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DNAアプタマーと合成ポリマーの融合による特異的分子認識材料の開発

Research Project

Project/Area Number 11J09545
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biofunction/Bioprocess
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

菅原 勇貴  東京工業大学, 大学院総合理工学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2011 – 2013
Project Status Completed (Fiscal Year 2013)
Budget Amount *help
¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Fiscal Year 2013: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2012: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2011: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Keywords分子認識ゲート膜 / DNA / 凝集現象 / 荷電 / 自由度 / アプタマー / N-イソプロピルアクリルアミド / センサー / 感温性ポリマー / 柔軟性 / 相転移 / コンジュゲート
Research Abstract

本研究は、多様な標的分子を特異的に検出する新規なセンサー材料を目指し、新規な分子認識ゲート膜の開発を行う。当ゲート膜は、レセプターとしてDNAを、アクチュエーターとして感温性ポリマー(ポリN-イソプロピルアクリルアミド)(PNIPAM)を持ち、標的分子の認識により多孔質膜の細孔の開閉を行う。今年度は、まず、2本鎖DNA末端にミスマッチの配列を持つリニア2本鎖DNA結合PNIPAMは高温域で凝集が抑制された状態が続くことを観察した。これはDNAの末端の自由度が高いためにエントロピー反発で凝集が抑制されている。このことから、DNAの自由度がPNIPAMの凝集を制御することが示された。次に、DNA結合PNIPAMの凝集挙動へのインターカレーターの影響を調査した。その結果、DNAへのインターカレーターの結合により高温域でDNA結合PNIP川は急激に凝集した。また荷電が弱くDNAとの結合親和性の低いインターカレーターでは、より高温でPNIPAMは激しく凝集した。これはDNA結合PNIPAMの凝集現象がインターカレーターにより荷電支配の現象から自由度支配の別の現象に切り替わったことを示す。次に、DNA固定化分子認識ゲート膜において、DNAが1本鎖の場合と2本鎖の場合で膜の水透過性を評価した。その結果、1本鎖DNA膜に比べ2本鎖DNA膜では細孔が開かず透過性が小さかった。これは2本鎖DNAの形成でDNAの荷電が増加し静電反発によりグラフトポリマーの収縮が抑制されたためと考えられ、膜の系でもDNAの荷電状態の違いでポリマーの形態が変化し、膜の透過性を制御可能であることが示された。次に、タンパク質であるトロンビンに特異的に結合するDNAアプタマーを持つ2本鎖DNA膜において、トロンビンの添加により膜の透過性が上昇したことを観察した。これはDNAアプタマーがトロンビンを認識すると同時に2本鎖DNAが解離し、DNAの荷電が減少したためである。以上のように、特異的標的分子の存在で細孔の開閉を行う、DNAをレセプターとした分子認識ゲート膜の開発に成功した。

Strategy for Future Research Activity

(抄録なし)

Report

(3 results)
  • 2013 Annual Research Report
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2014 2013 2012 2011 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (12 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Switchable Aggregation Phenomena of DNA-conjugated Poly(<i>N</i>-isopropylacrylamide) Driven by Transformation between ssDNA and dsDNA with Control of DNA Charges and Flexibility2013

    • Author(s)
      Yuuki Sugawara, Takanori Tamaki, Hidenori Ohashi, Takeo Yamaguchi
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 42 Issue: 12 Pages: 1568-1570

    • DOI

      10.1246/cl.130794

    • NAID

      130004867851

    • ISSN
      0366-7022, 1348-0715
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Control of the poly(Ar-isopropylacrylamide) phase transition via a single strand-double strand transformation of conjugated DNA2013

    • Author(s)
      Yuuki Sueawara, Takanori Tamaki, Hidenori Ohashi, Takeo Yamaguchi
    • Journal Title

      Soft Matter

      Volume: 9 Issue: 12 Pages: 3331-3340

    • DOI

      10.1039/c3sm27230c

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Conversion of a molecular signal into a visual color based on the permeation of nanoparticles through a biomolecule-recognition gating membrane2012

