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日本列島におけるミヤコグサの開花期の地域適応と種内分化機構の解明

Research Project

Project/Area Number 15J00897
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biodiversity/Systematics
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

若林 智美  京都大学, 人間・環境学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥3,300,000 (Direct Cost: ¥3,300,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Keywordsミヤコグサ / 環境適応 / 全ゲノム関連解析 / 開花時期 / flowering time / natural variation
Outline of Annual Research Achievements

今年度に行った研究活動は大きく次のように大別できる。:(1)全ゲノム関連解析を用いた有力な候補遺伝子の検出;(2)候補遺伝子の機能解析;(3)ゲノムワイドな手法を用いた集団遺伝学的解析;(4)共通圃場実験による形質データの収集及び観察;(5)研究成果の発信
(1)これまでの経験を生かし、複数のモデルと複数の環境下で収集された形質データを用いて、より有力な候補遺伝子の検出を試みた。本年度はこれまでの全ゲノム関連解析とは異なり、新たに得られた宮城県鹿島台の圃場における形質データを加えて行われた。より明確な結果を得られ、既知の開花関連遺伝子の相同遺伝子を複数含む信頼性の高い候補遺伝子を得た。(2)基礎生物学研究所の川口正代司教授のご指導のもと、これまでに挙げられていた候補遺伝子に対する機能解析を引き続き行った。平成27年度に作成していた形質転換体を用いて、世代を重ねる作業と形質(開花時期)の計測を行た。
(3)前年度に引き続き、デンマーク及び国内の共同研究者らと連携して、国内野生系統を用いたゲノムワイドな集団遺伝解析を行った。133系統の40万以上のSNPs情報を元に、集団構造解析や、PSMC解析及びFSTの値をもとにした集団間分化や過去の集団サイズの変動の推定を行った。得られた結果は現在共同研究者らと連携して論文化を進めている。
(4)沖縄県糸満市の圃場において国内野生系統及び組替自殖系統を、それぞれ130系統、100系統用いた共通圃場実験を開始した。新たに得られる形質データを加えることで、解析の強度を上げることが期待できる。
(5)新たに得られた結果も含め、国内の学会での口頭発表を1回、ポスター発表を1回、国際学会でのポスター発表を1回行った。また、これまでの研究成果を論文にまとめており、現在投稿中の論文が1本、投稿準備中の論文が2本あり、順次受理に向けて進めていく予定である。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (18 results)

All 2018 2017 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Aarhus University/molecular biology and genetics(デンマーク)

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] Aarhus University/Molecular Biology and Genetics/Plant Molecular Biology(Denmark)

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] Aarhus University/Molecular Biology and Genetics/Plant Molecular Biology(Denmark)

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Genome-wide association study for differences of flowering time variation under two conditions in Lotus japonicus in Japan2018

    • Author(s)
      若林智美、Stig U. Andersen、佐藤修正、川口正代司、瀬戸口浩彰
    • Organizer
      日本植物分類学会第17回大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 全ゲノム関連解析によるミヤコグサの地域適応遺伝子の探索2017

    • Author(s)
      若林智美*、Stig U. Andersen、佐藤修正、川口正代司、瀬戸口浩彰
    • Organizer
      日本生態学会第64回大会
    • Place of Presentation
      早稲田大学
    • Year and Date
      2017-03-14
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Detecting loci contributing to local adaptation through flowering time variation in Lotus japonicus in Japan2017

    • Author(s)
      若林智美*、田中幸子、Stig U. Andersen、佐藤修正、川口正代司、瀬戸口浩彰
    • Organizer
      日本植物分類学会第16回大会
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2017-03-10
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 全ゲノム関連解析によるミヤコグサの地域適応遺伝子の探索2017

    • Author(s)
      若林智美、田中幸子、Stig U. Andersen、佐藤修正、川口正代司、瀬戸口浩彰
    • Organizer
      日本進化学会第19回大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Detecting loci contributing to local adaptation through flowering time variation in Lotus japonicus in Japan2017

