| Project/Area Number |
15J10239
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
Life / Health / Medical informatics
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| Research Institution | Meiji University |
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Principal Investigator |
越中谷 賢治 明治大学, 理工学研究科, 特別研究員(DC2)
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| Project Period (FY) |
2015-04-24 – 2017-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2016)
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| Budget Amount *help |
¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Fiscal Year 2016: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
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| Keywords | バイオインフォマティクス / 翻訳後修飾 / タンパク質 / 糖鎖 / 二次構造 / 立体構造 / PSSM / 判別法 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成28年度は、「タンパク質細胞内局在化経路に基づいた糖鎖修飾分布の解析」を行い、有用な要素を明らかにしたうえで、「タンパク質O型糖鎖修飾の糖種判別法の開発」を行った。
[A]「タンパク質細胞内局在経路に基づいた糖鎖修飾分布の解析」
O型糖鎖修飾を受けている糖タンパク質について、細胞内局在・糖鎖修飾情報をもとに、細胞内での局在化経路および糖種に応じて分類した。シグナルペプチドもしくは膜貫通領域を有する分泌型・シグナルアンカー型、あるいはその両方を有する膜貫通型の糖タンパク質は、主としてFuc・Xyl・GalNAcの修飾が見られた。一方、細胞内在型タンパク質においては、修飾されている糖種がすべてGlcNAcであることが明らかとなった。本項目では、GlcNAc修飾タンパク質の細胞内局在化経路の特異性が明らかになり、糖種判別のための強力なパラメータになることが示された。
[B]「タンパク質O型糖鎖修飾の糖種判別法の開発」
上記[A]から、細胞内局在経路（シグナルペプチド・膜貫通領域の有無）をパラメータに加えることにより、GlcNAc修飾位置はGalNAc修飾位置から完全に分離することが可能である。したがって、まず細胞内局在経路（シグナルペプチド・膜貫通領域の有無）によってGlcNAcとFuc・Xyl・GalNAcの2グループに分類し、Fuc・Xyl・GalNAc内においてPSSMからスコアを算出することにより、高精度にO型糖鎖修飾糖種を判別することが可能となった。本項目では、細胞内局在化経路を加えた新規O型糖種判別法を提案した。
> 上記[A]を国際学会（2016年9月 ECCB）にてポスター発表した。また、上記[A]と[B]を併せて国際学会（2016年10月 ICFD）にて、プロシーディングスを投稿し口頭発表を行った。また、論文投稿中である。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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