新規G蛋白質共役受容体の構造解析と構造に基づいたリガンド設計
| Project/Area Number |
11J04341
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
General medical chemistry
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
中根 崇智 京都大学, 医学研究科, 特別研究員(DC1)
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| Project Period (FY) |
2011 – 2013
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2013)
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| Budget Amount *help |
¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Fiscal Year 2013: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2012: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2011: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
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| Keywords | G蛋白質共役受容体 / 構造生物学 / X線結晶回折法 / 膜蛋白質 / ハイスループット / ソフトェア開発 / ソフトウェア開発 |
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| Research Abstract |
本年度は、バイオインフォマティクスを専門とする研究室に所属して、ソフトウェア開発を中心に進めた。1年目・2年目に最適化したGPCR発現コンストラクトの発現・精製・結晶化も、前所属研究室の浅田・豊田・辻本らにより継続して行われた。
蛋白質-リガンド複合体のドッキング・シミュレーションとその可視化 : 蛋白質の構造に対して、候補となる化合物の結合シミュレーションを行うのは、構造に基づいた創薬の第一段階である。共同研究により、ドッキング・シミュレーション手法の改良と、可視化ソフトウェアの開発に取り組んだ。特に、WebGL技術を用いてWebブラウザ上で高速に複合体を表示できるシステムiviewを開発し、論文発表した。本システムは、Webを通じたリガンドデータベースの提供などにも応用可能である。
X線結晶回折用のソフトウェア開発 : GPCRを始めとする膜蛋白質の結晶は非常に小さく、回折能も弱いため、X線回折データの収集と処理には特別な配慮が必要となる。昨年度に引き続き、マイクロフォーカスビームを使ったラスタースキャンによる結晶位置同定を効率化するソフトウェアなどの開発に取り組んだ。
ハイスループット化 : 初年度に開発した以下のソフトウェアの改良を継続した。これらのプログラムは、ラボ内でのパイプラインの一部として活用されている。
・出芽酵母における相同組換えを利用した変異体作成を支援するプログラム
・蛍光ゲル濾過法による蛋白質の単分散性評価のための高速液相クロマトグラフィー(HPLC)データの処理ソフトウェア
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| Strategy for Future Research Activity |
(抄録なし)
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Report
(3 results)
Research Products
(8 results)
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[Journal Article] Evaluation of the Pichia pastoris expression system for the production of GPCRs for structural analysis2011
Author(s)
Asada, H., Uemura, T., Yurugi-Kobayashi, T., Shiroishi, M., Shimamura, T., Tsujimoto, H., Ito, K., Sugawara, T., Nakane, T., Nomura, N., Murata, T., Haga, T., Iwata, S., Kobayashi, T
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Journal Title
Microbial Cell Factories
Volume: 10
Issue: 1
Pages: 24-24
DOI
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Peer Reviewed
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