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Important agronomic genes in Japanese rice cultivars

Research Project

Project/Area Number 15H04436
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Science in genetics and breeding
Research InstitutionKobe University

Principal Investigator

Yamasaki Masanori  神戸大学, 農学研究科, 准教授 (00432550)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 梶 亮太  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 北海道農業研究センター, グループ長 (40414809)
横上 晴郁  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 東北農業研究センター, 主任研究員 (10355307)
前田 英郎  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 中央農業研究センター, グループ長 (40442751)
片岡 知守  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 九州沖縄農業研究センター, 上級研究員 (20355308)
出田 収  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 西日本農業研究センター, グループ長 (40414651)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥16,510,000 (Direct Cost: ¥12,700,000、Indirect Cost: ¥3,810,000)
Fiscal Year 2018: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2017: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2016: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2015: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Keywords日本水稲品種 / 遺伝学 / 育種学 / 重要遺伝子 / 適応遺伝子 / ゲノムワイドアソシエーション解析 / QTL解析 / イネ / 農業形質 / ゲノムワイドアソシエーション解析(GWAS) / 遺伝子 / ゲノム / ゲノムワイドアソシエーション解析(GWAS) / QTL(量的形質遺伝子座)
Outline of Final Research Achievements

This study aims at the identification of rice agronomic genes that contribute to the breeding of the present Japanese improved cultivars (important agronomic genes) and adapt to local cultivation (adaptation genes), and the clarification of the rice adaptation to local areas and climates and breeding history in gene level. We have cultivated and phenotyped a Japanese rice population composed of 144 cultivars in six locations throughout Japan. The genes important to agronomic traits and local-adaptation in Japan were identified by genome-wide association studies using the Japanese rice population and QTL analysis using recombinant inbred line populations.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

これまでに、共通した水稲品種を材料に日本各地で栽培試験された事例が非常に少なく、研究組織内の研究分担者間の研究交流の活性化につながった。本研究成果によって、注目すべき重要遺伝子と適応遺伝子が絞り込まれたことによって、効率的な新品種育成が示された。今後の育種への指針を示しただけでなく、各品種の生育予測やゲノミックセレクションやこれから急速に普及していく人工知能研究にも利用できると考えられた。

Report

(5 results)
  • 2018 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (51 results)

All 2019 2018 2017 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 7 results) Presentation (29 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 4 results) Book (1 results) Remarks (10 results)

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    • Author(s)
      Yabe Shiori、Yoshida Hiroe、Kajiya-Kanegae Hiromi、Yamasaki Masanori、Iwata Hiroyoshi、Ebana Kaworu、Hayashi Takeshi、Nakagawa Hiroshi
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 13 Issue: 11 Pages: e0207627-e0207627

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0207627

    • NAID

      120006543321

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    • Author(s)
      Okada Satoshi、Sasaki Megumi、Yamasaki Masanori
    • Journal Title

      Rice

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 53-53

    • DOI

      10.1186/s12284-018-0246-x

    • NAID

      120006528281

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    • Author(s)
      Satoshi Okada、 Akio Onogi、 Ken Iijima、 Kiyosumi Hori、 Hiroyoshi Iwata、 Wakana Yokoyama、 Miki Suehiro、 Masanori Yamasaki
    • Journal Title

      Breeding Science

      Volume: 68 Issue: 2 Pages: 210-218

    • DOI

      10.1270/jsbbs.17112

    • NAID

      130006743984

    • ISSN
      1344-7610, 1347-3735
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    • Author(s)
      Okada S., M. Suehiro, K. Ebana, K. Hori, A. Onogi, H. Iwata and M. Yamasaki
    • Journal Title

      Theoretical and Applied Genetics

      Volume: 130 Issue: 12 Pages: 2567-2585

    • DOI

      10.1007/s00122-017-2977-2

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      Yano, K., E. Yamamoto, K. Aya, H. Takeuchi, P.-C. Lo, L. Hu, M. Yamasaki, S. Yoshida, K. Hirano, H. Kitano and M. Matsuoka
    • Journal Title

      Nature Genetics

      Volume: 48 Issue: 8 Pages: 927-934

    • DOI

      10.1038/ng.3596

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      Goda, T., H. Teramura, M. Suehiro, K. Kanamaru, H. Kawaguchi, C. Ogino, A. Kondo, M. Yamasaki
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 80 Issue: 5 Pages: 863-869

    • DOI

      10.1080/09168451.2015.1136882

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    • Author(s)
      Onogi, A., O. Ideta, T. Yoshioka, K. Ebana, M. Yamasaki and H. Iwata
    • Journal Title

