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分子動力学シミュレーションを基にした反応経路探索と金属酵素化学への応用

Research Project

Project/Area Number 12J04986
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Physical chemistry
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

西本 佳央  名古屋大学, 理学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥2,700,000 (Direct Cost: ¥2,700,000)
Fiscal Year 2014: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2013: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2012: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywords密度汎関数強束縛法 / フラグメント分子軌道法 / 計算化学 / 反応経路探索 / 分子動力学 / 密度汎関数強結合法
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、分子構造や電子状態に着目して遷移金属錯体を含む物質の性質や、金属酵素が関係する生化学反応機構を、量子化学・計算化学の理論を基にした手法を用いて解明することである。金属酵素は多くの生化学反応に関与しており、その反応機構を解明することは、その生物を理解するのにとても重要と考えられる。
金属酵素のような大きな系に対して量子化学計算を行う場合、計大きくなるにつれて急激に増加する計算コストが問題になる。そこで、フラグメント分子軌道法と、密度汎関数強束縛法とを組み合わせることで、計算の精度を犠牲にせずに大規模系に適用できる手法の開発した。GAMESSと呼ばれるフリーの量子化学計算ソフトウェアに密度汎関数強束縛法を組み込むことにより、効率よくフラグメント分子軌道法を用いた計算ができるようにしている。本研究で開発した手法は、通常の密度汎関数強束縛法よりも10,000倍程度高速であることも分かった。最終的には100万原子のフラーレンクラスターの構造最適化に成功しており、大規模計へ適用できる強力な手法であると言える。本研究により開発した手法は、現時点で最新のGAMESSにて利用することができる。
さらに、反応経路探索に重要と言える、エネルギーの二次微分の開発も行った。本研究では分子軌道の電子占有数が小数になっている場合にも解析的二次微分を行える理論を提案・実装をした。その上で、グラフェンナノリボンに対して、赤外分光スペクトルやラマンスペクトルの系の大きさに対する依存性を検討・議論を可能にした。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2014 Annual Research Report
  • 2013 Annual Research Report
  • 2012 Annual Research Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2015 2014 2013 2012 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (7 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] Super-Reduced Polyoxometalates: Excellent Molecular Cluster Battery Components and Semipermeable Molecular Capacitors2014

    • Author(s)
      Yoshio Nishimoto, Daisuke Yokogawa, Hirofumi Yoshikawa, Kunio Awaga, and Stephan Irle
    • Journal Title

      Journal of the American Society

      Volume: 136 Issue: 25 Pages: 9042-9052

    • DOI

      10.1021/ja5032369

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Density-Functional Tight-Binding Combined with the Fragment Molecular Orbital Method2014

    • Author(s)
      Yoshio Nishimoto, Dmitri G. Fedorov, and Stephan Irle
    • Journal Title

      Journal of Chemical Theory and Computation

      Volume: 10 Issue: 11 Pages: 4801-4812

    • DOI

      10.1021/ct500489d

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical investigation of molecular and electronic structure changes of the molecular magnet Mn_<12> cluster upon super-reduction2014

    • Author(s)
      Yoshio Nishimoto, Hirofumi Yoshikawa, Kunio Awaga, Marcus Lu ndberg, Stephan Irle
    • Journal Title

      Physica Status Solidi RRL

      Volume: (in press)

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Growth of carbon nanotubes via twisted grapheme nanoribbons2013

    • Author(s)
      Hong En Lim, Yasumitsu Miyata, Ryo Kitaura, Yoshifumi Nishimura, Yoshio Nishimoto, Stephan Irle, Jamie H. Warner, Hiromichi Kataura, Hisanori Shinohara
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 4 Pages: 2548-2554

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 密度汎関数強結合(DFTB)法とフラグメント分子軌道(FMO)法の組み合わせ2015

    • Author(s)
      西本 佳央・D. G. FEDOROV・S. IRLE
    • Organizer
      日本化学会 第95春季年会 (2015)
    • Place of Presentation
      日本大学 理工学部船橋キャンパス/薬学部
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Formation of Metal Atom Triangles Accompanies the Super-Reduction of Polyoxometalate (POM) Clusters2014

    • Author(s)
      西本 佳央
    • Organizer
      日本化学会第94春季年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知県)
    • Year and Date
      2014-03-28
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Theoretical and Experimental Mechanistic Studies of a Rh (I)-Catalyzed Aldol-type Reaction of Organonitriles Under Mild Conditions2013

    • Author(s)
      西本 佳央
    • Organizer
      16th IRTG joint Symposium
    • Place of Presentation
      Münster (Germany)
    • Year and Date
      2013-11-12
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Rh錯体を用いたアルドール型反応に関する理論的研究2013

    • Author(s)
      西本 佳央
    • Organizer
      第7回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      京都テルサ(京都府)
    • Year and Date
      2013-09-25
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Theoretical and Experimental Investigation of an Aldol-type Reaction with Rh Complex2013

    • Author(s)
      西本 佳央
    • Organizer
      The Eighth Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • Place of Presentation
      Budapest (Hungary)
    • Year and Date
      2013-08-29
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Rh錯体を用いたアルドール型反応に関する理論的研究2013

    • Author(s)
      西本佳央
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学
    • Year and Date
      2013-03-23
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Rh^I_2錯体を用いたアルドール反応におけるキーステップに関する理論的研究2012

    • Author(s)
      西本佳央
    • Organizer
      第6回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2012-09-19
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Remarks] 複雑系の量子化学

    • URL

      http://qc.chem.nagoya-u.ac.jp/indexj.html

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://qc.chem.nagoya-u.ac.jp

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://qc.chem.nagoya-u.ac.jp

    • Related Report
      2012 Annual Research Report

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Published: 2013-04-25   Modified: 2024-03-26  

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