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オルガネラゲノム核様体の構造様式:その蛋白質構成、ダイナミズムに迫る

Research Project

Project/Area Number 14J00786
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Morphology/Structure
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

小林 優介  京都大学, 理学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2014-04-25 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥3,200,000 (Direct Cost: ¥3,200,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Keywords葉緑体核様体 / ホリデイジャンクション / DNA-オリガミ技術 / 原子間力顕微鏡 / クラミドモナス / シロイヌナズナ / 相同組換え / 葉緑体DNA分配 / 進化 / 亜硫酸還元酵素 / 細胞内共生
Outline of Annual Research Achievements

葉緑体核様体の形態制御に関わる分子メカニズムに迫るべく、緑藻クラミドモナスの変異体monokaryotic chloroplast (moc) H72に注目した。mocH72は葉緑体DNAの不均等分配が頻繁に観察される(Misumi et al., Protoplasma, 1999)。申請者はmocH72の原因遺伝子MOC1を同定し、さらに陸上植物シロイヌナズナにおいても、MOC1は葉緑体に局在し、葉緑体DNAの維持や葉緑体核様体の形態制御に極めて重要であることを示した。MOC1はSWISSホモロジーモデリングによってバクテリアのRuvCタンパク質様構造を形成することが示唆された。RuvCは相同組換えの最終ステップであるホリデイジャンクション(HJ)の切断酵素であり、葉緑体において相同の活性を示す酵素はこれまで見つかっていない。申請者は、MOC1はHJに特異的に結合し、補因子としてマグネシウムイオンやマンガンイオンを要求しながら、25-35℃付近で強いエンドヌクレアーゼ活性を示すことを明らかにした。さらに、様々な構造や配列を持つ基質を作成し、シス配列や構造特異性を解析したところ、MOC1は切断活性にはシス配列として長い相同配列は必要とせず、コア配列C↓C(↓は切断サイト)を点対称に切断することを証明した。
葉緑体には約80コピーの相同DNA分子が存在しており、それらは光合成によって発生する活性酸素種などによって常に障害をうける。つまり、葉緑体では頻繁な相同組換えによって、葉緑体DNA分子同士はHJによって繋がった構造(葉緑体DNAコンカテマー)を形成すると考えられている。MOC1は葉緑体内においてHJを切断し、コンカテマーを解消することで葉緑体DNAの可動性、延いては葉緑体核様体の可動性を保証していると考えられる。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • 2014 Annual Research Report
  • Research Products

    (22 results)

All 2017 2016 2015 2014

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 6 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results)

  • [Journal Article] Holliday junction resolvases mediate chloroplast nucleoid segregation2017

    • Author(s)
      Kobayashi Y, Misumi O, Odahara M, Ishibashi K, Hirono M, Hidaka K, Endo M, Sugiyama H, Iwasaki H, Kuroiwa T, Shikanai T, Nishimura Y.
    • Journal Title

      Science

      Volume: 356 Issue: 6338 Pages: 631-634

    • DOI

      10.1126/science.aan0038

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Dynamic interplay between nucleoid segregation and genome integrity in Chlamydomonas chloroplasts2016

    • Author(s)
      Odahara M, Kobayashi Y (equal contribution), Shikanai T, and Nishimura Y.
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: 172 Issue: 4 Pages: 2337-2346

    • DOI

      10.1104/pp.16.01533

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Eukaryotic Components Remodeled Chloroplast Nucleoid Organization during the Green Plant Evolution2016

    • Author(s)
      Kobayashi Y, Takusagawa M, Harada N, Fukao Y, Yamaoka S, Kohchi T, Hori K, Ohta H, Shikanai T, Nishimura Y.
    • Journal Title

      Genome Biology and Evolution

      Volume: 8 Pages: 1-16

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] C-terminal region of sulfite reductase is important to localize to chloroplast nucleoids in land plants2016

    • Author(s)
      Kobayashi Y, Otani T, shibashi K, Shikanai T, Nishimura Y.
    • Journal Title

      Genome Biology and Evolution

      Volume: 印刷中

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Algae sense exact temperatures: small heat shock proteins are expressed at the survival threshold temperature in Cyanidioschyzon merolae and Chlamydomonas reinhardtii.2014

    • Author(s)
      Kobayashi Y, Harada N, Nishimura Y, Saito T, Nakamura M, Fujiwara T, Kuroiwa T, Misumi O.
    • Journal Title

      Genome Biol Evol.

      Volume: 6 Issue: 10 Pages: 2731-2740

    • DOI

      10.1093/gbe/evu216

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Development of a heat-shock inducible gene expression system in the red alga Cyanidioschyzon merolae.2014

    • Author(s)
      Sumiya N, Fujiwara T, Kobayashi Y, Misumi O, Miyagishima SY.
    • Journal Title

      PLoS One.