      PLOS One

      Volume: 11(2) Issue: 2 Pages: e0148609-e0148609

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0148609

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      Yabe, S., H. Yoshida, H. Kanegae, E. Yamamoto, E. Fushimi, M. Yamasaki, H. Iwata, K. Ebana, T. Hayashi and H. Nakagawa
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      Plant & Animal Genome XXVII Conference
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      岡田聡史・佐々木萌・山崎将紀
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      第135回日本育種学会
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      矢部志央理・吉田ひろえ・鐘ケ江弘美・山本英司・山崎将紀・岩田洋佳・江花薫子・伏見栄利奈・前田英郎・林武司・中川博視
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      第135回日本育種学会
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      石丸陽平・Rym Fekih・岡田聡史・宮城竜太郎・尾鼻孝浩・鈴木一代・稲森稔・榎宏征・山崎将紀
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      第135回日本育種学会
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      Fekih, R., S. Okada, H. Ishizaki, Y. Ishimaru, W. Yokoyama, M. Suehiro, M. Maeda and M. Yamasaki
    • Organizer
      16th International Symposium on Rice Functional Genomics
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      中川博視・吉田ひろえ・山崎将紀・岩田洋佳・鐘ケ江弘美・矢部志央理・伏見栄利奈
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      第246回日本作物学会
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      濱崎甲資・鐘ケ江弘美・山崎将紀・江花薫子・矢部志央理・中川博視・岩田洋佳
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      第134回日本育種学会
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      矢部志央理・吉田ひろえ・鐘ケ江弘美・山崎将紀・岩田洋佳・江花薫子・伏見栄利奈・梶亮太・横上晴郁・前田英郎・村田和優・出田収・片岡知守・林武司・中川博視
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      Nakagawa, H., H. Yoshida, M. Yamasaki, S. Yabe, E. Fushimi, H. Kajiya-Kanegae and H. Iwata
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      International Rice Congress: IRC2018
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      矢部志央理・吉田ひろえ・伏見栄利奈・山崎将紀・林武司・中川博視
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      堀清純・米丸淳一・鈴木啓太郎・飯島健・辻井良政・小俣衣央梨・仁木沙都美・木村圭一・朱紅加・山崎将紀・江花薫子・高野克己
    • Organizer
      第131回日本育種学会講演会
    • Place of Presentation
      名古屋大
    • Year and Date
      2017-03-29
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      岡田聡史・横山若菜・飯島健・堀清純・山崎将紀
    • Organizer
      第131回日本育種学会講演会
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      名古屋大
    • Year and Date
      2017-03-29
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  • [Presentation] Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new influencing agronomic traits in rice.2017

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      Yamasaki, M., K. Yano, M. Maeda, S. Yoshida, H. Kitano, K. Hirano, G. Tamiya, K. Doi and M. Matsuoka
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      59th Annual Maize Genetics Conference
    • Place of Presentation
      St. Louis, Missouri, USA
    • Year and Date
      2017-03-09
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  • [Presentation] Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new influencing agronomic traits in rice.2017

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      Yano, K., E. Yamamoto, K. Aya, H. Takeuchi, P.-C. Lo, L. Hu, M. Yamasaki, S. Yoshida, K. Hirano, H. Kitano and M. Matsuoka
    • Organizer
      Plant & Animal Genomes XXV Conference
    • Place of Presentation
      San Diego, California, USA
    • Year and Date
      2017-01-14
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      濱崎甲資・鐘ケ江弘美・山崎将紀・江花薫子・矢部志央理・中川博視・岩田洋佳
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      日本育種学会第132回講演会
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      岡田聡史・横山若菜・末廣美紀・山崎将紀
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      矢部志央理・吉田ひろえ・鐘ケ江弘美・山崎将紀・岩田洋佳・江花薫子・林武司・中川博視
    • Organizer
      日本育種学会第132回講演会
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      山崎将紀・前田道弘・田宮元・土井一行
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      第11回ムギ類研究会・第8回中国地域育種談話会共催
    • Place of Presentation
      岡山大学資源植物科学研究所
    • Year and Date
      2016-12-10
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      第11回ムギ類研究会・第8回中国地域育種談話会共催
    • Place of Presentation
      岡山大学資源植物科学研究所
    • Year and Date
      2016-12-10
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  • [Presentation] 日本型水稲品種の炊飯物性値に関するゲノムワイドアソシエーション解析2016

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      和田卓也・山崎将紀・出田収・井上敬・坪根正雄・宮原克典・宮崎真行
    • Organizer
      第130回日本育種学会講演会
    • Place of Presentation
      鳥取大
    • Year and Date
      2016-09-24
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  • [Presentation] 酒米品種「山田錦」を特徴付ける粒形QTL2016

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      岡田聡史・坂本拓也・末廣美紀・横山若菜・飯島健・堀清純・山崎将紀
    • Organizer
      第130回日本育種学会講演会
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      鳥取大
    • Year and Date
      2016-09-24
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      山崎将紀
    • Organizer
      第40回酒米懇談会
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      東京
    • Year and Date
      2016-09-01
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  • [Presentation] GWAS解析を用いたイネ農業関連遺伝子の単離2016

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      竹内秀征・矢野憲司・安益公一郎・胡麗・山崎将紀・吉田晋弥・平野恒・北野英巳・松岡信
    • Organizer
      日本育種学会第129回大会
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      横浜市立大学( 神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2016-03-21
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  • [Presentation] 日本水稲品種群を使った農業形質の遺伝解析.2016

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      山崎将紀・出田収・前田道弘・岩田洋佳・堀清純・江花薫子・横山若菜・吉岡拓磨・Arturo Garcia・片岡知守・梶亮太・横上晴郁・前田英郎・村田和優・中川博視・土井一行
    • Organizer
      日本育種学会第129回大会
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      横浜市立大学( 神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2016-03-21
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      横浜市立大学( 神奈川県横浜市)
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      2016-03-21
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      第492回日本農芸化学会関西支部例会
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      2015-09-01
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      山崎将紀
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      802
    • Publisher
      丸善出版
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Published: 2015-04-16   Modified: 2022-10-07  

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