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SMP30/GNLとGLOを例にした不安定中間代謝物の輸送メカニズムの解明

Research Project

Project/Area Number 14J04356
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Structural biochemistry
Research InstitutionThe Graduate University for Advanced Studies

Principal Investigator

原田 彩佳  総合研究大学院大学, 高エネルギー加速器科学研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2014-04-25 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
Fiscal Year 2015: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2014: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
KeywordsNative-SAD / SHELXD / 重原子探索 / スケーリング / GLO / SMP30 / ビタミンC / マルトース結合タンパク質
Outline of Annual Research Achievements

GLOの結晶構造解析における位相決定はSulfur-SAD (以下S-SAD) 法にて行う計画であったため、S-SAD法の標準プロトコルをSphingobium sp. SYK-6株の脱メチル化酵素 (LigM) を利用して検討してきた。S-SAD法による位相決定のための回折強度データの収集は、波長2.7 Å を用いてPhoton Factory BL-1Aにて行った。S原子座標の探索はSHLEXCとSHELXDを用いた。SHELXCの結果から、SHELXDにおけるS原子の探索の分解能は3.4 Åで行ったが、分解能3.4 ÅではS原子の位置が求まらなかった。そこで、SHELXDでS原子の探索を行う際の分解能とS原子の個数を細く設定しSHELXD-grid searchをかけてみた。SHELXD-grid searchの結果、多くの条件でS原子の位置を決定することができた。また、スケーリングの分解能を2.6から3.2Åまで0.1Åずつ変化させ、SHELXD-grid searchを行ったところ、S原子の位置が決定できたと判断できる分解能とS原子の個数組み合わせに相関が得られなかった。よって、スケーリングする際の分解能が0.1Å異なるだけで、SHELXD-grid searchの結果に影響することがわかった。S-SAD法による位相決定に向けて約 2年間150以上もの回折強度データを収集し、試行錯誤データ解析を行っていたが位相決定には至っていなかったが、採用2年目にしてS-SAD法による位相決定に成功しS-SAD法の標準プロトコル作成の目標へと一歩近づいた。また、『S-SAD法による位相決定のための解析手法の検討』という新しい研究の展開も可能になると考えられた。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2015 Annual Research Report
  • 2014 Annual Research Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2016 2015 2014

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Complete pyridine-nucleotide-specific conversion of an NADH-dependent ferredoxin reductase2014

    • Author(s)
      Nishizawa A, Harada A, Senda M, Tachihara Y, Muramatsu D, Kishigami S, Mori S, Sugiyama K, Senda T, Kimura S
    • Journal Title

      Biochemical Journal

      Volume: 462 Issue: 2 Pages: 257-265

    • DOI

      10.1042/bj20140384

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Substructure determination for native-SAD phasing,2016

    • Author(s)
      原田彩佳、山田悠介、Dorothee Liebschner, 松垣直宏、千田俊哉
    • Organizer
      American Crystallography Association 66th Annual meeting
    • Place of Presentation
      Denver, Colorado
    • Year and Date
      2016-07-22
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] S-SAD法による新規構造決定への試み2016

    • Author(s)
      原田彩佳、山田悠介、千田俊哉
    • Organizer
      東大新領域-KEK教育連携シンポジウム
    • Place of Presentation
      東大フューチャーセンター
    • Year and Date
      2016-03-18
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] S-SAD法による新規構造決定への試み2016

    • Author(s)
      原田彩佳、山田悠介、千田俊哉
    • Organizer
      量子ビームサイエンスフェスタ
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2016-03-15
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] S-SAD法による新規構造決定への試み2015

    • Author(s)
      原田彩佳、山田悠介、千田俊哉
    • Organizer
      日本生化学会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] The case of sulfur-SAD phasing trial of LigM from Sphingobium sp. SYK-62014

    • Author(s)
      Ayaka Harada, Yusuke Yamada, Dorothee Liebschner, Toshiya Senda
    • Organizer
      International Union of Crystallography (IUCr)
    • Place of Presentation
      モントリオール (カナダ)
    • Year and Date
      2014-08-05 – 2014-08-12
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] S-SAD法による位相決定のための解析条件の検討2014

    • Author(s)
      原田彩佳、山田悠介、Dorothee Liebschner,千田俊哉
    • Organizer
      日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      ワークピア横浜 (神奈川県 横浜市)
    • Year and Date
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • Related Report
      2014 Annual Research Report

URL: 

Published: 2015-01-22   Modified: 2024-03-26  

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