並列計算機環境における家畜改良法の構築と評価

• Project/Area Number: 13876062
• Research Category: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Applied animal science
• Research Institution: Okayama University
• Principal Investigator: 及川 卓郎 岡山大学, 農学部, 助教授 (90160407)
• Project Period (FY): 2001
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2001)
• Budget Amount: ¥1,500,000 (Direct Cost: ¥1,500,000); Fiscal Year 2001: ¥1,500,000 (Direct Cost: ¥1,500,000)
• Keywords: 並列コンピュータ / 家畜育種学 / ポストゲノム解析 / Gibbs Sampling / Score

Research Abstract

1台のファイルサーバーと8台の計算コンピュータからなる並列コンピュータシステムをつくり,このコンピュータシステムの能力の評価を行うとともに並列コンピュータシステムに適合した遺伝解析プログラムをつくる環境を整えた。システムを構成するハードウェアとしてファイルサーバーと計算クライアントはすべてPentium4の1.7MHzのCPUを内蔵し,256Mbのメモリーをもっている。ファイルサーバーは40Mbのハードディスク,CD-ROM,フロッピィーディスクを備えているが,計算サーバーはフロッピィーディスクだけを内蔵したディスクレスコンピュータとした。9台のコンピュータを有機的に結び統一的なシステムとするため,100Mbpsのスイッチングハブを介してイーサーネットで接続している。並列コンピュータのOSにはRed Hat 7.1のLinuxを導入し,並列システムのシステム管理にはRWCP(新情報処理開発機構)で開発されたScoreを導入した。ソフトウェア開発環境には富士通のパラレルFortran-Cを導入し,ソフトウェア開発環境を整えた。並列コンピュータシステムの性能評価は,計算コンピュータの接続を変えて,1CPU,2CPU,4CPUそして8CPUの場合に分けておこなった。その後,既存のGibbs Sampling用のサブルーチンプログラムを改変し,並列コンピュータ用に書き直した。今後,並列コンピュータに特化したプログラムを使った場合の計算処理能力と富士通のパラレルコンパイラーを用いて行う自動変換の性能について比較検討を行う予定である。