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Studies of the small RNA specificity and the viral pathogenicity in plants

Research Project

Project/Area Number 15K14665
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Plant protection science
Research InstitutionRitsumeikan University

Principal Investigator

Takeda Atsushi  立命館大学, 生命科学部, 准教授 (60560779)

Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) SATO MASANAO  北海道大学, 農学研究院, 助教 (20517693)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2015: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywordsウイルス由来siRNA / RNAサイレンシング / AGO1 / Nicotiana benthamiana / miRNA
Outline of Final Research Achievements

In plants, viral infection induces RNA silencing, which is a basal immune response against viruses. In the anti-viral pathways of plant RNA silencing, abundant viral-derived small-interfering RNAs (vsiRNAs) are generated through functions of Dicer-like enzymes (DCLs). A class of 21 nt vsiRNAs cleaved by DCL4 is incorporated into Argonaute 1 (AGO1). The AGO1-vsiRNA complex has a potential to cleave not only viral RNAs but also endogenous mRNAs dependent on the complementarity between target RNAs and vsiRNAs in AGO1. However, determinants of target specificity of AGO1-vsiRNA complex are unknown and thus we cannot predict the target mRNAs downregulated upon viral infection. In this study, we examined the AGO1 specificity in plants experimentally by using a massive transient luciferase assay. We identified several determinants of the plant AGO1 specificity, which can help predict the target mRNAs of vsiRNAs in viral-infected plants in future.

Report

(3 results)
  • 2016 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2015 Research-status Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2017 2016 2015

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (12 results)

  • [Journal Article] Interconnections between mRNA degradation and RDR-dependent siRNA production in mRNA turnover in plants2017

    • Author(s)
      Masayuki Tsuzuki, Kazuki Motomura, Naoyoshi Kumakura, Atsushi Takeda
    • Journal Title

      Journal of Plant Research

      Volume: 130 Issue: 2 Pages: 211-226

    • DOI

      10.1007/s10265-017-0906-8

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 植物ウイルス由来siRNAの役割とは?2015

    • Author(s)
      竹田篤史
    • Journal Title

      植物感染生理談話会論文集

      Volume: 50 Pages: 103-112

    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 植物U6プロモーターを用いたsgRNAの一過的発現に関する研究2016

    • Author(s)
      井手口真也、竹田篤史
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(横浜市・西区)
    • Year and Date
      2016-12-01
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    • Author(s)
      白谷公孝、舛田さくら、長田怜子、唐戸俊介、都筑正行、佐藤昌直、渡邊雄一郎、竹田篤史
    • Organizer
      第80回日本植物学会
    • Place of Presentation
      沖縄コンベンションセンター(沖縄県・宜野湾市)
    • Year and Date
      2016-09-16
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  • [Presentation] CRISPR-Cas9を利用した植物遺伝子の多重破壊系の開発2016

    • Author(s)
      井手口真也、竹田篤史
    • Organizer
      第80回日本植物学会
    • Place of Presentation
      沖縄コンベンションセンター(沖縄県・宜野湾市)
    • Year and Date
      2016-09-16
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  • [Presentation] Nicotaina benthaminaにおけるRNAサイレンシング活性定量系の確立2016

    • Author(s)
      後藤尚隆、竹内信弘、竹田篤史
    • Organizer
      第80回日本植物学会
    • Place of Presentation
      沖縄コンベンションセンター(沖縄県・宜野湾市)
    • Year and Date
      2016-09-16
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      末森彩洋子、中村光希、奥野哲郎、竹田篤史
    • Organizer
      第80回日本植物学会
    • Place of Presentation
      沖縄コンベンションセンター(沖縄県・宜野湾市)
    • Year and Date
      2016-09-16
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  • [Presentation] シロイヌナズナ由来のU6プロモーターによるsgRNAの発現に関する研究2016

    • Author(s)
      井手口真也、竹田篤史
    • Organizer
      第1回日本ゲノム編集学会
    • Place of Presentation
      広島国際会議場(広島市・中区)
    • Year and Date
      2016-09-06
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  • [Presentation] 人工ランダムtasiRNAベクターの開発とその利用2016

    • Author(s)
      冨田麻理絵、菊池貴光、渡邉雄一郎、竹田篤史
    • Organizer
      第5回植物RNA研究者ネットワークシンポジウム
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都・目黒区)
    • Year and Date
      2016-01-09
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  • [Presentation] 植物のmicroRNA-標的mRNA間に1~3ヶ所のミスマッチがある場合の認識特異性に関する研究2015

    • Author(s)
      白谷公孝、舛田さくら、長田怜子、唐戸俊介、都筑正行、佐藤昌直、渡邊雄一郎、竹田篤史
    • Organizer
      BMB2015
    • Place of Presentation
      神戸国際展示場(神戸市・中央区)
    • Year and Date
      2015-12-02
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  • [Presentation] Red clover necrotic mosaic virus感染時に認められるAGO2遺伝子の発現誘導に関する研究2015

    • Author(s)
      末森彩洋子、中村光希、奥野哲郎、竹田篤史
    • Organizer
      平成27年度日本植物病理学会関西部会
    • Place of Presentation
      あわぎんホール(徳島県・徳島市)
    • Year and Date
      2015-09-29
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  • [Presentation] TALEヌクレアーゼを利用したトバモウイルス抵抗性植物の作出に関する研究2015

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      佐嶋宏哉、菊池貴光、渡邊雄一郎、竹田篤史
    • Organizer
      平成27年度日本植物病理学会関西部会
    • Place of Presentation
      あわぎんホール(徳島県・徳島市)
    • Year and Date
      2015-09-29
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  • [Presentation] miRNAによる標的mRNA認識特異性に関する研究2015

    • Author(s)
      白谷公孝、長田怜子、都筑正行、唐戸俊介、舛田さくら、渡邊雄一郎、竹田篤史
    • Organizer
      第79回日本植物学会
    • Place of Presentation
      朱鷺メッセ(新潟市・中央区)
    • Year and Date
      2015-09-06
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      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 植物ウイルス由来siRNAの役割とは?2015

    • Author(s)
      竹田篤史
    • Organizer
      平成27年度感染生理談話会
    • Place of Presentation
      道後温泉メルパルク松山(愛媛県・松山市)
    • Year and Date
      2015-08-25
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      2015 Research-status Report

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Published: 2015-04-16   Modified: 2018-03-22  

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