次世代シーケンサーを用いたアプタマー探索による腫瘍細胞の新規バイオマーカー開発
| Project/Area Number |
12J02963
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
Chemistry related to living body
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| Research Institution | Tokyo University of Agriculture and Technology |
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Principal Investigator |
セーボレー 那沙 東京農工大学, 大学院工学研究院, 特別研究員(PD)
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| Project Period (FY) |
2012 – 2014
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2014)
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| Budget Amount *help |
¥3,000,000 (Direct Cost: ¥3,000,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2012: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
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| Keywords | アプタマー / Cell-SELEX / 尿路感染症 / Proteus mirabilis / Escherichia coli / in silico maturation / バイオマーカー / 次世代シーケンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Escherichia coliの尿路感染症単離株(E. coli NSM59)の細胞表面上の未知の抗原に結合するDNAアプタマーのスクリーニングを実施した。アプタマーの探索は、生きた細菌や細胞を直接標的に用いるCell-SELEX法により実施した。従来のSELEXでは、PCR増幅の際の増幅効率のバイアスによって増幅されやすい配列が濃縮され、目的のアプタマーが得られないことが課題として挙げられていた。本研究では、PCR増幅バイアスの影響を低減するために、real-time PCRを用いてDNAライブラリー回収量を定量し、PCR増幅サイクル数を最適化するqPCR-controlled Cell-SELEXを提案した。本手法によって、E. coli NSM59に結合するアプタマーを取得することに成功し、獲得したアプタマーをE. coli結合アプタマーとして報告した。これまでに、尿路感染症のもう1つの主要な細菌であるProteus mirabilisに結合するアプタマーを探索し、開発を進めてきたin silico maturation法によりアプタマーの特異性を改良することに成功している。今後これらの2つのアプタマーを用いることで、P. mirabilisやE. coliといった主要な尿路感染症細菌を検出するバイオセンサーの構築が期待される。さらに、これらのアプタマーは細胞表面上の未知の抗原に対して得られており、アプタマーを使ってこれらの抗原を精製・解析することで新たなバイオマーカー/抗原同定法としてのアプタマーの応用が期待できる。
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| Research Progress Status |
本研究課題は平成26年度が最終年度のため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
本研究課題は平成26年度が最終年度のため、記入しない。
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Report
(3 results)
Research Products
(18 results)
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[Journal Article] Simultaneous improvement of specificity and affinity of aptamers against Streptococcus mutans by in silico maturation for biosensor development2014
Author(s)
Nasa Savory, Yayoi Takahashi, Kaori Tsukakoshi, Hijiri Hasegawa, Madoka Takase, Koichi Abe, Wataru Yoshida, Stefano Ferri, Shizuko Kumazawa, Koji Sode, Kazunori Ikebukuro
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Journal Title
Biotechnology and Bioengineering
Volume: 111(3)
Issue: 3
Pages: 454-461
DOI
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Peer Reviewed
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