タンパク質糖鎖修飾位置周辺の立体空間を対象とした糖種判別法の開発
| Project/Area Number |
15J10239
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
Life / Health / Medical informatics
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| Research Institution | Meiji University |
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Principal Investigator |
越中谷 賢治 明治大学, 理工学研究科, 特別研究員(DC2)
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| Project Period (FY) |
2015-04-24 – 2017-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2016)
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| Budget Amount *help |
¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Fiscal Year 2016: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
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| Keywords | バイオインフォマティクス / 翻訳後修飾 / タンパク質 / 糖鎖 / 二次構造 / 立体構造 / PSSM / 判別法 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成28年度は、「タンパク質細胞内局在化経路に基づいた糖鎖修飾分布の解析」を行い、有用な要素を明らかにしたうえで、「タンパク質O型糖鎖修飾の糖種判別法の開発」を行った。
[A]「タンパク質細胞内局在経路に基づいた糖鎖修飾分布の解析」
O型糖鎖修飾を受けている糖タンパク質について、細胞内局在・糖鎖修飾情報をもとに、細胞内での局在化経路および糖種に応じて分類した。シグナルペプチドもしくは膜貫通領域を有する分泌型・シグナルアンカー型、あるいはその両方を有する膜貫通型の糖タンパク質は、主としてFuc・Xyl・GalNAcの修飾が見られた。一方、細胞内在型タンパク質においては、修飾されている糖種がすべてGlcNAcであることが明らかとなった。本項目では、GlcNAc修飾タンパク質の細胞内局在化経路の特異性が明らかになり、糖種判別のための強力なパラメータになることが示された。
[B]「タンパク質O型糖鎖修飾の糖種判別法の開発」
上記[A]から、細胞内局在経路（シグナルペプチド・膜貫通領域の有無）をパラメータに加えることにより、GlcNAc修飾位置はGalNAc修飾位置から完全に分離することが可能である。したがって、まず細胞内局在経路（シグナルペプチド・膜貫通領域の有無）によってGlcNAcとFuc・Xyl・GalNAcの2グループに分類し、Fuc・Xyl・GalNAc内においてPSSMからスコアを算出することにより、高精度にO型糖鎖修飾糖種を判別することが可能となった。本項目では、細胞内局在化経路を加えた新規O型糖種判別法を提案した。
> 上記[A]を国際学会（2016年9月 ECCB）にてポスター発表した。また、上記[A]と[B]を併せて国際学会（2016年10月 ICFD）にて、プロシーディングスを投稿し口頭発表を行った。また、論文投稿中である。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(12 results)
