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局在光を用いたナノポア近傍におけるDNAの動的立体構造解析法の開発

Research Project

Project/Area Number 15J04005
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biophysics
Research InstitutionKeio University

Principal Investigator

山崎 洋人  慶應義塾大学, 理工学部, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥2,170,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywordsナノポア / ナノバイオ / 一分子生物物理 / 近接場光学 / 近接場光 / DNAダイナミクス / 蛍光 / 紫外光
Outline of Annual Research Achievements

本年度は、まず、DNA 捕捉過の蛍光観察を行い、理論計算と実験結果から、ポーラスシリコン薄膜上に無数に存在するナノポア周囲の静電場分布特性と流動特性がDNAコイルを解す過程を妨げることが示唆された。この研究成果はDNA捕捉過程観察の研究成果は国際論文誌Nano Futuresに受理され、掲載予定である。また、孔径200 nmの単一ナノポアを用いた光学的DNA通過観察から、DNAの単一ナノポア通過現象の電圧・長い依存性について測定できることが明らかとなった。最後に、孔径10 nm以下の単一ナノポアにおけるDNAナノポア通過ダイナミクスの観察を行うために、米国ノースイースタン大学のMeni Wanunu准教授の研究室に訪問した。まず、透過型電子顕微鏡をゼロモード導波路の基盤として使用される窒化シリコン薄膜上に集束させ、孔径2 nmまでのナノポアを作製することに成功した。次に、DNAを加え、蛍光観察を行ったところ、DNAナノポア通過由来の蛍光発光を得ることができなかった。この原因の検証を行うと、温度上昇が発生するために、tRNA構造変化が生じることがわかった。この結果から、励起光を窒化シリコン薄膜上に集光すると、温度変化に由来する高分子の高次構造ダイナミクスが観察できることを実証することができた。また、Wanunu研究室の博士課程 Pradeep氏と共同研究を行い、単一タンパク質の表面電荷を見積もることに成功した。。今度の展望として、励起光の吸収がない酸化シリコンを基盤とするゼロモード導波路を用いることでイオン電流測定と蛍光観察の同時測定が可能となる。また、緑レーザーを励起源として、窒化シリコンを局所加熱することで、ナノポア近傍におけるDNAダイナミクスの温度依存性に関する研究することができる。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2017 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results)

  • [Int'l Joint Research] ノースイースタン大学(米国)

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Journal Article] A 150-nm ultraviolet excitation volume on porous silicon membrane for direct optical observation of DNA coil relaxation during capture into nanopores2017

    • Author(s)
      Hirohito Yamazaki, Keiko Esashika, Toshiharu Saiki
    • Journal Title

      Nano Futures

      Volume: 印刷中

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Optical observation of DNA motion during and immediately after nanopore translocation2016

    • Author(s)
      H. Yamazaki, S. Ito, K. Esashika, and T. Saiki
    • Journal Title

      Applied Physics Express

      Volume: 9 Issue: 1 Pages: 017001-017001

    • DOI

      10.7567/apex.9.017001

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Optical observation of DNA translocation through Al2O3 sputtered silicon nanopores in porous membrane2016

    • Author(s)
      H. Yamazaki, S. Ito, K. Esashika, Y. Taguchi, and T. Saiki
    • Journal Title

      Applied Physics A

      Volume: 122 Issue: 3

    • DOI

      10.1007/s00339-016-9764-9

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Salt Dependence of DNA Translocation Dynamics through Silicon Nanopores Detected by Ultraviolet Excitation2016

    • Author(s)
      S. Itoh, H. Yamazaki, K. Esashika, and T. Saiki
    • Journal Title

      Applied Physics A

      Volume: 122

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 光学的ナノポアシーケンサの実現へ向けて2015

    • Author(s)
      山崎洋人,斎木敏治
    • Journal Title

      光技術コンタクト誌

      Volume: 53 Pages: 28-35

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Journal Article] シリコンナノポアを用いた紫外光励起DNA―分子検出技術2015

    • Author(s)
      斎木 敏治,山崎洋人,伊藤晋太郎,江刺家恵子
    • Journal Title

      レーザー学会誌

      Volume: 43 Pages: 689-693

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Optical observation of single dsDNA translocation dynamics through silicon nanopores2016

    • Author(s)
      Hirohito Yamzaki, Keiko Esashika, Toshiharu Saiki
    • Organizer
      The 11th Asian Thermophysical Properties Conference
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2016-10-02
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The optical observation of DNA dynamics during translocation through nanopores and in post-translocation2016

    • Author(s)
      H. Yamazaki, S. Ito, K. Esashika and T. Saiki
    • Organizer
      Biophysical Society 60th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Los Angeles(USA)
    • Year and Date
      2016-02-27
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNAナノポア通過と通過直後の光学的挙動観察2016

    • Author(s)
      山崎洋人,伊藤晋太郎,江刺家恵子,斎木敏治
    • Organizer
      第8回文部科学省「最先端の光の創成を目指したネットワーク研究拠点プログラム」シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府・吹田市)
    • Year and Date
      2016-01-28
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Green Laser Effect on Heating and Surface Charge of Silicon Nitride Nanopore2016

    • Author(s)
      Hirohito Yamazaki
    • Organizer
      Materials Science and Biophysics Seminar
    • Place of Presentation
      ボストン(アメリカ)
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The optical observation of DNA dynamics during translocation and in post-translocation2016

    • Author(s)
      Hirohito Yamazaki, Keiko Esashika, Toshiharu Saiki
    • Organizer
      The Japan-US Science Forum in Boston
    • Place of Presentation
      ボストン(アメリカ)
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] シリコンナノポアへのDNA捕捉過程の光学的観察2015

    • Author(s)
      山崎洋人,伊藤晋太郎,アマルビー・ユーゴ,江刺家恵子,斎木敏治
    • Organizer
      第76回応用物理学会春季学術講演会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知県・名古屋市)
    • Year and Date
      2015-09-13
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Optical observation of DNA dynamics near nanopores at sub-millisecond and sub-micrometer levels2015

    • Author(s)
      H. Yamazaki, S. Ito, H. Amalvy, K. Esashika and T. Saiki
    • Organizer
      The 10th Asia-Pacific Conference on Near-field Optics
    • Place of Presentation
      Hakodate Research Center for Fisheries and Oceans,(Hokkaido・Hakodate city))
    • Year and Date
      2015-07-07
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2015-11-26   Modified: 2024-03-26  

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