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比較ゲノム解析による植物寄生性線虫の寄生性関連遺伝子の解明

Research Project

Project/Area Number 13F02511
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section外国
Research Field Plant pathology
Research InstitutionUniversity of Miyazaki

Principal Investigator

菊地 泰生  宮崎大学

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) PALOMARES-RIUS,  
PALOMARES-RIUS Juan Emilio  宮崎大学, 医学部, 外国人特別研究員
Project Period (FY) 2013 – 2015-03-31
Project Status Declined (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥2,300,000 (Direct Cost: ¥2,300,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Keywordsゲノム / 一塩基多型 / 病原性 / ポピュレーション
Research Abstract

本プロジェクトでは、寄生性線虫Bursaphelnchus xylophilusと①寄生性、②宿主、③ベクターとなる昆虫種の異なる近縁なBursaphelenchus属線虫のゲノムを解読し、B. xylophilusのゲノムと比較することによって、線虫の寄生性および昆虫とのインタラクション機構を比較ゲノム的に明らかにすることを目的とする。また、B. xylophilus種内の病原力の異なる株を用いたゲノム比較により病原力に関わるゲノム領域の同定にも取り組む。本年度は、寄生性線虫B. xylophilusの近縁種5種、B. mucronatus、B. conicaudatus、B. luxuriosae、B. doui、B. okinawaensisの線虫株を確立し、これらの培養線虫から高品質ゲノムDNAを抽出して、イルミナ社HiSeq2000を用いてシーケンスリードを獲得した。また、B. xylophilus種内で病原力の異なる線虫株を準備し、同様に培養線虫から高品質ゲノムDNAを抽出して、イルミナ社HiSeq2000を用いてシーケンスリードを獲得した。今年度の解析は種内ポピュレーションの比較を中心に行った。得られたシーケンスリードをB. xylophilusのレフェレンスゲノムにマッピングし、SNVおよびインデルのコーリングを行った。得られたバリアント部位は、PCRとサンガーシーケンシングで確認をおこなった。その結果、B. xylophilusは種内での多様性が非常に高く、SNVの領域はゲノムの3%以上に及ぶことが明らかとなった。このバリアントに基づき系統解析を行い、国内のB, xylophilusポピュレーション間の関係性を明らかにした。また病原力・その他の表現系とゲノムバリアントとの関連について解析を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究はほぼ計画通りに進捗している。

Strategy for Future Research Activity

これまでの研究成果を見直し再検討したうえで、研究を継続する。

Report

(1 results)
  • 2013 Annual Research Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2014 2013

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] The genome and life-stage specific transcriptomes of Globodera pallida elucidate key aspects of plant parasitism by a cyst nematode.2014

    • Author(s)
      Cotton J, Lilley C, Jones L, Kikuchi T, Reid A, Thorpe P, Tsai I, Beasley H, Blok V, Cock P, et al :
    • Journal Title

      Genome Biol

      Volume: 15(3) Issue: 3

    • DOI

      10.1186/gb-2014-15-3-r43

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Omics fields of study related to plant-parasitic nematodes.2013

    • Author(s)
      Palomares-Rius JE, Kikuchi T
    • Journal Title

      Journal of Integrated OMICS

      Volume: 3(1) Pages: 1-10

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Top 10 plant-parasitic nematodes in molecular plant pathology.2013

    • Author(s)
      Jones JT, Haegeman A, Danchin EGJ, Gaur HS, Helder J, Jone s MGK, Kikuchi T, Manzanilla-Lopez R, Palomares-Rius JE, Wesemael WML, et al :
    • Journal Title

      Mol Plant Pathol

      Volume: 14(9) Issue: 9 Pages: 946-961

    • DOI

      10.1111/mpp.12057

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Pine Wilt Disease caused by Bursaphelenchus xylophilus, a new disease threatening Spanish forests.2013

    • Author(s)
      Palomares-Rius JE, Kikuchi T
    • Journal Title

      Vida Rural

      Volume: 358 Pages: 74-79

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Whole genome resequencing and SNP detection toward understanding population structure and parasitism of Bursaphelenchus xylophilus.2013

    • Author(s)
      Juan Emilio Palomares-Rius・金子彰・田中龍聖・秋庭満輝・竹内祐子・菊地泰生
    • Organizer
      日本線虫学会大会
    • Place of Presentation
      佐賀
    • Year and Date
      2013-09-05
    • Related Report
      2013 Annual Research Report

URL: 

Published: 2014-01-29   Modified: 2024-03-26  

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