• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

複雑な大規模生命ネットワークデータを解釈するための自在なグラフナビゲーション

Research Project

Project/Area Number 11J03823
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Bioinformatics/Life informatics
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

プラーニーナラーラト タネート  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2011 – 2012
Project Status Completed (Fiscal Year 2012)
Budget Amount *help
¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2012: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2011: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Keywordsバイオインフォマティクス / 可視化 / Google Maps / 生命ネットワーク / グラフクラスタリング / Cytoscape
Research Abstract

本年度は以前開発してきた対話的・マルチスケールグラフナビゲーション技術がより幅広い生物学研究者にとって有用なものになるように、ネットワーク可視化・解析プラットフォームとしてデファクトスタンダードとなっているCytoscape上で本手法をプラグインとして実装した。また、スピードや各機能に関しても最適化を行った。さらに、機能ゲノム科学の様々なデータに対しての有用性を確認するため、昨年度に出芽酵母のタンパク質相互作用ネットワークデータを本手法によって解析した結果に加えて、植物のモデル生物として有名であるシロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)の遺伝子の共発現データ(ATTED-II、http://atted.jp/)に対して、前述の開発したプラグインを応用した。その結果、大規模である約20万エッジのネットワークデータを直感的で階層的に表示できるのみでなく、ある機能の未知な遺伝子が制御応答に関係していることの発見に有効であった。本進捗はゲノミクス分野の中心的な査読付き国際学術誌であるBMC Genomics誌に掲載され、査読者からの評価も良好であった。また、様々なキーワードに関係する文献収集のネットワークデータを作成し、本手法の応用も行った。すると、本手法のProperty-Basedクラスタリングは相当遅くなることが分かった。今後の展望として、エッジが比較的少ないネットワークに対しても本手法のスピードが下がらないよう、さらに改善を行う予定である。

Report

(2 results)
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2012 2011 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (4 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Integration of interactive, multi-scale network navigation approach with Cytoscape for functional genomics in the big data era2012

    • Author(s)
      Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, and Wataru Iwasaki
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 13(Suppl 7) Issue: Suppl 7 Pages: S24-S24

    • DOI

      10.1186/1471-2164-13-s7-s24

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interactive, multiscale navigation of large and complicated biological networks2011

    • Author(s)
      Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 27 Issue: 8 Pages: 1121-1127

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btr083

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Integration of interactive, multi-scale network navigation approach with Cytoscape for functional genomics in the big data era2012

    • Author(s)
      Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, and Wataru Iwasaki
    • Organizer
      11th International Conference on Bioinformatics (In CoB2012)
    • Place of Presentation
      Bangkok, Thailand
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Navi Cluster CS: a Cytoscape Plug-in for Interactively Navigating Large Biological Networks 1n a Multi-Scale Manner2012

    • Author(s)
      Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, and Wataru Iwasaki
    • Organizer
      6th Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology
    • Place of Presentation
      Shenzhen, China
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Interactive, multiscale navigation of large and complicated biological networks2011

    • Author(s)
      Thanet Praneenararat
    • Organizer
      5th Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology
    • Place of Presentation
      Daejeon, Korea
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Interactive, multiscale navigation of large and complicated biological networks2011

    • Author(s)
      Thanet Praneenararat
    • Organizer
      19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 10th European Conference on Computational Biology
    • Place of Presentation
      Vienna, Austria
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://navicluster.cb.k.u-tokyo.ac.jp/

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://navicluster.cb.k.u-tokyo.ac.jp/cs/

    • Related Report
      2011 Annual Research Report

URL: 

Published: 2011-12-12   Modified: 2024-03-26  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi