| Project/Area Number |
15654025
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Exploratory Research
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
Global analysis
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
中村 玄 北海道大学, 大学院・理学研究科, 教授 (50118535)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
儀我 美一 東京大学, 大学院・数理科学研究科, 教授 (70144110)
利根川 吉廣 北海道大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (80296748)
泉屋 周一 北海道大学, 大学院・理学研究科, 教授 (80127422)
田中 勲 北海道大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70093052)
姚 閔 北海道大学, 大学院・理学研究科, 助手 (40311518)
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| Project Period (FY) |
2003 – 2004
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2004)
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| Budget Amount *help |
¥2,900,000 (Direct Cost: ¥2,900,000)
Fiscal Year 2004: ¥1,400,000 (Direct Cost: ¥1,400,000)
Fiscal Year 2003: ¥1,500,000 (Direct Cost: ¥1,500,000)
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| Keywords | Ten Aホモログ / 数値微分 / 蛋白質立体構造解析 / 等位面法 / ハミルトン・ヤコビ方程式 |
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| Research Abstract |
本研究課題の研究目的である生データからタンパク質の3次元初期モデルを自動生成することは当初のアイデアでは、なかなか難しいことが分かった。それは部分的にはアイデアは有効であっても、その有効性の度合いがあまり顕著とはいえないこと、そしてそれを全体の中にどう組み込むかについてのソフトウエア作成技術上の問題のためである。そこで今年度は、関連する研究を行い具体的な成果をあげることにつとめた。具体的な研究成果は、次の二つである。
(1)Pyrococcus horikoshii由来のTenAホモログの構造解析を行った.分子表面には負の電荷を持った部位が存在しており,その部分に未知のリガンドが結合していた.このことからTenAはこれまで考えられていたような転写因子ではなく,おそらくは酵素として働いているものと考えられる.
(2)当該研究課題の関連研究として画像データの認識手段に有効な数値微分法を考案し、その数値実験を行った。数値実験結果は極めて良く、かつ誤差に対してもrobustな方法であることが分かった。この方法は、当該研究に関連する蛋白質の結晶生成過程に必要な溶液中の結晶成長の有無等を、写真撮影画像データから自動判別するのに有効な可能性が高い。またこのような応用ばかりでなく、MRE検査で得られるデータから初期乳がんの発見をするのにも有効と思われる。
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