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メニーコア搭載スーパーコンピュータ上での超大規模グラフ処理のメモリ階層最適化基盤

Research Project

Project/Area Number 14J11503
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field High performance computing
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

白幡 晃一  東京工業大学, 大学院情報理工学研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2014
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2014: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
KeywordsGPU / 大規模グラフ処理 / Map Reduce / メモリ処理 / スーパーコンピューター
Outline of Annual Research Achievements

SNS解析、道路ネットワーク、スマートグリッド、創薬、遺伝子解析等多くの分野で超大規模グラフに対する高速処理が求められている。普及が進みつつあるメニーコアを搭載したスーパーコンピュータを想定し、超大規模グラフ処理における階層的なメモリ管理技術の提案を行った。メニーコア上のメモリに載り切らないデータを効率的に処理するため、分散・多階層メモリを抽象化可能なMapReduceモデルを想定し、CPUからメニーコアに対して自動的にグラフデータを分割しながら、メニーコア上での計算とCPU・メニーコア間の転送を最大限にオーバーラップさせる手法を提案した。TSUBAME2.5の1024ノード(12288CPUコア、3072GPU)上での評価において、3072GPUのメモリ容量を超えるグラフデータ(172億頂点、2749億枝)を、CPU上での実行に対して2.10倍の高速化(毎秒28億枝)を確認した。また、GPU搭載スーパーコンピュータ上でのMapReduce処理に利用可能な大規模GPU分散ソートを提案し、CPU上での実行に対して1.40倍の高速化を確認した。さらに、MapReduce型大規模データ処理の特性をより詳細に把握するため、メタゲノム相同性検索アプリケーションを種々のMapReduce処理系に実装し、我々の処理系が代表的な既存のMapReduce処理系に対して4.54倍の性能を確認した。別の分散メモリの仮想化方法としてAPGASプログラミング言語X10を用いた場合のGPUの使用による効果の検証も行い、格子QCDアプリケーションを用いた32GPU上での実験においてCPU上での実行に対して11.0倍の高速化を確認した。最重要カーネルの一つである超大規模グラフ処理に対して多階層メモリを活用する基盤技術の提案・開発によりエクストリーム・ビッグデータ処理に向けた要素技術の実現に貢献した。

Research Progress Status

本研究課題は平成27年度の交付申請を辞退するため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

本研究課題は平成27年度の交付申請を辞退するため、記入しない。

Report

(1 results)
  • 2014 Annual Research Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2015 2014

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (5 results)

  • [Journal Article] Performance Analysis of Lattice QCD on GPUs in APGAS Programming Model2015

    • Author(s)
      Koichi Shirahata, Jun Doi, Mikio Takeuchi
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告

      Volume: 2015-HPC-148 Issue: 20 Pages: 1-8

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Journal Article] Performance Analysis of MapReduce Implementations for High Performance Homology Search2014

    • Author(s)
      Zhang Chaojie, Koichi Shirahata, Shuji Suzuki, Yutaka Akiyama, Satoshi Matsuoka
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告

      Volume: 2014-HPC-147 Issue: 29 Pages: 1-7

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Journal Article] Large-scale Distributed Sorting for GPU-based Heterogeneous Supercomputers2014

    • Author(s)
      Hideyuki Shamoto, Koichi Shirahata, Aleksandr Drozd, Hitoshi Sato, Satoshi Matsuoka
    • Journal Title

      2014 IEEE International Conference on BigData

      Volume: - Pages: 510-518

    • DOI

      10.1109/bigdata.2014.7004268

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Out-of-core GPU Memory Management for MapReduce-based Large-scale Graph Processing2014

    • Author(s)
      Koichi Shirahata, Hitoshi Sato, Satoshi Matsuoka
    • Journal Title

      2014 IEEE International Conference on Cluster Computing

      Volume: - Pages: 221-229

    • DOI

      10.1109/cluster.2014.6968748

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Performance Analysis of Lattice QCD on GPUs in APGAS Programming Model2015

    • Author(s)
      Koichi Shirahata, Jun Doi, Mikio Takeuchi
    • Organizer
      GPU Technology Conference 2015
    • Place of Presentation
      ラマダ サンノゼ コンベンションセンター (アメリカ合衆国カリフォルニア州サンノゼ)
    • Year and Date
      2015-03-17 – 2015-03-20
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Accelerating Lattice QCD on GPU Clusters using X102014

    • Author(s)
      Koichi Shirahata, Jun Doi, Mikio Takeuchi
    • Organizer
      GPU Technology Conference Japan 2014
    • Place of Presentation
      東京ミッドタウン(東京都港区)
    • Year and Date
      2014-07-16
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] GPU Implementation of Splitter-based Parallel Sorting for Large-scale Heterogeneous Architectures2014

    • Author(s)
      Hideyuki Shamoto, Koichi Shirahata, Aleksandr Drozd, Hitoshi Sato, Satoshi Matsuoka
    • Organizer
      GPU Technology Conference Japan 2014
    • Place of Presentation
      東京ミッドタウン(東京都港区)
    • Year and Date
      2014-07-16
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Performance Analysis of Lattice QCD Application with APGAS Programming Model2014

    • Author(s)
      Koichi Shirahata, Jun Doi, Mikio Takeuchi
    • Organizer
      The 2014 X10 Workshop (X10'14) co-located with PLDI'14
    • Place of Presentation
      アッセンブリールーム (イギリス スコットランド エジンバラ)
    • Year and Date
      2014-06-12
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Porting MPI based HPC Applications to X102014

    • Author(s)
      Hideki Murata, Michihiro Horie, Koichi Shirahata, Jun Doi, Hideki Tai, Mikio Takeuchi, Kiyokuni Kawachiya
    • Organizer
      The 2014 X10 Workshop (X10'14) co-located with PLDI'14
    • Place of Presentation
      アッセンブリールーム (イギリス スコットランド エジンバラ)
    • Year and Date
      2014-06-12
    • Related Report
      2014 Annual Research Report

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Published: 2015-01-22   Modified: 2024-03-26  

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