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細胞分化の可塑性を制御する核内構造ダイナミクスの解明

Research Project

Project/Area Number 15J04853
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Human genetics
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

田中 梓  京都大学, 医学研究科, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywordsエピゲノム / 成人T細胞白血病 / HTLV-1 / クロマチン構造解析 / シングルセル
Outline of Annual Research Achievements

データベースより、造血幹細胞、多能性造血前駆細胞、リンパ球系多能性前駆細胞、リンパ球系共通前駆細胞、CD4陽性T細胞、CD8陽性T細胞、B細胞、ナチュラルキラー細胞 (NK)、骨髄球系共通前駆細胞、顆粒球・マクロファージ前駆細胞、巨核球・赤芽球前駆細胞、単球、赤血球の13種類77サンプルのATAC-seqデータを取得し、t-SNEやCIBERSORT アルゴリズムをなどを用いた解析を行った。その結果、ATL細胞は特定の細胞分画に近いわけではなく、複数の血球分画の要素を含む独自のクロマチン構造を有していることがわかった。一方HAM症例はCD4陽性T細胞にクロマチン構造が類似していることが比較解析より明らかとなった。
またATAC-seqデータの詳細な解析により、ATL症例では転写開始点周辺のヌクレオソームの配置が健常人の血球サンプルと比較してまばらでヌクレオソームフリーな領域が多く、クロマチン構造が大きく崩れていることが示唆された。
ATL症例と全ての血球分画のクロマチン構造を比較解析することで、どのATL症例でもクロマチンが開いているにも関わらず他の血球分画ではクロマチンが閉じている領域が複数あることが明らかとなった。それらの領域周辺にある遺伝子に着目し、mRNAの発現を調べることで、ATL症例で特異的に機能している遺伝子の絞り込みを行った。それらの1つは先行研究で報告のあるEVC遺伝子であり、他の遺伝子もATL症例で重要な機能を持つのではないかと考えられ機能解析を進めている。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(4 results)
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2018 2017 2016 2015

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] HTLV-1 Alters T Cells for Viral Persistence and Transmission2018

    • Author(s)
      Tanaka Azusa、Matsuoka Masao
    • Journal Title

      Frontiers in Microbiology

      Volume: 9 Pages: 461-461

    • DOI

      10.3389/fmicb.2018.00461

    • NAID

      120006697284

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Autologous Induced Stem Cell-Derived Retinal Cells for Macular Degeneration2017

    • Author(s)
      M. Mandai, A. Watanabe, Y. Kurimoto, 他36名
    • Journal Title

      New England Journal of Medicine

      Volume: 376 Issue: 11 Pages: 1038-1046

    • DOI

      10.1056/nejmoa1608368

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Myotonic dystrophy type 1 patient-derived iPSCs for the investigation of CTG repeat instability.2017

    • Author(s)
      Ueki J, Nakamori M, Nakamura M, Nishikawa M, Yoshida Y, Tanaka A, Morizane A, Kamon M, Araki T, Takahashi MP, Watanabe A, Inagaki N, Sakurai H.
    • Journal Title

      Sci Rep.

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 42522-42522

    • DOI

      10.1038/srep42522

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] OVOL2 Maintains the Transcriptional Program of Human Corneal Epithelium by Suppressing Epithelial-to-Mesenchymal Transition2016

    • Author(s)
      ④K. Kitazawa, T. Hikichi, T. Nakamura, K. Mitsunaga, A. Tanaka, M. Nakamura, T. Yamakawa, S. Furukawa, M. Takasaka, N. Goshima, A. Watanabe, K. Okita, S. Kawasaki, M. Ueno, S. Kinoshita, S. Masui
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 15 Issue: 6 Pages: 1359-1368

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2016.04.020

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Epigenetic Variation between Human Induced Pluripotent Stem Cell Lines Is an Indicator of Differentiation Capacity2016

    • Author(s)
      ③M. Nishizawa, K. Chonabayashi, M. Nomura, A. Tanaka, M. Nakamura, A. Inagaki, M. Nishikawa, I. Takei, A. Oishi, K. Tanabe, M. Ohnuki, H. Yokota, M. Koyanagi-Aoi, K. Okita, A. Watanabe, A. Takaori-Kondo, S. Yamanaka, Y. Yoshida
    • Journal Title

      Cell Stem Cell

      Volume: 19 Issue: 3 Pages: 341-354

    • DOI

      10.1016/j.stem.2016.06.019

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Dynamic Changes of Chromatin Structure and Transcriptome By Transient Expression of HTLV-1 Tax in ATL Cells2018

    • Author(s)
      Daisuke Kurita, Jun-ichirou Yasunaga, Azusa Tanaka, Mahgoub Mohamed and Masao Matsuoka
    • Organizer
      ASH annual meeting 2018
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 間欠的HTLV-1 Tax発現に伴うクロマチン構造およびトランスクリプトーム変化2018

    • Author(s)
      栗田 大輔, 安永 純一朗, 田中 梓, マハジョウブモハメド, 松岡 雅雄
    • Organizer
      第77回日本癌学会学術総会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 成人T細胞白血病細胞のクロマチン構造解析2017

    • Author(s)
      田中 梓, 安永 純一朗, 藤本 明洋, 松岡 雅雄
    • Organizer
      第4回日本HTLV-1学会学術集会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Human T-cell leukemia virus alters the epigenetic landscape and core regulatory circuitry in infected cells2017

    • Author(s)
      Azusa Tanaka, Jun-ichirou Yasunaga, Masao Matsuoka, Akihiro Fujimoto
    • Organizer
      Keystone Symposia Conference: Single Cell Omics
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Dynamics of Epigenome During Cardiac Differentiation: A New Approach to Chromatin Status at Ultra-low Level2015

    • Author(s)
      田中梓、中村正裕、渡辺亮
    • Organizer
      第40回内藤コンファレンス
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2015-09-15
    • Related Report
      2015 Annual Research Report

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Published: 2015-11-26   Modified: 2024-03-26  

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