    • Author(s)
      Tomomi WAKABAYASHI, Sachiko TANAKA, Stig U. ANDERSEN, Shusei SATO, Masayoshi KAWAGUCHI, Hiroaki SETOGUCHI
    • Organizer
      International Botanical Congress in 2017
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ミヤコグサのflowering timeの違いを生む遺伝的要因の探索~全ゲノム情報を利用して~2016

    • Author(s)
      若林智美*、Stig U. Andersen、佐藤修正、川口正代司、瀬戸口浩彰
    • Organizer
      日本植物学会第80回大会
    • Place of Presentation
      沖縄コンベンションセンター
    • Year and Date
      2016-09-16
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Genome-wide association study for flowering time in Lotus japonicus2016

    • Author(s)
      Tomomi WAKABAYASHI*, Stig U. ANDERSEN, Shusei SATO, Masayoshi KAWAGUCHI, Hiroaki SETOGUCHI
    • Organizer
      日本進化学会第18回大会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2016-08-25
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Genome-wide association study for flowering time in Lotus japonicus2016

    • Author(s)
      Tomomi WAKABAYASHI*, Stig U. ANDERSEN, Shusei SATO, Masayoshi KAWAGUCHI, Hiroaki SETOGUCHI
    • Organizer
      East Asian Plant Diversity and Conservation 2016
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2016-08-23
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 全ゲノム配列を用いた、ミヤコグサの開花所要日数の種内多型に関わる候補遺伝子の探索2016

    • Author(s)
      若林智美, Stig Andersen, 佐藤修正, 川口正代司, 半田佳宏, 瀬戸口浩彰
    • Organizer
      日本植物分類学会第15回大会
    • Place of Presentation
      富山大学五福キャンパス(富山県富山市)
    • Year and Date
      2016-03-06
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 全ゲノム配列を使った日本産ミヤコグサの開花時期多様性に関わる遺伝的背景の比較2015

    • Author(s)
      若林智美, Stig Andersen, 佐藤修正, 川口正代司, 半田佳宏, 瀬戸口浩彰
    • Organizer
      日本植物学会第79回大会
    • Place of Presentation
      新潟コンベンションセンター(新潟県新潟市)
    • Year and Date
      2015-09-06
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] ミヤコグサにおける開花時期制御に関わる遺伝子ネットワーク進化の解析2015

    • Author(s)
      瀬戸口浩彰、若林智美
    • Organizer
      日本植物学会第79回大会
    • Place of Presentation
      新潟コンベンションセンター(新潟県新潟市)
    • Year and Date
      2015-09-06
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 全ゲノム配列を使った日本産ミヤコグサの開花時期多型にかかわる遺伝的背景の比較2015

    • Author(s)
      若林智美, Stig Andersen, 佐藤修正, 川口正代司, 半田佳宏, 瀬戸口浩彰
    • Organizer
      日本進化学会第17回大会
    • Place of Presentation
      中央大学後楽園キャンパス(東京都文京区)
    • Year and Date
      2015-08-20
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Comparison of gene4c background of flowering 4me varia4on among Lotus japonicus in Japan based on whole-genome sequences2015

    • Author(s)
      Tomomi Wakabayashi, Stig Andersen, Shusei Sato, Masayoshi Kawaguchi, Yoshihiro Handa, Hiroaki Setoguchi
    • Organizer
      Congress of European Society of Evolu4onal Biology 2015
    • Place of Presentation
      Lausanne Univ., Lausanne, Switzerland
    • Year and Date
      2015-08-10
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ミヤコグサにおける開花時期制御に関わる遺伝子ネットワーク進化の解析2015

    • Author(s)
      瀬戸口浩彰、若林智美
    • Organizer
      新学術領域「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」最終領域会議
    • Place of Presentation
      基礎生物学研究所 岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
    • Year and Date
      2015-05-30
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Remarks] Stig Andersen, Aarhus University, publications

    • URL

      http://pure.au.dk/portal/en/persons/stig-uggerhoej-andersen(dbcd376b-110b-489a-8f6d-85dd2268277d)/publications.html

    • Related Report
      2015 Annual Research Report

URL: 

Published: 2015-11-26   Modified: 2024-03-26  

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