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電気化学高速AFMと構造解析を用いた新規キノヘモプロテインの電子移動機構の解析

Research Project

Project/Area Number 14J08641
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Bio-related chemistry
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

武田 康太  東京農工大学, 大学院工学研究院, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2014-04-25 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Fiscal Year 2015: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywords酸化還元タンパク質 / ピロロキノリンキノン / ヘム / セロビース脱水素酵素 / 糖質関連酵素 / 生物電気化学 / 電子移動 / 高速AFM / PQQ / セロビオース脱水素酵素
Outline of Annual Research Achievements

真核生物由来で初のピロロキノリンキノン(PQQ)酵素である担子菌Coprinopsis cinerea由来ピラノース脱水素酵素(CcPDH)は、新規PQQドメインに加えて、シトクロムドメインとセルロース結合性ドメインを有した、構造的に特徴のある菌体外酸化還元酵素である。
全長酵素及び、各ドメインをそれぞれ切り離した組換え体を用いてその酵素学的性質を明らかとした。特徴的な性質として、逆いす形配座の立体配置をとる単糖に対して認識すること、セロビオース脱水素酵素のヘムドメインと類似した性質を有していること、さらにセルロースへの強い吸着能があることがわかった。各ドメインで至適pHが異なることを見出し、全体の電子伝達反応のなかで、分子内電子移動が反応の律速となっており、pHに依存していることが示唆された。電気化学測定により酵素内のPQQとヘムの酸化還元電位を決定することに成功し、本酵素の分子内電子移動機構が電位差によって制御されていることを示唆する結果を得た。
全長およびPQQドメインのみからなるタンパク質を、種々の電極上に固定化し直接電子移動型の酵素電極反応に関する知見を得た。PQQドメインのみで直接電子移動反応が可能であることを新たに見出した。タンパク質内に結合したPQQの酸化還元に由来するピーク波を観測することができ、PQQ酵素でこのような電極間と効率的な直接電子移動反応が観察された例は初めてである。
明らかにしたシトクロムドメインの構造解析を基に、変異体を作製して調べたところ、ヘム周辺の表面電荷がpHに依存したドメイン間の電子移動反応に関与することがわかり、変異によりpH依存性が変化する結果が得られたことは大変興味深い。金沢大との共同研究を遂行し、電気化学計測と高速原子間力顕微鏡(HS-AFM)の同時測定が可能な電気化学HS-AFM装置の構築をした。本手法により、酸化還元反応に伴うタンパク質一分子の動的挙動を直接観察が可能となる。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2015 Annual Research Report
  • 2014 Annual Research Report
  • Research Products

    (26 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] Multi-enzyme anode composed of FAD-dependent and NAD-dependent enzymes with a single ruthenium polymer mediator for biofuel cells2015

    • Author(s)
      R. Sakuta, K. Takeda, T. Ishida, K. Igarashi, M. Samejima, N. Nakamura, H. Ohno
    • Journal Title

      Electrochemistry Communications

      Volume: 56 Pages: 75-78

    • DOI

      10.1016/j.elecom.2015.04.013

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Real-time dynamic adsorption processes of cytochrome c on an electrode observed through electrochemical high-speed atomic force microscopy2015

    • Author(s)
      K. Takeda, T. Uchihashi, H. Watanabe, T. Ishida, K. Igarashi, N. Nakamura, H. Ohno
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 10 Issue: 2 Pages: e0116685-e0116685

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0116685

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Characterization of a novel PQQ-dependent quinohemoprotein pyranose dehydrogenase from Coprinopsis cinerea classified into auxiliary activities family 12 in carbohydrate-active enzymes2015

    • Author(s)
      K. Takeda, H. Matsumura, T. Ishida, M. Samejima, H. Ohno, M. Yoshida, K. Igarashi, N. Nakamura
    • Journal Title

      10.1371/journal.pone.0115722

      Volume: 10 Issue: 2 Pages: e0115722-e0115722

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0115722

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A novel pyrroloquinoline quinone-dependent 2-keto-D-glucose dehydrogenase from Pseudomonas aureofaciens2015

    • Author(s)
      Kiwamu Umezawa, Kouta Takeda, Takuya Ishida, Naoki Sunagawa, Akiko Makave, Kazuo Isobe, Keisuke Koba, Hiroyuki Ohno, Masahiro Samejima, Nobuhumi Nakamura, Kiyohiko Igarashi, Makoto Yoshida
    • Journal Title

