| Project/Area Number |
15700248
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
Bioinformatics/Life informatics
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| Research Institution | International Christian University (2005)
The University of Aizu (2003-2004) |
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Principal Investigator |
LUKAS Pichl (LUKAS PICHL / PICHL Lukas) 国際基督教大学, 教養学部, 助教授 (10343394)
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| Project Period (FY) |
2003 – 2005
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2005)
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| Budget Amount *help |
¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
Fiscal Year 2005: ¥500,000 (Direct Cost: ¥500,000)
Fiscal Year 2004: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2003: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
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| Keywords | 細胞膜 / MCシミュレーション / 量子化学 / レトロウイルス / MRD-CI / Molecular Dynamics / Preintegration complex / VPR蛋白質 |
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| Research Abstract |
平成15-16年度で開発した計算方法を実行し、理化学研究所(分子ウィルスグループ)とルンド大学で行った実験結果を解析した。特にVprタンパク質を中心として、様々な分子力学計算解析を行った。
脂質、コレステロール、および界面活性剤の混合物を用いた音波浮揚ドロップ内で形成された脂質二重層にVpr蛋白質あるいはその変異体を組み込んだ。
構成成分の脂質とコレステロール濃度の効果を検討した。溶液中でのVprオリゴマー、Vpr-importinα、およびVpr-脂質単層膜、Vpr細胞膜貫通型Gromacsを用いたMDダイナミックシミュレーションによるin silicoスクリーニングの解析を行った。
本研究では、Vprとimportinαは結合するサイトを理解して、それぞれの蛋白質のαhelixファンクションを明らかにした。Energy Minimizationアルゴリズムを使い、in silico結合可能性スクリーニング方法を最大化して、それぞれの蛋白質のアミノ酸に突然変異を含められるスクリーニングを可能とした。
生化学実験(理化学研究所、間教授クループ)から得られたパラメータを取り入れたモデルをコンピュータ上で計算し、ウィルスと脂質二重層の動的挙動を追跡することにより融合過程における情報を得て、重要なアミノ酸シクェンスを解析した。現在、EMベースのHTS計算方法を使い、Vpr2量対及びimportinα2量対システムへの応用を次の目的としている。
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