微生物ゲノム情報に基づいた新規代謝機構の解明

• Project/Area Number: 11J03910
• Research Category: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 国内
• Research Field: Chemistry related to living body
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: 横大路 裕介 京都大学, 工学研究科, 特別研究員(DC2)
• Project Period (FY): 2011 – 2012
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2012)
• Budget Amount: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000); Fiscal Year 2012: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000); Fiscal Year 2011: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
• Keywords: アーキア / 代謝 / アミノ酸代謝 / Glutamatic acid / glutamate dehydrogenase / Thermococcus / glutamic acid

Research Abstract

本研究ではアーキアの未知の代謝に着目し、ゲノム情報を利用して新規代謝経路の解明に努めてきた。特に超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisの中央代謝の一つであるアミノ酸異化代謝についてより深い理解を目指した。本代謝は3段階の反応で行われる。まず初段階のアミノ基の酸化反応を触媒するamino acid dehydrogenase活性を細胞抽出液を用いて検討したところ、Gluに対する高い活性とAla,Val,Gln,Cys,Thrに対する弱い活性が検出された。
一方ゲノム情報からはglutamate dehydrogenase (GDH)のみ存在が推定されていた。そこでGDH遺伝子を破壊したところ、Thr以外のアミノ酸に対する活性が検出されず、これらがGDHによるものであったことが明らかとなった。さらにアミノ酸のみに依存した生育条件ではGDH破壊株は全く生育せず、GDHが全ての異化代謝されるアミノ酸の初期酸化を担っていることが明らかとなった。またGDH破壊株はpyruvateを添加した培地では通常通り生育した。この時培養液のアミノ酸および対応する有機酸を定量すると、宿主株よりもアミノ酸全体の分解がより進んでいた。つまりpyruvateのような2-オキソ酸が豊富に存在する時、GDHはアミノ酸の異化代謝を全体的に抑える役割を持っていることが明らかとなった。
次にGluの異化代謝の2,3段階目について遺伝学的解析を行った。ゲノム上にそれぞれ5つ存在するホモログ遺伝子のうち、生化学的解析により同定されていた2-oxoglutarate : ferredoxin oxidoreductaseおよびsuccinyl-CoA synthetaseのみがGluの異化代謝に寄与していることを破壊株の生育の観察と培地中のアミノ酸・有機酸の定量により明らかにした。

Research Products

• [Journal Article] Genetic examination of initial amino acid oxidation and glutamate catabolism in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis (2013)
  • Author(s): Yokooji, Y., Sato, T., Fujiwara, S., Imanaka. T., Atomi, H.
  • Journal Title: Journal of Bacteriology Volume: VOL 195 Issue: 9 Pages: 1940-1948
  • DOI: 10.1128/jb.01979-12
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] CoA biosynthesis in archaea (2013)
  • Author(s): Atomi, H., Tomita, H., Ishibashi, T., Yokooji, Y., Imanaka, T.
  • Journal Title: Biochemical Society Transactions Volume: VOL 41 Issue: 1 Pages: 427-431
  • DOI: 10.1042/bst20120311
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Programmable plasmid interference by the CRISPR-Cas system in Thermococcus kodakarensis (2013)
  • Author(s): Elmore, JR., Yokooji, Y., Sato, T., Olson, S., Glover, CV. 3rd, Graveley, BR., Atomi, H., Terns, RM., Terns MP.
  • Journal Title: RNA biology Volume: VOL 10(印刷中)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Biochemical characterization of pantoate kinase, a novel enzyme necessary for coenzyme A biosynthesis in the Archaea (2012)
  • Author(s): Tomita, H., Yokooji, Y., Ishibashi, T., Imanaka. T., Atomi. H.
  • Journal Title: Journal of Bacteriology Volume: VOL 194 Issue: 19 Pages: 5434-5443
  • DOI: 10.1128/jb.06624-11
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A detailed biochemical characterization of phosphopantothenate synthetase, a novel enzyme involved in coenzyme A biosynthesis in the Archaea (2012)
  • Author(s): Ishtbashi, T., Tomita, H., Yokooji, Y., Morikita, T., Watanabe, B., Hiratake, J., Kishimoto, A., Kita, A., Miki, K., Imanaka
  • Journal Title: Extremophiles Volume: VOL 16 Issue: 6 Pages: 819-828
  • DOI: 10.1007/s00792-012-0477-5
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Biochemical and genetic characterization of the three metabolic routes in Thermococcus kodakarensis linking glyceraldehyde 3-phosphate and 3-phosphoglycerate (2011)
  • Author(s): Matsubara K, Yokooji Y, Atomi H, Imanaka T
  • Journal Title: Molecular Microbiology Volume: 81巻5号 Issue: 5 Pages: 1300-1312
  • DOI: 10.1111/j.1365-2958.2011.07762.x
  • Peer Reviewed