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ナノ分子配置技術を用いた遺伝子発現デバイスの合理的設計

Research Project

Project/Area Number 15J08491
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biophysics
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

増渕 岳也  東京大学, 新領域創成科学研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Fiscal Year 2016: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
KeywordsDNA origami / T7 RNA Polymerase / Transcription
Outline of Annual Research Achievements

本年度は、前年度までに作製手法を確立した遺伝子発現分子デバイスへのシグナル検知機構の実装を目指した。シグナルとしては拡張性からmiRNA配列を選択し、核酸間相補鎖形成に伴い二次構造を変化させるセンサー配列を分子デバイス中因子のリンカー部分に導入したところ、シグナルに応じた因子間距離の制御が可能となった。単純なON、OFFセンサーやONセンサーを連続して導入した二入力AND回路、三入力AND回路の実装に成功し、1分子デバイス単位で機能することも確認された。また、各リンカー長や因子間距離の再設定により、三入力ANDは三入力ORや三入力多数決への変換が容易に変換可能であることも示された。さらに低分子に結合し二次構造を変化させるアプタマー配列やDNA結合タンパク質であるLacIタンパク質の認識部位をセンサー配列として用いることで、低分子やタンパク質をシグナルとしても利用可能であることが示された。これらセンサー機構の実装は、細胞内環境に自律応答する遺伝子発現デバイスや、微量miRNAからのシグナル増幅が可能という特徴を活かした医療検知デバイスへの応用可能性を広げるものである。また、遺伝子回路を構築する分子デバイスという観点では、従来の手法では実装に多種因子が必要であった三入力多数決回路を分子間距離の調節のみで実現しており、遺伝子回路の構築手法に新たな視点をもたらす結果となった。これら研究成果は、国際学会1件(RNA2016)、国内学会2件(CBI学会2016年大会、第54回日本生物物理年会)において発表を行っている。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2016 2015

All Journal Article (1 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] RNA Study Using DNA Nanotechnology.2016

    • Author(s)
      *Tadakuma H, Masubuchi T, Ueda T.
    • Journal Title

      Prog Mol Biol Transl Sci

      Volume: 139 Pages: 121-163

    • DOI

      10.1016/bs.pmbts.2015.11.004

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Rational design of orthogonal gene transcription nano device on DNA origami2016

    • Author(s)
      増渕 岳也
    • Organizer
      RNA 2016
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都、京都市)
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Construction and functional analysis of DNA origami base DNA-RNAP hybrid nanomachine2016

    • Author(s)
      増渕 岳也
    • Organizer
      CBI学会2016年大会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀(東京、江戸川区)
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] A single integrated gene nano-chip functioning in an artificial cell2016

    • Author(s)
      増渕 岳也
    • Organizer
      第54回日本生物物理年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城、つくば市)
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Rational design of orthogonal gene transcription nano device on DNA origami2015

    • Author(s)
      増渕 岳也
    • Organizer
      BMB2015 第38回日本分子生物学学会, 第88回日本生化学大会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Construction and functional analysis of DNA origami base DNA-RNAP hybrid nanomachine2015

    • Author(s)
      増渕 岳也
    • Organizer
      CBI学会2015年大会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2015-10-27
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Rational design of orthogonal gene transcription nano device on DNA origami2015

    • Author(s)
      増渕 岳也
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      石川県金沢市
    • Year and Date
      2015-09-13
    • Related Report
      2015 Annual Research Report

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Published: 2015-11-26   Modified: 2024-03-26  

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