      Journal of Bacteriology

      Volume: 197(8) Issue: 8 Pages: 1322-1329

    • DOI

      10.1128/jb.02376-14

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Discovery of a eukaryotic pyrroloquinoline quinone-dependent oxidoreductase belonging to a new auxiliary activity family in the database of carbohydrate-active enzymes2014

    • Author(s)
      Hirotoshi Matsumura, Kiwamu Umezawa, Kouta Takeda, Naohisa Sugimoto, Takuya Ishida, Masahiro Samejima, Hiroyuku Ohno, Makoto Yoshida, Kiyohiko Igarashi, Nobuhumi Nakamura
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 9(8) Issue: 8 Pages: e104851-e104851

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0104851

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Direct bioelectrocatalysis of PQQ-dependent pyranose dehydrogenase adsorbed on a glassy carbon electrode at various pH levels2015

    • Author(s)
      K. Takeda, H. Matsumura, T. Ishida, M. Yoshida, K. Igarashi, M.Samejima, N. Nakamura, H. Ohno
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2015 (Pacifichem 2015)
    • Place of Presentation
      Honolulu, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2015-12-15
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Direct electron transfer of a PQQ domain of pyranose dehydrogenase on Au electrodes2015

    • Author(s)
      R. Kusuoka, K. Takeda, K. Igarashi, M. Samejima, N. Nakamura, and H. Ohno
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2015 (Pacifichem 2015)
    • Place of Presentation
      Honolulu, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2015-12-15
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] PQQ依存性酵素を用いたガラクツロン酸酸化触媒によるガラクタロ-1,4-ラクトン生成2015

    • Author(s)
      作田陸、武田康太、大野弘幸、中村暢文
    • Organizer
      第48回酸化反応討論会
    • Place of Presentation
      同志社大学寒梅館(京都府京都市上京区)
    • Year and Date
      2015-10-23
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 担子菌から発見されたPQQ依存性ピラノース脱水素酵素の機能解析2015

    • Author(s)
      武田康太、松村洋寿、吉田誠、五十嵐圭日子、鮫島正浩、大野弘幸、中村暢文
    • Organizer
      第9回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      熊本大学工学部 黒髪南地区キャンパス(熊本県熊本市中央区)
    • Year and Date
      2015-09-10
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 自己組織化単分子膜修飾電極上に固定したピロロキノリンキノンの電気化学的応答に金属イオンが与える影響2015

    • Author(s)
      楠岡諒、武田康太、大野弘幸、中村暢文
    • Organizer
      第9回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      熊本大学工学部 黒髪南地区キャンパス(熊本県熊本市中央区)
    • Year and Date
      2015-09-10
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 自己組織化単分子膜がPQQ依存性ピラノース脱水素酵素の電子移動反応に与える影響2015

    • Author(s)
      上村岳久、武田康太、五十嵐圭日子、鮫島正浩、大野弘幸、中村暢文
    • Organizer
      第9回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      熊本大学工学部 黒髪南地区キャンパス(熊本県熊本市中央区)
    • Year and Date
      2015-09-10
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Real-time dynamic adsorption processes of cytochrome c on an electrode obseved through electrochemical high-speed atomic force microscopy2015

    • Author(s)
      K. Takeda, T. Uchihashi, H. Watanabe, T. Ishida, K. Igarashi, N. Nakamura and H. Ohno
    • Organizer
      The 1st TUAT-NCTU Joint Colloquium on Interdisciplinary Photon-nano Science
    • Place of Presentation
      八王子セミナーハウス(東京都八王子市)
    • Year and Date
      2015-07-13
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 電極表面におけるタンパク質分子の動的挙動をリアルタイムで観察できる電気化学高速AFM装置の開発2015

    • Author(s)
      武田康太、内橋貴之、渡辺大輝、石田卓也、五十嵐圭日子、中村暢文、大野弘幸
    • Organizer
      第95回日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学理工学部船橋キャンパス/薬学部(千葉県船橋市)
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Niを導入した超好熱性古細菌由来Group Ⅲアルコール脱水素酵素の発現と機能解析2015

    • Author(s)
      杉本親宣、武田康太、養王田正文、中村暢文、大野弘幸
    • Organizer
      第95回日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学理工学部船橋キャンパス/薬学部(千葉県船橋市)
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] キノヘモプロテインピラノース脱水素酵素のPQQドメインの直接電子移動反応2015

