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琵琶湖深水層で優占する細菌系統CL500-11の生態解明

Research Project

Project/Area Number 15J00971
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Ecology/Environment
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

岡嵜 友輔  京都大学, 理学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥2,800,000 (Direct Cost: ¥2,800,000)
Fiscal Year 2017: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2016: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywords大水深淡水湖 / 琵琶湖 / 微生物生態学 / 陸水生態学 / メタゲノム / 水域生態学 / 陸水学 / 大型淡水湖沼 / 難培養細菌
Outline of Annual Research Achievements

昨年度までに実施した、全国10の大水深淡水湖の網羅的調査の成果をThe ISME journal誌に発表した。この研究では、これまでの琵琶湖における研究で見つかっていた深水層特異的な細菌系統が他の大水深淡水湖の深水層においても広く分布・優占することを明らかにし、有酸素深水層の生態系および物質循環が表水層とは異なる独自の細菌群集によって駆動されていることを示した。この結果は、有酸素深水層に焦点を当てたさらなる研究の必要性を明示しており、今後は各細菌系統の生理・生態学的な特性を解明し、有酸素深水層の生態系・物質循環プロセスにおけるその役割と重要性を明らかにすることが課題となる。そこで今年度は発展的な研究として琵琶湖微生物サンプルのメタゲノム・メタビローム解析を実施した。メタゲノム解析からは琵琶湖に生息する多数の細菌系統のMetagenome-assembled genomeが構築され、その生理・生態を紐解く情報が得られた。メタビローム解析では、これまでに180個以上の完全長ウイルスゲノム、さらに(完全長ではない)4000本以上のウイルスゲノム断片が得られ、その多くが未知のウイルス系統であったとともに、主要な細菌系統に感染するファージも特定された。これらの成果は、クロアチアで行われたSymposium on Aquatic Microbial Ecologyにて発表した。さらに湖沼の微生物生態学で著名な研究所であるスイス・チューリッヒ大学のLimnological Stationに2か月半滞在し、Lake Zurich, Lake Maggioreをはじめとする、複数のヨーロッパの大水深淡水湖にておいて比較環境ゲノム解析を実施するためのメタゲノムサンプルを収集した。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2017 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results)

  • [Int'l Joint Research] Limnological Station, UZH(スイス)

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] Institute of Ecosystem Study(イタリア)

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] Institute of Hydrobiology(チェコ)

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Journal Article] Ubiquity and quantitative significance of bacterioplankton lineages inhabiting the oxygenated hypolimnion of deep freshwater lakes2017

    • Author(s)
      Okazaki Yusuke、Fujinaga Shohei、Tanaka Atsushi、Kohzu Ayato、Oyagi Hideo、Nakano Shin-ichi
    • Journal Title

      The ISME Journal

      Volume: 11 Issue: 10 Pages: 2279-2293

    • DOI

      10.1038/ismej.2017.89

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Vertical partitioning of freshwater bacterioplankton community in a deep mesotrophic lake with a fully oxygenated hypolimnion (Lake Biwa, Japan)2016

    • Author(s)
      Yusuke Okazaki, Shin-Ichi Nakano
    • Journal Title

      Environmental Microbiology Reports

      Volume: 8 Issue: 5 Pages: 780-788

    • DOI

      10.1111/1758-2229.12439

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Ubiquitous bacterioplankton lineages inhabiting the oxygenated hypolimnion of freshwater lakes2017

    • Author(s)
      Yusuke Okazaki, Shohei Fujinaga, Atsushi Tanaka, Ayato Kohzu, Hideo Oyagi, Shin-ichi Nakano
    • Organizer
      17th International Symposium on River and Lake Environment
    • Place of Presentation
      Kusatsu, Japan
    • Year and Date
      2017-03-26
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 琵琶湖メタGVTプロジェクト2017

    • Author(s)
      岡崎友輔, 中野伸一
    • Organizer
      NGS現場の会 第五回研究会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Vertical stratification of the viral community in a deep freshwater lake2017

    • Author(s)
      Okazaki Y, Nakano S
    • Organizer
      SAME-15: 15th Symposium on Aquatic Microbial Ecology
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 国内の大水深淡水湖に生息する細菌群集の網羅的分析2016

    • Author(s)
      岡崎友輔, 藤永承平, 田中敦, 高津文人, 大八木英夫, 中野伸一
    • Organizer
      日本微生物生態学会第31回大会
    • Place of Presentation
      横須賀市
    • Year and Date
      2016-10-22
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Unique bacterioplankton lineages ubiquitously inhabit oxygenated deep waters of freshwater lakes2016

    • Author(s)
      Yusuke Okazaki, Shohei Fujinaga, Atsushi Tanaka, Ayato Kohzu, Hideo Oyagi, Shin-ichi Nakano
    • Organizer
      16th International Symposium on Microbial Ecology
    • Place of Presentation
      Montreal, Canada
    • Year and Date
      2016-08-21
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 好冷・好気・貧栄養性Chloroflexi門の優占ー大型湖の有酸素深水層をニッチとするユニークな細菌群集2015

    • Author(s)
      岡崎友輔, 程木義邦, 田中敦, 中野伸一
    • Organizer
      日本微生物生態学会第30回大会
    • Place of Presentation
      土浦市
    • Year and Date
      2015-10-17
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 大型湖沼の有酸素深水層で優占する浮遊細菌 CL500-11の生態学的研究2015

    • Author(s)
      岡崎友輔, 程木義邦, 田中敦, 中野伸一
    • Organizer
      日本陸水学会第80回大会
    • Place of Presentation
      函館市
    • Year and Date
      2015-09-26
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 琵琶湖深層で優占する Chloroflexi 門細菌の生態学的特性および単離手法の検討2015

    • Author(s)
      岡崎友輔,程木義邦,中野伸一
    • Organizer
      日本微生物資源学会第 22 回大会
    • Place of Presentation
      鳥取市
    • Year and Date
      2015-09-10
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Dominance of CL500-11 bacterioplankton (Phylum Chloroflexi) in oxygenated hypolimnion of freshwater lakes2015

    • Author(s)
      Okazaki Y, Hodoki Y, Tanaka A and Nakano S.
    • Organizer
      Second EMBO Conference on Aquatic Microbial Ecology
    • Place of Presentation
      Uppsala, Sweden
    • Year and Date
      2015-08-23
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2015-11-26   Modified: 2024-03-26  

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