    • Author(s)
      Yuuki Sueawara, Hidenori Kuroki, Takanori Tamaki, Hidenori Ohashi, Taichi Ito, Takeo Yamaguchi
    • Journal Title

      Analytical Methods

      Volume: 4 Issue: 9 Pages: 2635-2637

    • DOI

      10.1039/c2ay25265a

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] DNA固定化PMPAMの凝集現象の解明と分子認識ゲート膜の開発2014

    • Author(s)
      菅原勇貴
    • Organizer
      理研セミナー
    • Place of Presentation
      理化学研究所, 埼玉
    • Year and Date
      2014-02-20
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] DNA複合化分子認識ゲート膜の開発2014

    • Author(s)
      菅原勇貴
    • Organizer
      化学工学会 第79年会
    • Place of Presentation
      岐阜大学, 岐阜
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] DNA固定化分子認識ゲート膜の開発2013

    • Author(s)
      菅原勇貴
    • Organizer
      化学工学会第78年会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府)
    • Year and Date
      2013-03-17
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Multi-Stimulus-Responsive DNA/Polymer Conjugate : Control of Aggregation Phenomenon and Detection of Target Molecules2013

    • Author(s)
      Yuuki Sugawara
    • Organizer
      5th Gratama Workshop
    • Place of Presentation
      Tokyo Institute of Technol-ogy, Tbkyo, Japan
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Switchable Aggregation of DNA-polymer Conjugate Controlled by DNA Charges and Flexibility2013

    • Author(s)
      Yuuki Sugawara
    • Organizer
      3rd SoMaS Annual Summer School "Polymers at Interfaces"
    • Place of Presentation
      Centre de MittelWihr, Mit-telwihr, France
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] DNAコンジュゲート感温性ポリマーを用いた分子認識材料の開発2013

    • Author(s)
      菅原勇貴
    • Organizer
      第62回高分子討論会
    • Place of Presentation
      金沢大学, 石川
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] DNA固定化感温性ポリマーを用いた分子認識膜の開発2013

    • Author(s)
      田巻孝敬
    • Organizer
      第3回CSJ化学フェスタ2013
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀, 東京
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular Recognition Material based on DNA-conjugated Thermoresponsive Polymer2013

    • Author(s)
      Takanori Tamaki
    • Organizer
      23rd Annual Meeting of MRS-J
    • Place of Presentation
      Ybkohama Port Opening Plaza, Ybkohama, Japan
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] DNAアプタマー修飾相転移ポリマーを用いた新規分子認識材料2012

    • Author(s)
      菅原勇貴
    • Organizer
      平成24年度化学工学会横浜大会
    • Place of Presentation
      横浜国立大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2012-08-30
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] DNAアプタマー修飾感温性ポリマーに関する相転移挙動の解析2012

    • Author(s)
      菅原勇貴
    • Organizer
      化学工学会第77年会
    • Place of Presentation
      工学院大学(東京都)
    • Year and Date
      2012-03-15
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Biomolecular recognition polymer using aptamer and dissociation of dsDNA for gating membrane2011

    • Author(s)
      Yuuki Sugawara
    • Organizer
      International Congress on Membranes and Membrane Processes
    • Place of Presentation
      RAI Convention Centre, Amsterdam, The Netherlands
    • Year and Date
      2011-07-26
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] DNAアプタマーと感温性ポリマーを用いた分子認識ゲート膜の開発2011

    • Author(s)
      菅原勇貴
    • Organizer
      第60回高分子学会年次大会
    • Place of Presentation
      大阪国際会議場(大阪府)
    • Year and Date
      2011-05-27
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.researcherid.com/rid/M-3909-2013

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Remarks] 平成24年度 化学工学会 横浜大会において、学生賞(金賞)を受賞。Analytical Methodsの雑誌論文はinside front cover に採用。

    • Related Report
      2012 Annual Research Report

URL: 

Published: 2011-12-12   Modified: 2024-03-26  

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