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新規がん遺伝子であるRNAスプライシング変異の病態解明

Research Project

Project/Area Number 15J02911
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field General internal medicine (including psychosomatic medicine)
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

塩澤 裕介  東京大学, 大学院医学系研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥2,300,000 (Direct Cost: ¥2,300,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Keywords骨髄異形成症候群 / RNAスプライシング / 遺伝子発現プロファイル
Outline of Annual Research Achievements

1. 骨髄異形成症候群(MDS)患者検体のスプライシング異常の解析:MDS患者165例の骨髄単核細胞と、100例のCD34陽性細胞についてRNAシーケンスを行った。その結果、1)SF3B1変異例では3’スプライス部位の異常が特徴的に見られ、正常トランスクリプトの減少を来たしていること、2)その標的には、ヘム合成に関連したABCB7とTMEM14Cが、がん関連遺伝子であるNF1・DICER1・PDS5A・PMLが含まれていること、 3)SF3B1変異例ではイントロンの除去効率が高くなっていること、4)SRSF2変異例ではエクソン単位の異常が特徴的であること、が明らかになった。
2. 培養細胞を用いたSF3B1変異の機能解析:CRISPR/Cas9によるゲノム編集を用いて、HEK293T細胞にSF3B1変異を導入したところ、臨床検体で見られた3’スプライス部位の異常や、イントロンの除去効率の亢進が再現された。
3. 遺伝子発現プロファイルによるMDSの新たな分類の発見:MDS患者100例のCD34陽性細胞について、遺伝子発現によるクラスタリングを行なったところ、本疾患が2つの群に分かれることが明らかとなった。一方は赤芽球に特徴的な遺伝子発現パターンを呈していた。もう一方は骨髄前駆細胞に特徴的な遺伝子発現パターンが見られた。後者は全生存率が悪く、特に白血病化が高頻度であった。
4. RNAスプライシング変異ノックインマウスのスプライシング異常の解析:SRSF2変異のコンディショナルノックインマウスの骨髄細胞につき、RNAシーケンス解析を行った。ヒトと同様、マウスモデルでもSRSF2変異によりエクソン単位の異常が特徴的に見られた。ただ、そうした異常の標的遺伝子はヒトとは完全には一致せず、SRSF2タンパクが結合する部位の塩基配列がヒトとマウスの間で保存されていないためであると考えられた。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2017 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (5 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Pavia/Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo(イタリア)

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] Karolinska Institutet(スウェーデン)

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] John Radcliffe Hospital(英国)

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] パビア大学(イタリア)

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] カロリンスカ研究所(スウェーデン)

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Journal Article] Impact of genetic alterations in stem-cell transplantation for myelodysplasia and secondary acute myeloid leukemia.2017

    • Author(s)
      Yoshizato T, et. al., Sanada M, et. al., Ogawa S.
    • Journal Title

      Blood

      Volume: 129 Issue: 17 Pages: 2347-2358

    • DOI

      10.1182/blood-2016-12-754796

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Somatic PHF6 mutations in 1760 cases with various myeloid neoplasms.2016

    • Author(s)
      Mori T, Nagata Y, Makishima H, Sanada M, Shiozawa Y, Kon A, Yoshizato T, Sato-Otsubo A, Kataoka K, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Ishiyama K, Miyawaki S, Mori H, Nakamaki T, Kihara R, Kiyoi H, Koeffler HP, Shih LY, Miyano S, Naoe T, Haferlach C, Kern W, Haferlach T, Ogawa S, Yoshida K.
    • Journal Title

      Leukemia.

      Volume: 30 Issue: 11 Pages: 2270-2273

    • DOI

      10.1038/leu.2016.212

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Combined DNA and transcriptome sequencing reveals discrete subtypes of myelodysplasia2016

    • Author(s)
      Yusuke Shiozawa
    • Organizer
      The 58th American Society of Hematology Annual Meeting
    • Place of Presentation
      サンディエゴ、米国
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The transcriptional and alternative splicing landscape of myelodysplastic syndromes2016

    • Author(s)
      Yusuke Shiozawa
    • Organizer
      第78回日本血液学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular basis of splicing factor-mutated myeloid neoplasms2016

    • Author(s)
      Yusuke Shiozawa
    • Organizer
      第75回日本癌学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Different mutant splicing factors cause distinct missplicing events and give rise to different clinical phenotypes in myelodysplastic syndromes2015

    • Author(s)
      塩澤裕介
    • Organizer
      The 58th American Society of Hematology Annual Meeting
    • Place of Presentation
      オーランド、米国
    • Year and Date
      2015-12-05
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 標的シーケンスの骨髄異形成症候群への臨床応用2015

    • Author(s)
      塩澤裕介
    • Organizer
      第77回日本血液学会学術集会
    • Place of Presentation
      石川県立音楽堂(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-10-16
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 骨髄異形成症候群における選択的RNAスプライシングの網羅的解析2015

    • Author(s)
      塩澤裕介
    • Organizer
      第77回日本血液学会学術集会
    • Place of Presentation
      石川県立音楽堂(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-10-16
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 骨髄異形成症候群における選択的RNAスプライシングの網羅的解析2015

    • Author(s)
      塩澤裕介
    • Organizer
      第74回日本癌学会学術集会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      2015-10-09
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Comprehensive Analysis of Alternative RNA Splicing in Myelodysplastic Syndromes2015

    • Author(s)
      塩澤裕介
    • Organizer
      The 13th International Symposium on Myelodysplastic Syndromes
    • Place of Presentation
      ワシントン、米国
    • Year and Date
      2015-04-30
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

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Published: 2015-11-26   Modified: 2024-03-26  

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