ゲノム・プロテオームデータベースの連携による高次生物知識発見に関する研究

• Project/Area Number: 14015238
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• Principal Investigator: 高橋 勝利 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター・細胞情報科学チーム長 (00271792)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 富永 大介 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, 細胞情報科学チーム研究員 (20357578)
• Project Period (FY): 2002
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2002)
• Budget Amount: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥5,200,000); Fiscal Year 2002: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥5,200,000)
• Keywords: プロテオーム / トランスクリプトーム / 2次元電気泳動像自動解析 / 質量分析 / タンパク質同定

Research Abstract

ゲノム塩基配列データベース、mRNA発現データベース及びプロテオームデータベースを相互に連携し、各データベースに含まれる情報の相互補完・対応づけを行ったうえで、高次の生物知識を発見することを目的とし、1.ゲノム塩基配列データベースと質量分析技術を利用したタンパク質同定を含むプロテオーム解析を総合的に支援するコンピュータシステムの開発及びプロテオーム関連データの蓄積
2.mRNA発現パターンとタンパク質発現パターンとの相互比較による生物知識発見を目標として研究を実施した。
研究成果
1.簡単にエンドユーザーが、自分の持つタンパク質二次元電気泳動像を登録し、電気泳動パターンの自動解析を行いことができるようにPiKA2システムのGUIを改良した。また、質量分析によってタンパク質スポットの同定を支援するシステムの構築を開始した。
2.PCクラスターシステムを構築し、大量の二次元電気泳動像データの解析を高速に行えるように、PiKA2システムの解析プログラムを並列化した。
3.パブリックに公開されているmRNA発現データベース、プロテオームデータベースの調査を行い、プロテオームデータベースに登録されているのと類似条件でのmRNA発現パターンがどの程度利用可能かを調査した。