• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

シグナルペプチド分解に関わる膜プロテアーゼRsePの構造・機能解析

Research Project

Project/Area Number 15J08129
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biophysics
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

武本 瑞貴  東京大学, 理学系研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
Fiscal Year 2017: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2016: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2015: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywords構造生物学 / X線結晶構造解析 / 分子動力学シミュレーション / MDシミュレーション / RseP / 膜プロテアーゼ / チャネルロドプシン
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、タンパク質の膜透過の際に用いられるシグナルペプチドを、膜の疎水的環境中で加水分解する膜内プロテアーゼであるRsePに着目した。このRsePについて、X線結晶構造解析を用いることでRsePの基質結合機構や、基質切断メカニズムを原子分解能で明らかにすることを目指している。昨年度までに確立させた精製系を用い、本年度は結晶の質を改善させることを目的として各種結晶化条件の検討を進め、昨年よりも良好なデータセットの取得に成功した。しかしながら、分子置換による解は得られなかったため、今後はさらなる分解能の向上を目指して、結晶化条件や結晶化方法、精製条件や発現コンストラクトを改良してゆく予定である。また、RsePと基質の結合を観察するためや、機能解析に用いるための基質のデザインやそれらとの共結晶化を計画している。さらに、分子置換法や重原子による異常分散を用いた位相決定法を用いることで位相を決定し、新規構造であるRsePの結晶構造を決定することを目指す。
本年度はこの他に、本研究室で得られた膜タンパク質トリオースリン酸/リン酸輸送体についてのMDシミュレーションを実施、及び論文を筆頭著者として執筆した。この論文は現在、Structure誌においてレビューを受けている。さらにこの論文について、プレプリントサーバbioRxivに掲載した。
本年度はこの他に、本研究室で得られた膜タンパク質結晶構造についていくつかのMDシミュレーションによる解析を担当し、2報の論文を共著として出版した。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2017 2016 2015

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 9 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (2 results)

  • [Journal Article] Structural insights into the competitive inhibition of the ATP-gated P2X receptor channel2017

    • Author(s)
      Kasuya G, Yamaura T, Ma XB, Nakamura R, Takemoto M, Nagumo H, Tanaka E, Dohmae N, Nakane T, Yu Y, Ishitani R, Matsuzaki O, Hattori M, Nureki O
    • Journal Title

      Nat Commun.

      Volume: 8 Issue: 1 Pages: 876-876

    • DOI

      10.1038/s41467-017-00887-9

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structure of the triose-phosphate/phosphate translocator reveals the basis of substrate specificity.2017

    • Author(s)
      Lee Y, Nishizawa T, Takemoto M, Kumazaki K, Yamashita K, Hirata K, Minoda A, Nagatoishi S, Tsumoto K, Ishitani R and Nureki O.
    • Journal Title

      Nature Plants.

      Volume: 3 Issue: 10 Pages: 825-832

    • DOI

      10.1038/s41477-017-0022-8

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Free energy landscape for the entire transport cycle of triose-phosphate/phosphate translocator2017

    • Author(s)
      Takemoto Mizuki、Lee Yongchan、Ishitani Ryuichiro、Nureki Osamu
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: -

    • DOI

      10.1101/206912

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Open Access
  • [Journal Article] Structural basis for amino-acid export by DMT superfamily transporter YddG2016

    • Author(s)
      H. Tsuchiya, S. Doki, M. Takemoto, T. Ikuta, T. Higuchi, K. Fukui, Y. Usuda, E. Tabuchi, S. Nagatoishi, K. Tsumoto, T. Nishizawa, K. Ito, N. Dohmae, R. Ishitani and O. Nureki
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 534 Issue: 7607 Pages: 417-420

    • DOI

      10.1038/nature17991

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Crystal structures of the TRIC trimeric intracellular cation channel orthologues.2016

    • Author(s)
      Kasuya G, Hiraizumi M, Maturana AD, Kumazaki K, Fujiwara Y, Liu K, Nakada-Nakura Y, Iwata S, Tsukada K, Komori T, Uemura S, Goto Y, Nakane T, Takemoto M, Kato HE, Yamashita K, Wada M, Ito K, Ishitani R, Hattori M, Nureki O.
    • Journal Title

      Cell Res.

      Volume: 26 Issue: 12 Pages: 1288-1301

    • DOI

      10.1038/cr.2016.140

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural Insights into Divalent Cation Modulations of ATP-Gated P2X Receptor Channels2016

    • Author(s)
      Kasuya, G., Y. Fujiwara, M. Takemoto, N. Dohmae, Y. Nakada-Nakura, R. Ishitani, M. Hattori, and O. Nureki
    • Journal Title

      Cell Report

      Volume: 14 Issue: 4 Pages: 932-944

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2015.12.087

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Molecular dynamics of channelrhodopsin at the early stages of channel opening2015

    • Author(s)
      Mizuki Takemoto, Hideaki E. Kato, Michio Koyama, Jumpei Ito, Motoshi Kamiya, Shigehiko Hayashi, Andres D. Maturana, Karl Deisseroth, Ryuichiro Ishitani, and Osamu Nureki
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 10 Issue: 6 Pages: 0131094-0131094

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0131094

    • NAID

      120005947158

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural basis for Na+ transport mechanism by a light-driven Na+ pump2015

    • Author(s)
      H. E. Kato, K. Inoue, R. Abe-Yoshizumi, Y. Kato, H. Ono, M. Konno, S. Hososhima, T. Ishizuka, M. R. Hoque, H. Kunitomo, J. Ito, S. Yoshizawa, K. Yamashita, M. Takemoto, T. Nishizawa, R. Taniguchi, K. Kogure, A. D. Maturana, Y. Iino, H. Yawo, R. Ishitani, H. Kandori*, O. Nureki*
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 未定 Issue: 7550 Pages: 48-53

    • DOI

      10.1038/nature14322

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 7.Crystal Structures of SecYEG in Lipidic Cubic Phase Elucidate a Precise Resting and a Peptide-Bound State2015

    • Author(s)
      Yoshiki Tanaka, Yasunori Sugano, Mizuki Takemoto, Takaharu Mori, Arata Furukawa, Tsukasa Kusakizako, Kaoru Kumazaki, Ayako Kashima, Ryuichiro Ishitani, Yuji Sugita, Osamu Nureki, Tomoya Tsukazaki
    • Journal Title

      Cell report

      Volume: 13 Issue: 8 Pages: 1561-1568

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2015.10.025

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] トリオースリン酸/リン酸輸送体の全輸送サイクルの自由エネルギー地形解析 (Free energy landscape for the whole transport cycle of triose-phosphate/phosphate translocator)2017

    • Author(s)
      武本 瑞貴, 李 勇燦, 石谷 隆一郎, 濡木 理
    • Organizer
      第17回蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular Dynamics of Channelrhodopsin at the Early Stages of Channel Opening2015

    • Author(s)
      Takemoto, M., H.E. Kato, M. Koyama, J. Ito, M. Kamiya, S. Hayashi, A.D. Maturana, K. Deisseroth, R. Ishitani, and O. Nureki
    • Organizer
      日本生物物理学会第53回年会
    • Place of Presentation
      金沢大学角間キャンパス (日本 石川県金沢市角間町)
    • Year and Date
      2015-09-13
    • Related Report
      2015 Annual Research Report

URL: 

Published: 2015-11-26   Modified: 2024-03-26  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi