/c3ay41092g

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular robotics approach for constructing artificial cell model2013

    • Author(s)
      S-i. M. Nomura, Y. Sato, K. Fujiwara
    • Journal Title

      12th European Conference on Artificial Life

      Volume: NA Pages: 488-491

    • DOI

      10.7551/978-0-262-31709-2-ch070

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Construction of remote-control supramolecular micro-crawler2013

    • Author(s)
      D. Komatsu, K. Fujiwara, S-i. M. Nomura
    • Journal Title

      12th European Conference on Artificial Life

      Volume: NA Pages: 208-209

    • DOI

      10.7551/978-0-262-31709-2-ch031

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 細胞内濃厚環境に近づいた無細胞発現系2013

    • Author(s)
      藤原慶, 野村M. 慎一郎
    • Journal Title

      生物物理

      Volume: 53(5) Pages: 262-263

    • NAID

      10031191849

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Physicochemical analysis from real-time imaging of liposome tabulation reveals the characteristic of individual F-BAR domain proteins2013

    • Author(s)
      Takiguchi Y, Itoh T, Tsujita K, Yamada S, Yanagisawa M, Fujiwara K, Ichikawa M, Yamamoto A, Takiguchi K
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 29 Issue: 1 Pages: 328-336

    • DOI

      10.1021/la303902q

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Condensation of an additive-free cell extract to mimic the conditions of live cells2013

    • Author(s)
      Fujiwara K, Nomura SM
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 8 Issue: 1 Pages: e54155-e54155

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0054155

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of methionine synthase overexpression in chaperonin-depleted Escherichia coli2012

    • Author(s)
      Fujiwara K, Taguchi H
    • Journal Title

      Micobiology

      Volume: 158 Issue: 4 Pages: 917-924

    • DOI

      10.1099/mic.0.055079-0

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cell-Sized confinement in microspheres accelerates the reaction of gene expression2012

    • Author(s)
      Kato A, Yanagisawa M, Sato YT, Fuiiwara K, Yoshikawa K
    • Journal Title

      Scientific Report

      Volume: 2 Issue: 1 Pages: 283-283

    • DOI

      10.1038/srep00283

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ミドルアウトと分子ロボティクスの両アプローチによる人工細胞モデル構築2013

    • Author(s)
      野村M. 慎一郎, 藤原 慶
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      2013-12-03
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 再構成無細胞翻訳系を用いたゲノム型DNA複製システムの発現2013

    • Author(s)
      藤原 慶, 片山 勉, 野村M. 慎一郎
    • Organizer
      細胞を創る研究会6.0
    • Place of Presentation
      鶴岡メタボロームキャンパス
    • Year and Date
      2013-11-14
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Generation of artificial cells that mimic living cells2013

    • Author(s)
      藤原 慶, 西澤 賢治, 柳澤 実穂, 野村M. 慎一郎, 水野 大介
    • Organizer
      第51回生物物理学会年会・若手
    • Place of Presentation
      京都国際会議場
    • Year and Date
      2013-10-28
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 生命に近い人工細胞の構築から迫る細胞と無細胞の違い2013

    • Author(s)
      藤原 慶, 柳澤 実穂
    • Organizer
      第8回 無細胞生命科学研究会
    • Place of Presentation
      新潟大学
    • Year and Date
      2013-10-21
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Microrheology study of crowding effects on cell mechanics2013

    • Author(s)
      K. Nishizawa, K. Fujiwara, M. Bremerich, M. Yanagisawa, D. Mizuno
    • Organizer
      International Soft Matter Conference 2013
    • Place of Presentation
      Rome, Italy
    • Year and Date
      2013-09-18
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌細胞と細胞抽出液の再構成に向けた試み2013

    • Author(s)
      藤原 慶, 片山 勉, 柳澤 実穂, 野村M. 慎一郎
    • Organizer
      第10回 21世紀大腸菌研究会
    • Place of Presentation
      ラフォーレ修善寺
    • Year and Date
      2013-06-21
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 外部浸透圧による生細胞内と同等の高分子濃度を持つ人工細胞の創成2013

    • Author(s)
      藤原 慶, 柳澤 実穂
    • Organizer
      第1回西日本非平衡ミニシンポジウム
    • Place of Presentation
      九州大学
    • Year and Date
      2013-05-31
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞内に近い高分子濃度を持つ無添加細胞抽出液の調製とその解析2013

    • Author(s)
      藤原慶、柳澤実穂、野村M.慎一郎
    • Organizer
      日本農芸化学会2013年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2013-03-25
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞模写人工細胞の構築と試験管で生まれるゲノム複製マシーナリー2013

    • Author(s)
      藤原慶
    • Organizer
      第4回 Yet Another Cells 研究会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2013-03-19
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Chromosome replication machineries of Escherichia coli generated by a reconstituted protein expression system2013

    • Author(s)
      K. Fujiwara, T. Katayama, S-i. M. Nomura
    • Organizer
      Synthetic biology meeting 6.0
    • Place of Presentation
      Imperial College London, UK
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞内に近い高分子濃度を持つ無添加細胞抽出液の調製とその解析2012

    • Author(s)
      藤原慶、野村M.慎一郎
    • Organizer
      生物物理学会東北支部会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2012-12-21
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞内に近い高分子濃度を持つ無添加細胞抽出液の調製とその解析2012

    • Author(s)
      藤原慶、柳澤実穂、野村M.慎一郎
    • Organizer
      細胞を創る研究会5.0
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2012-11-21
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 再構成型無細胞翻訳系を用いたゲノム型DNA複製システムの発現2012

    • Author(s)
      藤原慶、片山勉、野村M.慎一郎
    • Organizer
      無細胞生命科学研究会
    • Place of Presentation
      愛媛大学
    • Year and Date
      2012-11-18
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] A method to prepare cell extract near intracellular concentration without additional salts and buffers2012

    • Author(s)
      藤原慶、野村M.慎一郎
    • Organizer
      第50回生物物理学会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2012-09-22
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞抽出液からの大腸菌再構成への取り組み : 濃縮無添加S30の調製2012

    • Author(s)
      藤原慶、野村M.慎一郎
    • Organizer
      第九回21世紀大腸菌研究会
    • Place of Presentation
      長浜ロイヤルホテル
    • Year and Date
      2012-06-21
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 超純水と超音波による簡便なcell-free翻訳溶液調製2012

    • Author(s)
      藤原慶、野村慎一郎
    • Organizer
      日本農芸化学会2012年度大会
    • Place of Presentation
      京都女子大
    • Year and Date
      2012-03-23
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] YACを見据えた「物質からの細胞再構成に必要な条件の探索」2012

    • Author(s)
      藤原慶
    • Organizer
      Yet Another Cell研究会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2012-01-26
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 超純水と超音波で調製した無細胞タンパク質合成系2011

    • Author(s)
      藤原慶、野村慎一郎
    • Organizer
      第六回無細胞生命科学研究会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学
    • Year and Date
      2011-11-17
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] A bacterial ion-sensing device without electrodes2011

    • Author(s)
      藤原慶、青井啓太、野村慎一郎
    • Organizer
      細胞を創る研究会4.0
    • Place of Presentation
      北千里ライフサイエンスセンター
    • Year and Date
      2011-10-27
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] A bacterial ion-sensing device without electrodes2011

    • Author(s)
      藤原慶、青井啓太、野村慎一郎
    • Organizer
      第49回生物物理学会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学
    • Year and Date
      2011-09-18
    • Related Report
      2011 Annual Research Report

URL: 

Published: 2011-12-12   Modified: 2024-03-26  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi