Computational RNA switch design for artificial RNA circuits
| Project/Area Number |
15K00392
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Research Field |
Life / Health / Medical informatics
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| Research Institution | Hirosaki University |
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Principal Investigator |
Akito Taneda 弘前大学, 理工学研究科, 准教授 (70332492)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2018)
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| Budget Amount *help |
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
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| Keywords | RNA二次構造 / ヒューリスティクス / エネルギーバリア / 分子設計 / RNAスイッチ / RNA間相互作用 / RNA折り畳み経路予測 / エネルギーバリア予測 / メタヒューリスティクス / 折り畳み経路 / バイオインフォマティクス / 合成生物学 / ソフトコンピューティング / RNA情報学 / 合成RNA生物学 |
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| Outline of Final Research Achievements |
Recently, in the field of RNA biology, much attention has been paid to designing RNA switches for artificial RNA circuits. The aims of the present study are “developing computational methods for designing RNA switches whose input molecule is a structured RNA sequence” and “developing an algorithm for predicting an energy barrier height between RNA secondary structures”. In the present study, we developed methods for designing RNA sequences that can form a specified joint secondary structure. In addition, we developed a novel ant colony optimization algorithm for RNA folding pathway prediction that can give useful information for designing RNA switches.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
合成生物学は、バクテリア等による有用物質生産や医療・創薬などの分野においてイノベーションを起こしうる新しいパラダイムとして期待されている。合成生物学では核酸などの生体分子を遺伝子回路の部品として扱うことから、高性能な遺伝子パーツの開発が行われている。本研究課題では、RNA配列をベースとした遺伝子パーツをコンピュータで設計するための新しい手法や、設計に有用なRNA二次構造折り畳み経路予測法の開発を行った。
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Report
(5 results)
Research Products
(5 results)
