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人工核酸塩基を基盤としたナノマテリアルの理論設計

Research Project

Project/Area Number 11J06630
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Physical chemistry
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research (2012-2013)
Osaka University (2011)

Principal Investigator

松井 亨  独立行政法人理化学研究所, 計算科学研究機構, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2011 – 2013
Project Status Completed (Fiscal Year 2013)
Budget Amount *help
¥2,400,000 (Direct Cost: ¥2,400,000)
Fiscal Year 2013: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2012: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2011: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Keywords核酸塩基 / 金属錯体 / 量子化学計算 / 光誘起反応 / 5位修飾ウリジン / 密度汎関数法 / 水銀イオン / ミスマッチ塩基対 / 酸化還元電位 / 酸解離定数 / イオン交換反応
Research Abstract

当該年度においては、金属を内包する天然あるいは人工核酸において、光誘起磁性と言った光励起に関係す物性を持つ物質の可能性を探索した。その中で、ブレオマイシンと呼ばれる薬物が金属イオンと酸素分子を取り込んだ時にDNAの糖鎖を切断する反応において、コバルトイオンを取り込んだ場合には光照射がなければ反応が起こらないことに着目し、そこから光誘起磁性の可能性を模索した。
時間依存密度汎関数法による計算の結果、コバルトが光励起することにより、HOMO-LUMOギャップに相当する励起エネルギー程度の波長しか与えられない場合でも、一重項と三重項のスピンフリップにより、その後は熱的に反応が進行することが予想された。また、十分な励起エネルギーを与えた場合は、0-0のσ*軌道に電子が入るために、結合が切れてラジカルが生成し、そのままOHラジカルとして糖鎖を切断する働きを持つということが分かった。また、切断反応においては、三重項での反応の方がより有利に進むということもエネルギーの比較から分かっている。通常では、人体内の鉄イオンがブレオマイシンに取り込まれることから反応が進むことが知られているが、コバルトとの違いは金属-酸素の結合エネルギーの違いによって説明できる。鉄では、OHラジカルの放出とともに、酸素原子との結合が出来るのに対し、コバルトではそのような結合が生じず、エネルギー的に有利にならないことが、反応のために光誘起が必要となる理由として説明できる。これら一連の研究は、金属の光誘起磁性のみならず、薬物の光応答にも応用することが期待される。また、類似の性質を持ちうる金属を内包した天然/人工核酸塩基に関しては、今後もその可能性を探索する予定である。

Strategy for Future Research Activity

(抄録なし)

Report

(3 results)
  • 2013 Annual Research Report
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2014 2013 2012 2011

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (14 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] A Density Functional Theory Based Protocol to Compute the Red ox Potential of Transition Metal Complex with the Correction of Pseudo-Counter Ion : General Theory and Applications2013

    • Author(s)
      T. Matsui, Y. Kitagawa, Y Shigeta, and M. Okumura
    • Journal Title

      Journal of Chemical Theory and Computation

      Volume: 9 Issue: 7 Pages: 2974-2980

    • DOI

      10.1021/ct4002653

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical studies of electronic structures, magnetic properties and electron conductivities of one-dimensional Nin (n= 3,5,7) com plexes2013

    • Author(s)
      Y. Kitagawa, T. Matsui, Y. Nakanishi, Y. Shigeta, T. Kawakami, M. Okumura and K. Yamaguchi
    • Journal Title

      Dalton Transaction

      Volume: 42 Issue: 45 Pages: 16200-16208

    • DOI

      10.1039/c3dt51466h

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DFT calculations of effective exchange integrals at the complete basis set limit on oxo-vanadium ring complex2013

    • Author(s)
      Y. Kitagawa, T. Matsui, N. Yasuda, H. Hatake, T. Kawakami, S. Yamanaka, M. Nihei, M. Okumura, H. Oshio and K. Yamaguchi
    • Journal Title

      Polyhedron

      Volume: 66 Pages: 97-101

    • DOI

      10.1016/j.poly.2013.02.040

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Consistent Scheme for Computing Standard Hydrogen Electrode and Redox Potentials2013

    • Author(s)
      Toru Matsui, Yasutaka Kitagawa, Mitsutaka Okumura, Yasuteru Shigeta, and Shigeyoshi Sakaki
    • Journal Title

      Journal of Computational Chemistry

      Volume: 34 Issue: 1 Pages: 21-26

    • DOI

      10.1002/jcc.23100

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An accurate density functional theory based estimation of pKa values of polar residues combined with experimental data : from amino acids to minimal proteins2012

    • Author(s)
      松井亨、馬場剛史、神谷克政、重田育照
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 14 Issue: 12 Pages: 4181-4187

    • DOI

      10.1039/c2cp23069k

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical Study on Reaction Scheme of Silver(I) Containing 5-Substituted Uracils Bridge Formation2011

    • Author(s)
      松井亨、宮地秀明、馬場剛史、重田育照
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 115 Issue: 30 Pages: 8504-8511

    • DOI

      10.1021/jp200871f

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] タンパク質内のアミノ酸側鎖の酸解離定数の算出2014

    • Author(s)
      松井 亨、中嶋 隆人
    • Organizer
      日本化学会第94回春季年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学東山キャンパス、名古屋市
    • Year and Date
      2014-03-27
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] A Density Functional Theory Based Protocol to Compute the Redox Potential of Transition Metal Complexes2013

    • Author(s)
      Toru Matsui, Yasutaka Kitagawa, Yasuteru Shigeta, and Mitsuta ka Okumura
    • Organizer
      5^<th> JCS International Symposium on Theoretical Chemistry
    • Place of Presentation
      奈良東大寺文化センター、奈良市
    • Year and Date
      2013-11-04
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] かご状超分子内の核酸塩基選択性に関する計算化学的アプローチ2013

    • Author(s)
      松井 亨、中嶋 隆人
    • Organizer
      第63回錯体化学討論会
    • Place of Presentation
      琉球大学千原キャンパス、西原町
    • Year and Date
      2013-11-03
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] メタロチオネインの酸化還元電位に関する理論的研究2013

    • Author(s)
      松井 亨、中嶋 隆人
    • Organizer
      第7回分子化学討論会
    • Place of Presentation
      京都テルサ、京都市
    • Year and Date
      2013-09-25
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] A Density Functional Theory Based Protocol to Compute the Redox Potential of Transition Metal Complexes2013

    • Author(s)
      Toru Matsui, Yasutaka Kitagawa, Yasuteru Shigeta, and Mitsutaka Okumura
    • Organizer
      8^<th> Congress of the International Society of Theoretical Chemical Physics
    • Place of Presentation
      Budapest, Hungary
    • Year and Date
      2013-08-28
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] A Density Functional Theory Based Protocol to Compute the Redox Potential of Transition Metal Complexes : Tuning of Computational Method2013

    • Author(s)
      Toru Matsui, Jong-Won Song, Takahito Nakajima, and Kimihiko Hirao
    • Organizer
      6^<th> Asian-Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry
    • Place of Presentation
      慶州ヒルトンホテル、慶州市、韓国
    • Year and Date
      2013-07-13
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] A Novel Computational Scheme for Standard Hydrogen Electrode and Redox Potentials2013

    • Author(s)
      Toru Matsui, Yasutaka Kitagawa, Yasuteru Shigeta, and Mitsutaka Okumura
    • Organizer
      33^<rd> International Conference on Solution Chemistry
    • Place of Presentation
      京都テルサ、京都市
    • Year and Date
      2013-07-10
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 溶媒和モデルを利用した金属錯体の酸化還元電位の算出法と応用2013

    • Author(s)
      松井亨, 北河康隆, 重田育照, 奥村光隆
    • Organizer
      第93回日本化学会春期年会
    • Place of Presentation
      滋賀県草津市立命館大学びわ湖草津キャンパス
    • Year and Date
      2013-03-25
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 標準水素電極ポテンシャルと酸化還元電位の算出法2012

    • Author(s)
      松井亨, 北河康隆, 重田育照, 奥村光隆, 榊茂好
    • Organizer
      第6回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京都文京区東京大学本郷キャンパス
    • Year and Date
      2012-09-21
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Density functional theory based estimation of pK_a value of polar residues : from amino acids to minimal proteins2012

    • Author(s)
      Toru Matsui, Takeshi Baba, Katsumasa Kamiya, Mitsutaka Okumura, and Yasuteru Shigeta
    • Organizer
      14^<th> International Congress of Quantum Chemistry
    • Place of Presentation
      コロラド大学ボルダー校,コロラド州ボルダー市,アメリカ合衆国
    • Year and Date
      2012-06-26
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質内アミノ酸側鎖の酸解離定数の新規算出法と応用2012

    • Author(s)
      松井亨, 馬場剛史, 安田奈都美^1, 神谷克政, 北河康隆, 重田育照, 奥村光隆
    • Organizer
      第15回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市東北福祉プラザ
    • Year and Date
      2012-05-25
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 官能基の類似性を利用した酸解離定数の新規算出法と応用2012

    • Author(s)
      松井亨
    • Organizer
      第92回日本化学会春期年会
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学
    • Year and Date
      2012-03-27
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質内アミノ酸側鎖の酸解離定数の新規算出法と応用2011

    • Author(s)
      松井亨
    • Organizer
      第5回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションホール
    • Year and Date
      2011-09-23
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural Properties and Imino Proton Acidity of Silver Containing 5-Substituted Uracils2011

    • Author(s)
      松井亨
    • Organizer
      7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • Place of Presentation
      早稲田大学
    • Year and Date
      2011-09-03
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Book] Some Applications of Quantum Mechanics2012

    • Author(s)
      松井亨(共著)
    • Publisher
      InTech
    • Related Report
      2011 Annual Research Report

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Published: 2011-12-12   Modified: 2024-03-26  

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