      Volume: 9 Issue: 10 Pages: e111261-e111261

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0111261

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 葉緑体型ホリデイジャンクション切断酵素の同定2017

    • Author(s)
      小林優介、三角修己、小田原真樹、廣野雅文、日高久美、遠藤政幸、杉山弘、黒岩常祥、鹿内利治、西村芳樹
    • Organizer
      第58回日本植物生理学会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学
    • Year and Date
      2017-03-16
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] MOC1, a Holliday junction resolvase, is critical for chloroplast DNA segregation2017

    • Author(s)
      Kobayashi Y
    • Organizer
      Bristol-Kyoto-Heidelberg workshop
    • Place of Presentation
      University of Bristol
    • Year and Date
      2017-02-14
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 亜硫酸還元酵素の C 末端領域は葉緑体核様体局在に重要である2016

    • Author(s)
      小林優介、鹿内利治、西村芳樹
    • Organizer
      第80回日本植物学会
    • Place of Presentation
      沖縄コンベンションセンター
    • Year and Date
      2016-09-16
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] The evolution of chloroplast nucleoids2016

    • Author(s)
      Kobayashi Y, Mari Takusagawa, Shikanai T, Nishimura Y.
    • Organizer
      17th International Conference on the Cell and Molecular Biology of Chlamydomonas
    • Place of Presentation
      Kyoto International Conference Center
    • Year and Date
      2016-06-27
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The evolution of chloroplast nucleoids2016

    • Author(s)
      Kobayashi Y, Mari Takusagawa, Shikanai T, Nishimura Y.
    • Organizer
      17th International Conference on the Cell and Molecular Biology of Chlamydomonas
    • Place of Presentation
      Kyoto International Conference Center (Kyoto, Japan)
    • Year and Date
      2016-06-26
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Tandem HMG-box protein homologous to major mitochondrial nucleoid protein is a component of chloroplast nucleoids of Chlamydomonas reinhardtii2016

    • Author(s)
      Takusagawa M, Kobayashi Y, Fukao Y, Miyakawa I, Misumi O, Nishimura Y.
    • Organizer
      17th International Conference on the Cell and Molecular Biology of Chlamydomonas
    • Place of Presentation
      Kyoto International Conference Center (Kyoto, Japan)
    • Year and Date
      2016-06-26
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 真核生物由来の因子による葉緑体核様体の進化的変遷2016

    • Author(s)
      小林優介、田草川真理、原田尚実、深尾陽一朗、山岡尚平、河内孝之、堀孝一、 太田啓之、鹿内利治、西村芳樹
    • Organizer
      第57回日本植物生理学会
    • Place of Presentation
      岩手大学盛岡キャンパス (岩手県・盛岡市)
    • Year and Date
      2016-03-18
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 核様体分配欠損を示すクラミドモナス葉緑体におけるゲノム不安定化2016

    • Author(s)
      小田原真樹、小林優介、三角修己、西村芳樹
    • Organizer
      第57回日本植物生理学会
    • Place of Presentation
      岩手大学盛岡キャンパス (岩手県・盛岡市)
    • Year and Date
      2016-03-18
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Eukaryotic components remodeled the chloroplast nucleoid organization2016

    • Author(s)
      Kobayashi Y
    • Organizer
      Kyoto-Heidelberg-Bristol Workshop: Novel Frontier in Botany
    • Place of Presentation
      Kyoto University (Kyoto, Japan)
    • Year and Date
      2016-03-02
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 葉緑体核様体コア因子の多様性と進化2015

    • Author(s)
      小林優介、田草川真理、原田尚実、深尾陽一朗、山岡尚平、河内孝之、堀孝一、 太田啓之、鹿内利治、西村芳樹
    • Organizer
      日本植物学会第79回大会
    • Place of Presentation
      新潟コンベンションセンター (新潟県・新潟市)
    • Year and Date
      2015-09-06
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] マイクロ流体デバイスによって視えてきた葉緑体核様体分裂のダイナミクス2015

    • Author(s)
      上村嘉誉, 小林優介, 原田尚実, 鹿内利治, 西村芳樹
    • Organizer
      第53回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      東京農業大学世田谷キャンパス
    • Year and Date
      2015-03-17
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] The structure of chloroplast nucleoids and its evolution2014

    • Author(s)
      Kobayashi Y, Takusagawa M, Odahara M, Fukao Y, Shikanai T, Nishimura Y
    • Organizer
      Bristol-Kyoto Workshop on Plant Environmental signalling
    • Place of Presentation
      University of Bristol, UK
    • Year and Date
      2014-09-24
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 緑藻クラミドモナスにおける葉緑体核様体の構造様式2014

    • Author(s)
      小林優介,小田原真樹,田草川真理, 原田尚実, 深尾陽一朗, 鹿内利治, 西村芳樹
    • Organizer
      日本植物学会第78回大会
    • Place of Presentation
      明治大学生田キャンパス
    • Year and Date
      2014-09-14
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] クラミドモナスの葉緑体局在型HMGタンパク質の機能解析2014

    • Author(s)
      田草川真理, 小林優介, 深尾陽一朗, 西村芳樹, 三角修己
    • Organizer
      日本植物学会第78回大会
    • Place of Presentation
      明治大学生田キャンパス
    • Year and Date
      2014-09-14
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 真核生物型 DNA 結合タンパク質 CreSAP は葉緑体核様体の構成的因子である2014

    • Author(s)
      小林優介,田草川真理,小田原真樹,原田尚実,深尾陽一朗,鹿内利治,西村芳樹
    • Organizer
      日本植物形態学会第 26 回総会・大会
    • Place of Presentation
      明治大学生田キャンパス
    • Year and Date
      2014-09-11
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] The structure of chloroplast nucleoids in the green alga Chlamydomonas reinhardtii2014

    • Author(s)
      Kobayashi Y, Takusagawa M, Odahara M, Fukao Y, Shikanai T, Nishimura Y.
    • Organizer
      16th International Conference on the Cell and Molecular Biology of Chlamydomonas
    • Place of Presentation
      Asilomar Conference Center, Pacific Grove, CA, USA
    • Year and Date
      2014-06-09 – 2014-06-11
    • Related Report
      2014 Annual Research Report

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Published: 2015-01-22   Modified: 2024-03-26  

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