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サルモネラ感染における長鎖非コードRNAの分解制御を介した自然免疫応答機構の解明

Research Project

Project/Area Number 15J04318
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Bacteriology (including mycology)
Research InstitutionChiba University

Principal Investigator

今村 亮俊  千葉大学, 薬学研究院, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywords非コードRNA / 核内RNA分解 / サルモネラ感染 / 長鎖非コードRNA / 細菌感染 / RNA分解
Outline of Annual Research Achievements

この20年で、ヒトやマウスの大規模なゲノム解析が進み、タンパク質をコードしない非コードRNA (non-coding RNA, ncRNA)の存在が明らかとなった。この中でも核内に存在する200塩基以上の長さをもつ核内長鎖非コードRNA (long ncRNA, lncRNA)が、がんなどの疾患や感染応答に関与すること、遺伝子発現制御に直接関与していることなどが明らかとなりつつある。長鎖非コードRNAは様々なタンパク質と相互作用することで、複雑なゲノム情報発現ネットワークを形成すると考えられる。このように、長鎖非コードRNAの存在・機能については理解が進んでいる。これらの多くが、転写制御によってRNA量を説明されているが、RNAは転写と分解のバランスによって量が規定されているとかんがえられる。しかしながら、これらRNAがどのように壊されているのか、分解の制御機構については、これまでほぼ明らかにされていなかった。
本研究では、細菌感染症に対する免疫応答における長鎖非コードRNAの分解制御機構を解明することが目的である。本研究遂行により、サルモネラ感染によって核内RNA分解が抑制され、核内非コードRNAが蓄積していること、核内RNA分解因子の一部が消失することで分解が抑制されていること、蓄積した核内非コードRNAは下流の遺伝子発現を制御し、サルモネラ感染に対して抵抗する働きを有することを見出した。申請者は、本年度、本研究課題の一部の研究結果について、論文としてまとめ、EMBO Journalにアクセプトされた。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2018 2017 2016 2015

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] 5'-Bromouridine IP Chase (BRIC)-Seq to Determine RNA Half-Lives.2018

    • Author(s)
      Yamada T, Imamachi N, Onoguchi-Mizutani R, Imamura K, Suzuki Y, Akimitsu N.
    • Journal Title

      Methods Mol Biol.

      Volume: 1720 Pages: 1-13

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-7540-2_1

    • ISBN
      9781493975396, 9781493975402
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Diminished nuclear RNA decay upon Salmonella infection upregulates antibacterial noncoding RNAs2018

    • Author(s)
      Katsutoshi Imamura, Akiko Takaya, Yo-ichi Ishida, Yayoi Fukuoka, Toshiki Taya, Ryo Nakaki, Miho Kakeda, Naoto Imamachi, Aiko Sato, Toshimichi Yamada, Rena Onoguchi-Mizutani, Gen Akizuki, Tanzina Tanu, Kazuyuki Tao, Sotaro Miyao, Yutaka Suzuki, Masami Nagahama, Tomoko Yamamoto, Torben Heick Jensen, Nobuyoshi Akimitsu
    • Journal Title

      EMBO Journal

      Volume: 印刷中

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Characterization of the chemical structure and innate immune-stimulating activity of an extracellular polysaccharide from <i>Rhizobium</i> sp. strain M2 screened using a silkworm muscle contraction assay2017

    • Author(s)
      Urai Makoto、Aizawa Tomoko、Imamura Katsutoshi、Hamamoto Hiroshi、Sekimizu Kazuhisa
    • Journal Title

      Drug Discoveries & Therapeutics

      Volume: 11 Issue: 5 Pages: 238-245

    • DOI

      10.5582/ddt.2017.01045

    • NAID

      130006210838

    • ISSN
      1881-7831, 1881-784X
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Analysis of RNA decay factor mediated RNA stability contributions on RNA abundance2015

    • Author(s)
      Sho Maekawa, Naoto Imamachi, Takuma Irie, Hidenori Tani, Kyoko Matsumoto, Rena Mizutani, Katsutoshi Imamura, Miho Kakeda, Tetsushi Yada, Sumio Sugano, Yutaka Suzuki and Nobuyoshi Akimitsu.
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 16 Issue: 1 Pages: 154-154

    • DOI

      10.1186/s12864-015-1358-y

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genome-wide analysis of long noncoding RNA turnover2015

    • Author(s)
      Hidenori Tani, Naoto Imamachi, Rena Mizutani, Katsutoshi Imamura, Yoendae Kwon, Satoru Miyazaki, Sho Maekawa, Yutaka Suzuki, Nobuyoshi Akimitsu
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 1262 Pages: 305-20

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-2253-6_19

    • ISBN
      9781493922529, 9781493922536
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Loss of RNA degradation factors upon Salmonella infection stabilizes nuclear long non-coding RNAs involving antibacterial response2017

    • Author(s)
      Imamura K
    • Organizer
      The Start of New Genomics
    • Place of Presentation
      伊藤国際学術研究センター 伊藤謝恩ホール、東京、日本
    • Year and Date
      2017-01-10
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] サルモネラ感染に対する核内 RNA 分解機構による応答2017

    • Author(s)
      今村亮俊
    • Organizer
      第19回日本RNA 学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Loss of RNA degradation factors upon Salmonella infection stabilizes nuclear long non-coding RNAs involving antibacterial response2017

    • Author(s)
      Katsutoshi Imamura
    • Organizer
      EMBO Conference Eukaryotic RNA turnover
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Functional analysis of long noncoding RNAs induced bySalmonella infection2016

    • Author(s)
      今村亮俊
    • Organizer
      第89回日本細菌学会総会
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2016-03-23
    • Related Report
      2015 Annual Research Report

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Published: 2015-11-26   Modified: 2024-03-26  

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