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放線菌の生産するプレニルインドールアルカロイドの生合成研究

Research Project

Project/Area Number 15J10131
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Bioorganic chemistry
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

小林 正弥  東京大学, 農学生命科学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
Fiscal Year 2017: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2016: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2015: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywordsアルカロイド / 生合成 / 放線菌 / テルペノイド / プレニル基転移酵素
Outline of Annual Research Achievements

本年度は放線菌の生産するプレニルインドール化合物カルキノスタチンAの生合成マシナリーの解明に取り組み、そのカルバゾール骨格形成の分子機構の解明を目指した。標識前駆体を用いたトレーサー実験の結果から、カルバゾールの炭素骨格はトリプトファン、ピルビン酸、2分子の酢酸に由来することが示唆されていた。この結果を考慮し、カルバゾール生合成の初期段階ではトリプトファンおよびピルビン酸の縮合、およびアシル側鎖の付加が生じ、次いでこれらの炭素鎖を骨格として閉環反応が進み、カルバゾール環構造が形成されると予想した。
そこで、炭素-炭素結合形成および環化反応に関与すると推定したケトアシルACP合成酵素CqsB1、機能未知タンパク質CqsB2、チアミン依存型酵素CqsB3に着目し、これらの組換え酵素を用いてin vitro解析を実施した。その結果、CqsB1, 2, 3の全酵素を含む反応系においてのみ、カルバゾール骨格を有する生合成中間体を確認することができた。この結果から、カルバゾール骨格の生合成における一連の増炭、閉環、酸化反応の全てをCqsB1, 2, 3が担うことが明らかとなった。特に、CqsB2は閉環反応およびオルトキノン形成を触媒するカルバゾール環合成酵素であることが判明した。
カルバゾール環形成の鍵酵素であるCqsB2の反応機構を解明するため、さらに本酵素のX線結晶構造解析を実施した。SeMet置換体結晶を用いたSAD法により構造決定を行った結果、CqsB2の初期構造が明らかとなった。今後、立体構造に基づく機能解析を進めることで、前例のないカルバゾール環形成の触媒機構を解明できると考えている。本研究により、自然界におけるアルカロイドの生合成機構の多様性の一端を示すことができたと同時に、新たな生物活性物質の創出に向けた生合成経路あるいは酵素の改良・設計への貢献が期待される。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2018 2017 2016 2015

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] Structure and Mechanism of the Monoterpene Cyclolavandulyl Diphosphate Synthase that Catalyzes Consecutive Condensation and Cyclization2017

    • Author(s)
      Takeo Tomita, Masaya Kobayashi, Yuma Karita, Yoko Yasuno, Tetsuro Shinada, Makoto Nishiyama, Tomohisa Kuzuyama
    • Journal Title

      Angew. Chem. Int Ed.

      Volume: 56 Issue: 47 Pages: 14913-14917

    • DOI

      10.1002/anie.201708474

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] プレニルインドール化合物carquinostatin Aの生合成研究2018

    • Author(s)
      小林正弥、新家一男、西山真、葛山智久
    • Organizer
      2018年度日本農芸化学会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] シクロラバンデュリル二リン酸合成酵素の結晶構造解析2017

    • Author(s)
      小林正弥、富田武郎、品田哲郎、西山真、葛山智久
    • Organizer
      2017年度日本農芸化学会
    • Place of Presentation
      京都女子大学(京都府京都市)
    • Year and Date
      2017-03-17
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Biosynthesis of Prenylated Indole Alkaloids in Streptomyces2017

    • Author(s)
      Kobayashi M., Nishiyama M., Kuzuyama T.
    • Organizer
      第2回日米天然物生合成セミナー若手の会
    • Place of Presentation
      東京工業大学(東京都目黒区)
    • Year and Date
      2017-03-04
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural Studies on the Biosynthesis of Cyclolavandulyl Skeleton Catalyzed by an Unprecedented Terpene Synthase2017

    • Author(s)
      Masaya Kobayashi, Takeo Tomita, Makoto Nishiyama, and Tomohisa Kuzuyama
    • Organizer
      The 2nd A3 Foresight Symposium on “Chemical & Synthetic Biology of Natural Products”
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural Studies on the Biosynthesis of Cyclolavandulyl Skeleton Catalyzed by an Unprecedented Terpene Synthase2017

    • Author(s)
      Masaya Kobayashi, Takeo Tomita, Makoto Nishiyama, and Tomohisa Kuzuyama
    • Organizer
      18th International Symposium on the Biology of Actinomycetes
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] プレニルインドール化合物carquinostatin Aの生合成研究2017

    • Author(s)
      小林正弥、新家一男、西山真、葛山智久
    • Organizer
      第32回日本放線菌学会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] シクロラバンデュリル2リン酸合成酵素の結晶構造解析2016

    • Author(s)
      小林正弥、富田武郎、品田哲郎、西山真、葛山智久
    • Organizer
      第26回イソプレノイド研究会
    • Place of Presentation
      長崎県立大学(長崎県佐世保市)
    • Year and Date
      2016-09-20
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 放線菌由来新奇テルペン環化酵素の結晶構造解析2016

    • Author(s)
      小林正弥、尾崎太郎、富田武郎、西山真、葛山智久
    • Organizer
      2016年度日本放線菌学会
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      2016-09-08
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 放線菌の生産するプレニルインドールアルカロイドの生合成研究2016

    • Author(s)
      小林正弥、西山真、葛山智久
    • Organizer
      第51回天然物化学談話会
    • Place of Presentation
      湯沢東映ホテル(新潟県南魚沼郡)
    • Year and Date
      2016-07-06
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Biosynthesis of Prenylated Indole Alkaloids in Bacteria2016

    • Author(s)
      Kobayashi M., Nishiyama M., Kuzuyama T.
    • Organizer
      5th Seminar of Biotechnology Research Center
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      2016-04-19
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] アリル基質同士の縮合と環化反応を触媒する 新奇テルペン合成酵素の発見2015

    • Author(s)
      小林正弥, 尾﨑太郎, 趙平,富田武郎, 苅田祐馬, 保野陽子, 西村栄治, 品田哲郎, 西山真, 葛山智久
    • Organizer
      第25回イソプレノイド研究会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県仙台市)
    • Year and Date
      2015-09-14
    • Related Report
      2015 Annual Research Report

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Published: 2015-11-26   Modified: 2024-03-26  

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