• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

遺伝子発現と塩基多型に基づくオオムギ系統進化の推定

Research Project

Project/Area Number 14011234
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionOkayama University

Principal Investigator

佐藤 和広  岡山大学, 資源生物科学研究所, 助教授 (60215770)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 笹沼 恒男  横浜市立大学, 木原生物学研究所, 助手 (70347350)
最相 大輔  岡山大学, 資源生物科学研究所, 助手 (90325126)
Project Period (FY) 2002
Project Status Completed (Fiscal Year 2002)
Budget Amount *help
¥6,100,000 (Direct Cost: ¥6,100,000)
Fiscal Year 2002: ¥6,100,000 (Direct Cost: ¥6,100,000)
Keywordsオオムギ / ゲノム解析 / cDNA / EST / SNP / DNAアレイ / 遺伝地図
Research Abstract

・約93,000のESTからUnigeneを作成し,DNAアレイに利用するクローンを選抜して,blast検索結果に基づいて一部を選抜して予備的なDNAアレイシステムを開発した.また,植物RNAの自動抽出システムの開発に目処がついた.
・本研究で開発したオオムギcDNA情報を網羅したデータベースを構築し公開した(http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/).
・国際オオムギESTコンソシアムを形成している米国,ドイツ,フィンランド,英国のプロジェクトと共同でESTデータベースを開発した(http://harvest.ucr.edu/).また,この結果に基づいて米国NSF予算でAffymetrix杜からカスタムオリゴアレイを開発済みで,2003年6月頃から販売予定である.
・Unigeneのクローンを整列化して,品種間に存在するSNPを確認したところ,約1,300のUnigeneに存在する約4,000個のSNPを検出し,少なくとも500Unigeneに存在するSNPがアミノ酸の非同義置換によることを明らかにした.また,これらのSNPを特許申請した.
・Unigene由来のプライマーを設計し,100以上のESTを連鎖地図上にマップした.また,コムギにおけるPCR増幅も確認し,Triticeae(コムギ連)の比較ゲノム解析の準備を進めている.さらに,これらの情報に基づいて,SNPを利用したオオムギESTのマッピングをオオムギおよびコムギの集団で進めている.

Report

(1 results)
  • 2002 Annual Research Report
  • Research Products

    (3 results)

All Other

All Publications (3 results)

  • [Publications] H.Raman, J.S.Moroni, K.Sato, B.J.Read, B.J.Scott: "Identification of AFLP and microsatellite markers linked with an aluminium tolerance gene in barley (Hordeum vulgare L)"Theor Appl Genet. 105. 458-464 (2002)

    • Related Report
      2002 Annual Research Report
  • [Publications] J.Ma, A.Higashitani, K.Sato, K.Takeda: "Genotypic variation in Si concentration of barley grain"Plant and Soil. (印刷中). (2003)

    • Related Report
      2002 Annual Research Report
  • [Publications] K.Hori, T.Kobayashi, A.Shimizu, K.Sato, K.Takeda, S.Kawasaki: "Efficient construction of high-density linkage map and its application to QTL analysis in barley"Theor Appl Genet. (印刷中). (2003)

    • Related Report
      2002 Annual Research Report

URL: 

Published: 2002-04-01   Modified: 2018-03-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi