| Project/Area Number |
12J01138
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
Environmental dynamic analysis
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
宋 在浩 東京大学, 大気海洋研究所, 特別研究員(DC2)
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| Project Period (FY) |
2012 – 2013
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2013)
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| Budget Amount *help |
¥2,000,000 (Direct Cost: ¥2,000,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2012: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
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| Keywords | 深海微生物 / 圧力 / ゲノム / 脂肪酸 |
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| Research Abstract |
本研究では、深海細菌の加圧条件で生理特徴確認するため、分離綱菌中でLoktanella属、Sphingorhabdus属、Polaribacter属、Pseudomonas属、Erythrobacter属、Sphingopyxis属、Moritella属、Pedobacter属、Oceanibulbus属、Limnobacter属、Alteromonas属、Sulfitobacte属、Leeuwenhoekiella属、Marinobacter属、Oceanicola属、Shewanella属、Brachybacterium属, Photobacterium属から計16株を選んで加圧培養し、生理学的特徴と増殖可能圧力範囲を調べた。培養はMarine Broth2216E液体培地を用いて、10℃と10,20,30,40MPa加圧もしくは大気圧で二週間培養し、OD660によって加圧変化増殖率比(各加圧下増殖率/大気圧増殖率)を調べた。この結果から、Photobacterium属は好圧力性菌、Alteromonas属、Pseudomonas属、Linmobacter属、Sulfuobacter属、Polaribacter属、Brachybaeterium属、Pedobacter属は圧力高感受性菌、Loktanella属、Moritella属、Oceanibulbus属、Morlitella属、Shewanella属、Leeuwenhoekiella属は圧力低感受性菌と判断した。本研究で解明した加圧下の増殖率は微生物の深海におけるの生存率と密接な関係があると予想され、現在、さらに多くの分離株について圧力が増殖に与える効果を解析中である。
生理、生化学、遺伝子特微を総合的比較分析して新深海性株を国際学術専門誌に記載する。現在、Polareibacter属、Rubritalea属、Roseonacter属、Dasania属の株を選んで類似種(Polaribacter filamentous, Rubritalea marina, Roseobacter litoralis, Dasania marina)の16s rRNA gene similarity、APIパターン、G+C%、polar-lipid助成、脂肪酸の変化等を比較して国際学術誌(IJSEM)に論文を投稿準備中である。分離細菌中で表層から分離され、ゲノムが解読された類似種がいる株を選んでゲノムを解読した。Limnobacter属, Rubritalea属の株のゲノムをRAST serverとUniport blastingを使って類似種と比較ゲノム分析した。この結果、重金属抵抗遺伝子とLysR family 遺伝子は二株には共通であり、類似種のゲノムには存在しない。現在、Sulfitobacter属、Oceanibulbus属、Erythrobacter属、Roseobacter属の株はゲノム解析中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究では新しい深海性細菌を分離し、圧力感受性菌を圧力高感受性菌と圧力低感受性菌で分けられることが出来た。また、ゲノム比較解析通じて深海性細菌と浅海性細菌の遺伝子の違いを明らかにした。この成果は次の研究為、重要な情報と考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
深海性の株の増殖特性を調べた株について、浅海性の株の生理、遺伝子特徴を比較して、深海適応に必須の遣伝子群を特定化する。
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