| Project/Area Number |
15013261
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Waseda University |
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Principal Investigator |
胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学部, 助教授 (80300870)
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| Project Period (FY) |
2003
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2003)
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| Budget Amount *help |
¥4,700,000 (Direct Cost: ¥4,700,000)
Fiscal Year 2003: ¥4,700,000 (Direct Cost: ¥4,700,000)
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| Keywords | 構造ゲノミクス / 生体分子立体構造解析及び予測 / フォールディング / 構造生物学 / ゲノムデータベース / X線結晶解析 / 構造活性相関 / 生体高分子 |
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| Research Abstract |
特殊なDNA構造を識別する新規DNA結合タンパク質のデータベースからの検索を行うためには、特殊なDNA構造に結合するタンパク質の立体構造情報が必要である。しかし、現時点で利用可能な特殊なDNAに結合するタンパク質の立体構造情報は非常に少ない。そこで、本研究では、特殊なDNAとして単鎖DNA構造、メチル化DNA構造、引き伸ばされたDNA構造、そして特殊なDNA配列などを選定し、これらのDNAと結合するタンパク質の立体構造を、DNA-タンパク質複合体として決定することをめざした。特殊DNA構造に結合するタンパク質として、大腸菌SeqAタンパク質(メチル化DNAに結合)、そして大腸菌もしくは好熱菌DnaA(複製開始点DNAに結合)を選び、それらの全長もしくはDNA結合ドメインを用いて、特殊なDNAとの複合体を形成し結晶化を行った。まず、大腸菌SeqAタンパク質、そして大腸菌および好熱菌DnaAタンパク質の全長もしくはDNA結合ドメインの大量発現系を作製し、これらのタンパク質の大量調製を行った。そして、これらのタンパク質およびDNA結合ドメインと認識する特殊なDNAとの複合体の結晶化を、ハンギングドロップ法により行ったところ、SeqA DNA合ドメイン-ヘミメチル化DNA複合体およびDnaA DNA結合ドメイン-oriDNA複合体の結晶化に成功した。得られた単結晶は、理化学研究所播磨研究所現有のSPring8放射光施設を使用して解析し、これらの複合体のX線回折データより、SeqA-ヘミメチル化DNA複合体およびDnaA-oriDNA複合体の立体構造を決定した。現在、得られた立体構造情報および特色を利用して、既存のデータベースから、新規の特殊なDNA構造に結合するタンパク質の検索を行い、同定することを試みている。
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