    • Author(s)
      楠岡涼、武田康太、吉田誠、五十嵐圭日子、鮫島正浩、中村暢文、大野弘幸
    • Organizer
      第95回日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学理工学部船橋キャンパス/薬学部(千葉県船橋市)
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] NAD依存性及びFAD依存性酵素をレドックスポリマーで固定したマルチ酵素電極の作製2015

    • Author(s)
      作田陸、武田康太、五十嵐圭日子、鮫島正浩、中村暢文、大野弘幸
    • Organizer
      電気化学会第82回大会
    • Place of Presentation
      横浜国立大学(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2015-03-15 – 2015-03-17
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Characterization of a group Ⅲ Alcohol dehydrogenase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT32014

    • Author(s)
      N. Nakamura, C. Sugimoto, K. Takeda, M. Yohda, H. Ohno
    • Organizer
      7th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC7)
    • Place of Presentation
      Gold Coast, Australia
    • Year and Date
      2014-11-30 – 2014-12-05
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Enzymatic properties of eukaryotic pyrroloquinoline quinone-dependent sugardehydrogenase belonging to a new auxiliary activity family 122014

    • Author(s)
      K. Takeda, H. Matsumura, T. Ishida, M. Samejima, H. Ohno, M. Yoshida, K. Igarashi, N. Nakamura
    • Organizer
      7th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC7)
    • Place of Presentation
      Gold Coast, Australia
    • Year and Date
      2014-11-30 – 2014-12-05
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 担子菌由来PQQキノヘモプロテイン糖質脱水素酵素の分子内電子移動と電極との直接電子移動2014

    • Author(s)
      武田康太、吉田誠、五十嵐圭日子、鮫島正浩、中村暢文、大野弘幸
    • Organizer
      2014年電気化学会秋季大会
    • Place of Presentation
      北海道大学高等教育推進機構(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-27 – 2014-09-28
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 超高熱性古細菌Pyrococcus horikoshii OT3由来NAD(H)依存型アルコール脱水素酵素の発現系構築とその機能解析2014

    • Author(s)
      杉本親宣、武田康太、養王田正文、中村暢文、大野弘幸
    • Organizer
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学津島キャンパス一般教育棟(岡山県岡山市)
    • Year and Date
      2014-09-11 – 2014-09-13
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 電気化学高速AFMによるシトクロムc分子の吸着過程のリアルタイム観察2014

    • Author(s)
      武田康太、渡辺大輝、内橋貴之、石田卓也、五十嵐圭日子、中村暢文、大野弘幸
    • Organizer
      ナノ学会第12回大会
    • Place of Presentation
      京都大学おうばくプラザ(京都府宇治市)
    • Year and Date
      2014-05-22 – 2014-05-24
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Real-time imaging of dynamic adsorption processes of cytochrome c on the SAM modified gold electrode by electrochemical high-speed atomic force microscopy2014

    • Author(s)
      K. Takeda, T. Uchihashi, H. Watanabe, T. Ishida, K. Igarashi, N. Nakamura and H. Ohno
    • Organizer
      8th International symposium on organic molecular electronics (ISOME 2014)
    • Place of Presentation
      東京農工大学(東京都小金井市)
    • Year and Date
      2014-05-15 – 2014-05-16
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Construction of a flow cell-type biofuel cell to produce usefil compounds as well as electric energy2014

    • Author(s)
      R. Sakuta, K. Takeda, K. Igarashi, M. Samejima, N. Nakamura and H. Ohno
    • Organizer
      8th International symposium on organic molecular electronics (ISOME 2014)
    • Place of Presentation
      東京農工大学(東京都小金井市)
    • Year and Date
      2014-05-15 – 2014-05-16
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Remarks] きのこ由来新規ピロロキノリンキノン(PQQ)依存性糖酸化酵素の発見

    • URL

      http://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/2014/20140829-1.html

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Remarks] 電気刺激による生体分子を観察可能な電気化学高速AFM装置を開発

    • URL

      http://www.tuat.ac.jp/disclosure/pressrelease/2014/20150107205542/

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Remarks] 電極表面でのタンパク質分子の動きを直接観察する電気化学高速原子間力顕微鏡の開発

    • URL

      http://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/2015/20150217-1.html

    • Related Report
      2014 Annual Research Report

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Published: 2015-01-22   Modified: 2024-03-26  

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