| Project/Area Number |
15659355
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Exploratory Research
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
Orthopaedic surgery
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| Research Institution | The University of Tokushima |
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Principal Investigator |
江川 洋史 徳島大学, 医学部・歯学部附属病院, 助手 (20359912)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
安井 夏生 徳島大学, 大学院・ヘルスバイオサイエンス研究部, 教授 (00157984)
板倉 光夫 徳島大学, ゲノム機能研究センター, 教授 (60134227)
中野 俊次 徳島大学, 医学部・歯学部附属病院, 講師 (60294683)
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| Project Period (FY) |
2003 – 2004
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2004)
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| Budget Amount *help |
¥3,300,000 (Direct Cost: ¥3,300,000)
Fiscal Year 2004: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2003: ¥2,000,000 (Direct Cost: ¥2,000,000)
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| Keywords | 関節リウマチ / 罹患同胞対解析 / 関連解析 / 疾患感受性遺伝子 / SNP / LD block / ハプロタイプ |
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| Research Abstract |
独自に行った関節リウマチ罹患同胞対解析の結果をもとに、疾患感受性候補領域約25.3Mbを選定し、疾患感受性遺伝子を同定するためSNP(single nucleotide polymorphism)を用いた網羅的関連解析および連鎖不平衡解析を行った。
候補領域内のNPをデータベースより抽出し日本人健常対照者46名のゲノムDNAを用いて頻度調査を行い、マイナーアレル頻度15%以上で、遺伝子領域を平均10〜20kb間隔でカバーするマーカーセットを作成した。TaqManアッセイを用いたタイピングをまずRA患者380名、健常対照者380名で行い、アレル頻度の差をx^2検定で解析した。728 SNP中P<0.05であった48 SNPを新たなRA患者380名、健常対照者380名でタイピングした。4 SNPが再現性を持って有意差を示し、これらのSNPはSEC8L1遺伝子のイントロン10に隣接して存在していた。これらのデータを統合したケース・コントロール760名ずつの解析ではSNP 441(rs2911495)でP=0.000059と強い有意差が検出された。
SNP441周辺の連鎖不平衡解析を行うと、再現性を持って有意差を示したSNPはSEC8L1遺伝子内の約300kbのLD(linkage disequilibrium)ブロック内に存在していた。ブロック内に他の遺伝子は存在せずSEC8L1が疾患感受性遺伝子であることが予測された。ブロック内でのハプロタイプ解析では疾患感受性ハプロタイプ、疾患抵抗性ハプロタイプを同定した。
培養滑膜線維芽細胞を含む人の組織を用いた発現解析ではSEC8L1がほぼユビキタスに発現していることが確認された。
以上の結果よりSEC8L1を新規関節リウマチ疾患感受性遺伝子としてArthritis and Rheumatismに発表予定である。
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