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時系列RNA-seqデータを用いた周期発現する遺伝子群の外部刺激に対する応答解析

Research Project

Project/Area Number 15J12133
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Agricultural environmental engineering/Agricultural information engineering
Research InstitutionOsaka Prefecture University

Principal Investigator

東 孝信  大阪府立大学, 生命環境科学研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Fiscal Year 2016: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywords概日時計 / 植物工場 / 遺伝子発現解析 / 体内時計 / レタス
Outline of Annual Research Achievements

当該年度の成果として,「病害に曝された場合でも,トマトの概日時計の周期性は維持された」「短い暗期刺激によるレタスの概日リズムの擾乱を確認した」「概日リズムを擾乱させた環境では,レタスの生重量が有意に低下し,ばらつきが増大した」という3点が挙げられる.
病害に曝されたトマトの葉を2時間おきにサンプリングし,時系列トランスクリプトームデータを取得した.その結果,光合成や糖代謝に関わる遺伝子の周期性は消失していたが,ストレス応答に関わる遺伝子が周期的な振る舞いを示し,概日時計の中心振動体であるTOC1やLHYといった遺伝子は周期性が維持されていることを明らかにした.このことから,概日時計の中心振動体は頑健なシステムであり,環境変動に応答して最適なアウトプットを図っていることが示唆された.
また,短い暗期刺激を用いた場合,光合成や糖代謝に関わる遺伝子だけでなく,中心振動体であるTOC1やLHYといった遺伝子の周期性も擾乱されることを明らかにした.さらに,中心振動体が擾乱される環境では,レタスの生重量が有意に低下し,そのばらつきは増大することが明らかとなった.生重量が低下する要因の1つとして,概日リズムの擾乱がある種のストレスとして作用しているのではないか?と仮説を立て,様々なストレスに応答して生成される活性酸素種の1つである過酸化水素の定量を行なった.しかしながら,生重量に関わらず過酸化水素の一過的な蓄積といった応答は確認されなかった.このことから,生重量の低下はストレスといった二次的要因ではなく,光合成能力の低下などに起因していると考えられる.

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2016 2015

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Circadian oscillation of the lettuce transcriptome under constant light and light and dark conditions2016

    • Author(s)
      Takanobu Higashi, Koh Aoki, Atsushi J Nagano, Mie N. Honjo, Hirokazu Fukuda
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 7 Pages: 1114-1114

    • DOI

      10.3389/fpls.2016.01114

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Detection of Diurnal Variation of Tomato Transcriptome through the Molecular Timetable Method in a Sunlight-type Plant Factory2016

    • Author(s)
      Takanobu Higashi, Yusuke Tanigaki, Kotaro Takayama, Atsushi J. Nagano, Mie N. Honjo and Hirokazu Fukuda
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 7:87 Pages: 1-9

    • DOI

      10.3389/fpls.2016.00087

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Transcriptome analysis of plant hormone-related tomato (Solanum lycopersicum) genes in a sunlight-type plant factory2015

    • Author(s)
      Yusuke Tanigaki, Takanobu Higashi, Kotaro Takayama, Atsushi J. Nagano, Mie N. Honjo and Hirokazu Fukuda
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 10 Issue: 12 Pages: 1-18

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0143412

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 短い暗期刺激がリーフレタスの生育と生重量の分布に与える影響2016

    • Author(s)
      東孝信,竹岡真梨,青木考,福田弘和
    • Organizer
      生物環境工学会
    • Place of Presentation
      金沢工業大学(石川県野々市市)
    • Year and Date
      2016-09-12
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] リーフレタスの周期変動遺伝子群の検出とその機能推定(Detection of diurnal variation of transcriptome and its functional estimation in lettuce)2016

    • Author(s)
      東孝信,青木考,福田弘和
    • Organizer
      日本植物細胞分子生物学会
    • Place of Presentation
      信州大学(長野県上田市)
    • Year and Date
      2016-09-01
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 周期的な暗期パルスを用いたレタスの概日時計制御環境下における生育評価2016

    • Author(s)
      東孝信,竹岡真梨,青木考,福田弘和
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-03-27
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 時系列RNA-Seqデータを用いたレタス遺伝子群の周期変動解析2015

    • Author(s)
      東孝信,竹岡真梨,福田弘和
    • Organizer
      農業環境工学関連5学会2015年合同大会
    • Place of Presentation
      岩手大学(岩手県盛岡市)
    • Year and Date
      2015-09-14
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Oscillatory Analysis of Circadian Gene Expression by Time-course RNA-Seq Assay2015

    • Author(s)
      Takanobu Higashi, Hirokazu Fukuda
    • Organizer
      Greensys2015
    • Place of Presentation
      EVORA University, Evora, Portugal
    • Year and Date
      2015-07-19
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Book] 植物の体内時計と高品質栽培技術開発~ストレス応答のオミクス診断~2016

    • Author(s)
      谷垣悠介,東孝信,福田弘和
    • Publisher
      日本農民新聞社
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Book] 「植物工場の生産性向上,コスト削減技術とビジネス構築」2015

    • Author(s)
      福田弘和,東孝信
    • Publisher
      シーエムシー出版
    • Related Report
      2015 Annual Research Report

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Published: 2015-11-26   Modified: 2024-03-26  

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