| Project/Area Number |
14J04356
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
Structural biochemistry
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| Research Institution | The Graduate University for Advanced Studies |
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Principal Investigator |
原田 彩佳 総合研究大学院大学, 高エネルギー加速器科学研究科, 特別研究員(DC2)
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| Project Period (FY) |
2014-04-25 – 2016-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2015)
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| Budget Amount *help |
¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
Fiscal Year 2015: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2014: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
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| Keywords | Native-SAD / SHELXD / 重原子探索 / スケーリング / GLO / SMP30 / ビタミンC / マルトース結合タンパク質 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
GLOの結晶構造解析における位相決定はSulfur-SAD (以下S-SAD) 法にて行う計画であったため、S-SAD法の標準プロトコルをSphingobium sp. SYK-6株の脱メチル化酵素 (LigM) を利用して検討してきた。S-SAD法による位相決定のための回折強度データの収集は、波長2.7 Å を用いてPhoton Factory BL-1Aにて行った。S原子座標の探索はSHLEXCとSHELXDを用いた。SHELXCの結果から、SHELXDにおけるS原子の探索の分解能は3.4 Åで行ったが、分解能3.4 ÅではS原子の位置が求まらなかった。そこで、SHELXDでS原子の探索を行う際の分解能とS原子の個数を細く設定しSHELXD-grid searchをかけてみた。SHELXD-grid searchの結果、多くの条件でS原子の位置を決定することができた。また、スケーリングの分解能を2.6から3.2Åまで0.1Åずつ変化させ、SHELXD-grid searchを行ったところ、S原子の位置が決定できたと判断できる分解能とS原子の個数組み合わせに相関が得られなかった。よって、スケーリングする際の分解能が0.1Å異なるだけで、SHELXD-grid searchの結果に影響することがわかった。S-SAD法による位相決定に向けて約 2年間150以上もの回折強度データを収集し、試行錯誤データ解析を行っていたが位相決定には至っていなかったが、採用２年目にしてS-SAD法による位相決定に成功しS-SAD法の標準プロトコル作成の目標へと一歩近づいた。また、『S-SAD法による位相決定のための解析手法の検討』という新しい研究の展開も可能になると考えられた。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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