| Project/Area Number |
13770673
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
General surgery
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
村山 裕治 慶應義塾大学, 医学部, 助手 (40327656)
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| Project Period (FY) |
2001 – 2002
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2002)
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| Budget Amount *help |
¥2,100,000 (Direct Cost: ¥2,100,000)
Fiscal Year 2002: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2001: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
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| Keywords | マイクロアレイ / チップ / がん / CGH / LOH / ゲノム / 遺伝子 / 分子生物学 |
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| Research Abstract |
癌細胞における癌関連遺伝子の増幅や欠失を検出するため、100種類の癌関連遺伝子、106種類の癌関連領域をカバーする506個のBACクローンを単離し、BAC-DNAマイクロアレイを作製した。これらのアレイを用いて検定標品に扁平上皮癌由来のA431細胞ゲノムを使用し、コントロールとして用いた正常リンパ芽球細胞株と比較したところ、FISH法等で示されていたEGF受容体遺伝子の増幅を再現性良く検出できた。さらに乳癌や膵臓癌、腎細胞癌などの細胞株についても同様の検討を行ったところ、いくつかの細胞で増幅を認める遺伝子を見い出すことができた。これらの遺伝子増幅の結果はFISH法でも確認できた。
全ゲノムをカバーするBAC-DNAマイクロアレイを作製するため、慶應BACクローンの収集を行った。21番、22番染色体をカバーするBACクローンの単離はほぼ完了した。また、8番染色体については約4000個のクローンを得たので、それぞれのクローンの末端シーケンスを解読して8番ドラフトシークエンス上へ配置している。さらに4万個のBACクローンの末端シークエンシングを行い、ヒトドラフト、ヒト完成シークエンスに対して末端シーケンスを照合することにより、全ゲノムを網羅的にカバーするBACクローンの整列化を進めている。
ゲノムBAC-DNAマイクロアレイの検出感度を高めるため、ニトロセルロース膜固定化スライドガラス上にBAC-DNAを固定し、高いS/N比で検出する手法を確立した。さらに、金属粒子を用いた標識法を導入することにより、蛍光色素を使う方法と比べ高感度の検出を可能にした。その結果一桁低いプローブ濃度でも同等のS/N比のシグナルを検出できた。
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