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琵琶湖産魚類のミトコンドリア関連遺伝子群における自然淘汰と適応進化

Research Project

Project/Area Number 14J00377
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Ecology/Environment
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

田畑 諒一  京都大学, 理学研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2014-04-25 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Fiscal Year 2015: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywordsミトコンドリアゲノム / 琵琶湖 / 淡水魚 / 古代湖 / 自然淘汰 / 生物多様性 / 次世代シーケンサー / ミトコンドリア / 適応進化 / ミトゲノミクス
Outline of Annual Research Achievements

本研究は,琵琶湖産魚類を対象に,群集レベルで生じた新規環境(湖沼)への適応進化の遺伝的基盤を,集団遺伝解析,生物情報解析,行動生理学的実験を通じて明らかにすることを目的とした.本研究では,酸素呼吸機能を通じて運動能力や低酸素耐性等に影響を与えると想定されるミトコンドリア機能関連遺伝子に注目した.
しかしながら、当初計画にて予定していたミトコンドリア関連の核遺伝子解析,行動生理実験については,博士論文の取りまとめ状況,および試料の準備の問題などのために完了することができなかった.したがって第2年度は,研究目的に沿った研究成果を最大化するために,琵琶湖産魚類の群集レベルの系統進化・集団遺伝解析結果の公表,および集団ミトゲノミクス分析の取りまとめを中心に研究を進めた.現在までに、本研究に関連した琵琶湖の魚類についての論文を国際学術誌に発表した。また、本研究の主題である集団ミトゲノミクス解析は見込んだとおりに進捗が見られ、その成果を国際会議で発表し、論文の投稿準備も間もなく完了する見込みである。
本年度はサンプルの収集が困難となり,計画どおり完遂できなかった核遺伝子解析についても、しかし,一部の対象種群については,RNA-seq法により十分量の基礎データを取得することができた.また,Capture-on-beadsおよびDouble indexing法の基礎実験を進め,プロトコルの最適化を行った.今後,これらをもとに,ミトコンドリア機能に関するミトコンドリアおよび核ゲノムの適応と相互作用に関する研究を展開していく予定である.

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2015 Annual Research Report
  • 2014 Annual Research Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2016 2015 2014

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Phylogeny and historical demography of endemic fishes in Lake Biwa: the ancient lake as a promoter of evolution and diversification of freshwater fishes in western Japan2016

    • Author(s)
      Tabata R, R Kakioka, K Tominaga, T Komiya and K Watanabe
    • Journal Title

      Evolution and Ecology

      Volume: 6 Issue: 8 Pages: 2601-2623

    • DOI

      10.1002/ece3.2070

    • NAID

      120005973364

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] ウキゴリ属魚類のロドプシン進化パターン2015

    • Author(s)
      伊藤僚祐・原田慈雄・田畑諒一・渡辺勝敏
    • Organizer
      第48回日本魚類学会年会
    • Place of Presentation
      近畿大学奈良キャンパス、奈良
    • Year and Date
      2015-09-06
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 有性・無性の生殖サイクルを介した稀な遺伝子流動が促進するフナ類の多様化2015

    • Author(s)
      三品達平・武島弘彦・高田未来美・井口恵一朗・田畑諒一・西田 睦・渡辺勝敏
    • Organizer
      第48回日本魚類学会年会
    • Place of Presentation
      近畿大学奈良キャンパス、奈良
    • Year and Date
      2015-09-06
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Comparative mitogenomics of endemic fishes in Lake Biwa: evidence of natural selection and adaptation to the lake environment2015

    • Author(s)
      R. Tabata, H. Takeshima, S. Hirase, M. Nishida, K. Watanabe
    • Organizer
      Speciation in Ancient Lakes Conference SIAL7
    • Place of Presentation
      Great Lakes Institute for Environmental Research, Canada, Windsor
    • Year and Date
      2015-08-17
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 琵琶湖固有魚類の比較ミトゲノミクス:自然淘汰の痕跡と琵琶湖環境への適応2014

    • Author(s)
      田畑諒一,武島弘彦,平瀬祥太朗,西田睦,渡辺勝敏
    • Organizer
      日本魚類学会
    • Place of Presentation
      神奈川県小田原市
    • Year and Date
      2014-11-15
    • Related Report
      2014 Annual Research Report

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Published: 2015-01-22   Modified: 2024-03-26  

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