| Project/Area Number |
13208013
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
松田 秀雄 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50183950)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
坊農 秀雅 理化学研究所, ゲノム科学総合研究センター, 研究員
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| Project Period (FY) |
2001 – 2004
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2002)
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| Budget Amount *help |
¥32,400,000 (Direct Cost: ¥32,400,000)
Fiscal Year 2002: ¥15,400,000 (Direct Cost: ¥15,400,000)
Fiscal Year 2001: ¥17,000,000 (Direct Cost: ¥17,000,000)
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| Keywords | 遺伝子配列解析 / クラスタリング / cDNA / マイクロアレイ / モチーフ / 機能注釈 / 代謝パスウェイ / ゲノム情報解析 |
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| Research Abstract |
今年度は、次の研究を行った。
・従来の遺伝子の機能注釈付けでは、その多くがデータベースの相同性検索やHMMなどで表現されたモチーフのサーチなど、データベース中の個々のデータとの1対1の個別比較の結果に基づいていたため、得られたスコアが有意かそうでないかの判定が困難であった。そこで、本研究では、ゲノムレベルで遺伝子機能情報を統合化するため、まず配列データ全体を相同性に基づくクラスタリングによりクラスタに分類し、各クラスタから相互の相同性のもとになっている領域をグラフ理論に基づく方法で探索した後、既存のデータベースにモチーフとして登録されているものを除くことで、新規モチーフを求めた。同じモチーフを持つ配列同士を同じファミリと見なすことにより、機能注釈付けをファミリ全体で行うことができる。理研ゲノム科学総合研究センターにて配列決定されたマウス完全長cDNA配列(配列数約60,000個)に本手法を適用した結果、16個の新規モチーフが得られ、そのうちの10個については機能注釈付けに使えることがわかった。
・理研ゲノム科学総合研究センターにて作製されたマウスcDNAマイクロアレイ(cDNA数約40,000個)により得られた、マウスの種々の発生時期や臓器での遺伝子の発現データのデータベースを開発するとともに、発現データのクラスタリングにより種々の発生時期や臓器特異性、代謝パスウェイに関与している一群の遺伝子を明らかにした。
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