• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Identification of apiosyltransferase involved in biosynthesis of pectin in plant cell wall

Research Project

Project/Area Number 15K07016
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Functional biochemistry
Research InstitutionRitsumeikan University

Principal Investigator

Takeshi Ishimizu  立命館大学, 生命科学部, 准教授 (30314355)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywords植物 / 細胞壁 / 多糖 / ペクチン / 糖転移酵素 / 糖ヌクレオチド / アピオース / 酵素 / 糖鎖
Outline of Final Research Achievements

UDP-apiose, a donor substrate of apiosyltransferases, is known to a labile due to the intramolecular self-cyclization, resulting the formation of a-D-apio-D-furanosyl 1:2-cyclic phosphate. Its half-life is 32 seconds at at pH 8.0 and 25 C. We found that the bulky caions, especially tertiary amines, effectively suppressed the degradation of UDP-apiose. Consequently, a half-life of UDP-apiose was prolonged to 38.5 hours at pH 6.0 and 25C using triethylamine as a counter ion. Using this isolated UDP-apiose, we identified a gene encoding pectin rhamnogalacturonan II: apiosyltransferase.

Report

(4 results)
  • 2017 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2016 Research-status Report
  • 2015 Research-status Report
  • Research Products

    (42 results)

All 2018 2017 2016 2015 Other

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (33 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 3 results) Book (1 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] Degradation pathway of plant complex-type N-glycans: identification and characterization of a key α1,3-fucosidase from glycoside hydrolase family 29.2018

    • Author(s)
      Kato S, Hayashi M, Kitagawa M, Kajiura H, Maeda M, Kimura Y, Igarashi K, Kasahara M, Ishimizu T.
    • Journal Title

      Biochem J.

      Volume: 475 Issue: 1 Pages: 305-317

    • DOI

      10.1042/bcj20170106

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular characterization of second tomato α1,3/4-fucosidase (α-Fuc'ase Sl-2), a member of glycosyl hydrolase family 29 active toward the core α1,3-fucosyl residue in plant N-glycans.2018

    • Author(s)
      Rahman Z, Tsujimori Y, Maeda M, Hossain A, Ishimizu T, Kimura Y.
    • Journal Title

      J Biochem.

      Volume: 印刷中 Issue: 1 Pages: 53-63

    • DOI

      10.1093/jb/mvy029

    • NAID

      40021625325

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Biochemical characterization of rhamnosyltransferase involved in biosynthesis of pectic rhamnogalacturonan I in plant cell wall2017

    • Author(s)
      Uehara Y, Tamura S, Maki Y, Yagyu K, Mizoguchi T, Tamiaki H, Imai T, Ishii T, Ohashi T, Fujiyama K, Ishimizu T
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 486 Issue: 1 Pages: 130-136

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2017.03.012

    • Related Report
      2016 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular characterization of tomato α1,3/4-fucosidase, a member of glycosyl hydrolase family 29, involved in degradation of plant complex type N-glycans.2017

    • Author(s)
      Rahman, M.D., Maeda, M., Itano, S., Hossain, M.A., Ishimizu, T., Kimura, Y.
    • Journal Title

      J. Biochem.

      Volume: 161 Pages: 421-432

    • DOI

      10.1093/jb/mvw089

    • NAID

      40021219805

    • Related Report
      2016 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A polygalacturonase localized in the Golgi apparatus in Pisum sativum2017

    • Author(s)
      Ohashi T, Jinno J, Inoue Y, Ito S, Fujiyama K, Ishimizu T
    • Journal Title

      J Biochem

      Volume: 印刷中 Issue: 3 Pages: 193-201

    • DOI

      10.1093/jb/mvx014

    • Related Report
      2016 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] cis-ヒノキレジノール合成酵素による酵素反応の分子機構解明に 向けたβサブユニットのX線結晶構造解析2018

    • Author(s)
      東篤志、坂直樹、鈴木史朗、山村正臣、石水毅、三上文三、梅澤俊明
    • Organizer
      第68回日本木材学会大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 脂質変換大腸菌による細胞壁生合成関連酵素の発現2018

    • Author(s)
      今井友也、中島啓介、石水毅
    • Organizer
      第68回日本木材学会大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 植物細胞壁ペクチン成分ラムノガラクツロナンIの生合成に関与するラムノース転移酵素の同定2017

    • Author(s)
      加藤耕平, 竹中悠人,鶴浜和奈,柳生健太,竹田篤史,國枝正,西村いくこ,小川(大西)真理,松林嘉克,石水毅
    • Organizer
      日本農芸化学会大会 2017年度大会
    • Place of Presentation
      京都女子大学(京都府、京都市)
    • Year and Date
      2017-03-18
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] Accumulation of GN1-type plant complex type free N-glycans in α1,3/4-fucosidase knockout mutant of A. thaliana2017

    • Author(s)
      M. Maeda, S. Takata, T. Ishimizu, E.J.M. Van Damme, Y. Kimura
    • Organizer
      12th Carbohydrate Bioengineering Meeting
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 植物細胞壁ペクチン成分ラムノガラクツロナンIの生合成に関与するラムノース転移酵素遺伝子の同定2017

    • Author(s)
      加藤耕平、竹中悠人、小川(大西)真理、鶴浜和奈、柳生健太、梶浦裕之、竹田篤史、黒羽剛、西谷和彦、國枝正、西村いくこ、松林嘉克、石水毅
    • Organizer
      第36回日本糖質学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] ペクチンラムノガラクツロナンIの生合成に関わるラムノース転移酵素2017

    • Author(s)
      石水毅
    • Organizer
      植物糖鎖生物学ワークショップ
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] (Z)-ヒノキレジノール合成酵素βサブユニットのX線結晶構造解析2017

    • Author(s)
      東篤志、坂直樹、鈴木史朗、山村正臣、石水毅、三上文三、梅澤俊明
    • Organizer
      第62回リグニン討論会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Discovery and biochemical characterization of rhamnosyltransferase involved in pectin biosynthesis in Arabidopsis thariana2017

    • Author(s)
      Yuto Takenaka, Kohei Kato, Mari Ogawa-Ohnishi, Kana Tsuruhama, Hiroyuki Kajiura, Kenta Yagyu, Atsushi Takeda, Tadashi Kunieda, Ikuko Hara-Nishimura, Takeshi Kuroha, Kazuhiko Nishitani, Yoshikatsu Matsubayashi, and Takeshi Ishimizu
    • Organizer
      Taiwan-Japan Plant Biology 2017
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Preparation of UDP-apiose, a donor substrate of a glycosyltransferase involved in pectin biosynthesis2017

    • Author(s)
      Tae Fujimori, Ryoko Matsuda, Mami Suzuki, Yuto Takenaka, Hiroyuki Kajiura, Yoichi Takeda, Takeshi Ishimizu
    • Organizer
      Taiwan-Japan Plant Biology 2017
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Assays for glycosyltransferases involved in biosynthesis of pectic rhamnogalacturonan I in plant cell wall2017

    • Author(s)
      Kenta Yagyu, Yohei Uehara, Syunsuke Tamura, Naoki Matsumoto, Yuko Morii, Takeshi Isimizu
    • Organizer
      Taiwan-Japan Plant Biology 2017
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 植物細胞壁のペクチンの生合成2017

    • Author(s)
      石水毅
    • Organizer
      日本応用糖質科学会 第43回近畿支部会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 植物細胞壁ペクチン成分ラムノガラクツロナンIIの生合成に必要なUDP-アピオースの単離法の開発2017

    • Author(s)
      藤森多恵、松田諒子、鈴木真未、武田陽一、石水毅
    • Organizer
      第90回日本生化学会大会(2017年度生命科学系合同年次大会)
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 脂質変換大腸菌による真核生物由来膜タンパク質の大腸菌発現2017

    • Author(s)
      今井友也、中島啓介、石水毅
    • Organizer
      第90回日本生化学会大会(2017年度生命科学系合同年次大会)
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] キシログルカンに作用する植物α1,2-フコシダーゼに含まれる新規糖質結合モジュールの同定2016

    • Author(s)
      松廣拓真、上野皓輝、石水毅
    • Organizer
      第35回日本糖質学会年会
    • Place of Presentation
      高知市文化プラザかるぽーと(高知県、高知市)
    • Year and Date
      2016-09-03
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 植物コンプレックス型糖鎖の分解経路α1,3-フコシダーゼの同定と解析2016

    • Author(s)
      加藤俊, 林めぐみ, 北川真衣, 前田恵, 木村吉伸,五十嵐圭日子, 笠原賢洋, 石水毅
    • Organizer
      第35回日本糖質学会年会
    • Place of Presentation
      高知市文化プラザかるぽーと(高知県、高知市)
    • Year and Date
      2016-09-03
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 植物ゴルジ体局在キシラン:キシロース転移酵素複合体の解析2016

    • Author(s)
      平岡誉登, 加藤大詞, 高田和拓, 大谷美沙都, 米田新, 出村拓, 石水毅
    • Organizer
      第35回日本糖質学会年会
    • Place of Presentation
      高知市文化プラザかるぽーと(高知県、高知市)
    • Year and Date
      2016-09-02
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 植物ゴルジ体膜局在ペクチン生合成関連酵素複合体の解析2016

    • Author(s)
      髙田和拓、加藤大詞、平岡誉登、石水毅
    • Organizer
      第35回日本糖質学会年会
    • Place of Presentation
      高知市文化プラザかるぽーと(高知県、高知市)
    • Year and Date
      2016-09-02
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] Degradation pathway of plant complex-type N-glycans: Identification and characterization of α1,3-fucosidase2016

    • Author(s)
      Kato, S., Hayashi, M., Kitagawa, M., Maeda, M., Kimura, Y., Igarashi, K., Kasahara, M. and Ishimizu, T.
    • Organizer
      28th International Carbohydrate Symposium
    • Place of Presentation
      ニューオリンズ(アメリカ)
    • Year and Date
      2016-07-19
    • Related Report
      2016 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 植物細胞壁ペクチンの生合成に必要なUDP-アピオースの単離法の開発2016

    • Author(s)
      松田諒子、鈴木真未、石水毅
    • Organizer
      日本農芸化学会2016年度大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-03-28
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 植物ゴルジ体膜局在ペクチン合成酵素複合体の解析2016

    • Author(s)
      高田和拓、加藤大詞、平岡誉登、石水毅
    • Organizer
      日本農芸化学会2016年度大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-03-28
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 植物細胞壁ペクチンの生合成に関与するガラクトース転移酵素の生化学的解析と超活性化2016

    • Author(s)
      松本直樹、上原洋平、田村峻佑、高田和拓、柳生健太、石水毅
    • Organizer
      日本農芸化学会2016年度大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-03-28
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 植物N型糖鎖分解に関与するシロイヌナズナ液胞α-マンノシダーゼの同定2016

    • Author(s)
      川原悠太郎、石水毅
    • Organizer
      日本農芸化学会2016年度大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-03-28
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] α1,3/4-フコシダーゼ欠損 Arabidopsis thalianaに存在する遊離糖鎖の構造解析2016

    • Author(s)
      前田恵,髙田駿,石水毅,木村吉伸
    • Organizer
      日本農芸化学会中四国第44回講演会
    • Place of Presentation
      岡山県立大学(岡山県総社市)
    • Year and Date
      2016-01-23
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 植物細胞壁ペクチン由来ラムノガラクツロナンIの生合成酵素の活性測定法構築2015

    • Author(s)
      田村峻佑、上原洋平、松本直樹、牧祐介、溝口忠、民秋均、石水毅
    • Organizer
      第88回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-02
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 植物細胞壁ペクチンの生合成に関与するガラクトース転移酵素の基質特異性解析2015

    • Author(s)
      松本直樹、上原洋平、田村峻佑、石水毅
    • Organizer
      第88回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 植物細胞にゴルジ体局在膜結合型ポリガラクツロナーゼが存在する2015

    • Author(s)
      井上嘉之、神野淳、大橋貴生、藤山和仁、石水毅
    • Organizer
      第34回日本糖質学会年会
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      2015-08-01
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 植物細胞壁多糖ラムノガラクツロナンI由来のオリゴ糖調製とラムノガラクツロナンI生合成酵素活性測定法構築2015

    • Author(s)
      田村峻佑, 上原洋平, 松本直樹, 牧祐介, 溝口正, 民秋均, 石水毅
    • Organizer
      第34回日本糖質学会年会
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      2015-08-01
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 植物細胞壁多糖ラムノガラクツロナンI生合成に関与するガラクトース転移酵素の活性測定法構築と生化学的解析2015

    • Author(s)
      松本直樹、上原洋平、田村峻佑、石水毅
    • Organizer
      第34回日本糖質学会年会
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      2015-08-01
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] Analysis of protein complexes containing glycosyltransferases in plant cell2015

    • Author(s)
      Kazuhiro Takada, Hirotsugu Kato and Takeshi Ishimizu
    • Organizer
      第11回化学的にプログラムされた合成色素類の超分子ナノ科学
    • Place of Presentation
      立命館大学(滋賀県草津市)
    • Year and Date
      2015-05-30
    • Related Report
      2015 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 植物細胞壁生合成に必要なUDP-アピオースの調製法の開発2015

    • Author(s)
      松田諒子,鈴木真未, 石水毅
    • Organizer
      第62回日本生化学会近畿支部例会
    • Place of Presentation
      立命館大学(滋賀県草津市)
    • Year and Date
      2015-05-16
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 植物細胞壁ペクチンの生合成に関与するガラクトース転移酵素の生化学的解析2015

    • Author(s)
      松本直樹,上原洋平,田村峻佑,石水毅
    • Organizer
      第62回日本生化学会近畿支部例会
    • Place of Presentation
      立命館大学(滋賀県草津市)
    • Year and Date
      2015-05-16
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 植物細胞壁ペクチン由来ラムノガラクツロナンI(RG-I)オリゴ糖の調製とRG-I生合成酵素の活性測定法の構築2015

    • Author(s)
      田村峻佑, 上原洋平, 松本直樹, 溝口正, 民秋均, 石水毅
    • Organizer
      第62回日本生化学会近畿支部例会
    • Place of Presentation
      立命館大学(滋賀県草津市)
    • Year and Date
      2015-05-16
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] エンド-β-マンノシダーゼ研究の展開と糖鎖構造解析支援プログラムの作成2015

    • Author(s)
      長谷純宏、石水毅、長束俊治
    • Organizer
      エンド型グリコシダーゼから糖鎖科学を展望する
    • Place of Presentation
      弘前大学(青森県弘前市)
    • Year and Date
      2015-04-21
    • Related Report
      2015 Research-status Report
    • Invited
  • [Book] 植物細胞壁実験法2016

    • Author(s)
      石井忠、石水毅、梅澤俊明、加藤陽治、岸本崇生、小西照子、松永俊朗 編著
    • Total Pages
      404
    • Publisher
      弘前大学出版会
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Remarks] 立命館大学生命科学部石水研ホームページ

    • URL

      http://www.ismz.sk.ritsumei.ac.jp/

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Remarks] 立命館大学生命科学部生物工学科

    • URL

      http://www.ismz.sk.ritsumei.ac.jp/

    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Remarks] 立命館大学生命科学部生物工学科石水研HP

    • URL

      http://www.ismz.sk.ritsumei.ac.jp/

    • Related Report
      2015 Research-status Report

URL: 

Published: 2015-04-16   Modified: 2019-12-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi