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Regulation of DNA clamp reactions involved in DNA recombination

Research Project

Project/Area Number 15K16128
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Risk sciences of radiation and chemicals
Research InstitutionFujita Health University (2018)
Sojo University (2015-2017)

Principal Investigator

Kawai Akito  藤田医科大学, 医学部, 助教 (20435150)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2018: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Keywordsタンパク質の結晶化 / X線結晶構造解析 / DNA相同組換え / DNAクランプ
Outline of Final Research Achievements

In this research, we have carried out structural study of heterotetrameric DNA clamp complexed with holliday junction resolvase stoHjc and RecQ-like DNA helicase stoHjm. stoHjc, stoHjm, and heterotetrameric DNA clamp were overexpressed in E. coli and purified over 98% for the crystallization. The stoHjcーheterotetrameric DNA clamp complex was prepared by mixing each protein solution and purified using a gel filtration column chromatography. After performing the crystallization screenings and the modification of the crystallization conditions, we obtained the crystals of the stoHjcーheterotetrameric DNA clamp complex, stoHjcーheterotetrameric DNA clampーholliday junction complex, and stoHjm, and carried out X-ray diffraction experiments using the synchrotron radiation at Photon Factory and SPring-8.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究ではこれまで不明であった四量体型DNAクランプの機能を解明するため研究を進め、立体構造が未知であるstoHjcー四量体型DNAクランプーホリデイ構造複合体の構造解析へとつながる結晶化条件の発見に至った。今後、さらに研究を進めることで四量体型DNAクランプの機能解明を行い、この四量体型DNAクランプの機能を利用してDNA修復の正確性、効率を向上につながるアイデアを生み出したい。

Report

(5 results)
  • 2018 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2017 Research-status Report
  • 2016 Research-status Report
  • 2015 Research-status Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2018 2017 2016 2015 Other

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 2 results) Presentation (10 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Analysis of the binding of aripiprazole to human serum albumin: The importance of a chloro-group in the chemical structure.2018

    • Author(s)
      Sakurama K, Kawai A, Tuan Giam Chuang V, Kanamori Y, Osa M, Taguchi K, Seo H, Maruyama T, Imoto S, Yamasaki K, Otagiri M
    • Journal Title

      ACS Omega

      Volume: 3 Issue: 10 Pages: 13790-13797

    • DOI

      10.1021/acsomega.8b02057

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Crystal structure analysis of human serum albumin complexed with sodium 4-phenylbutyrate.2018

    • Author(s)
      Kawai A, Yamasaki K, Enokida T, Miyamoto S, Otagiri M.
    • Journal Title

      Biochem Biophys Rep

      Volume: 13 Pages: 78-82

    • DOI

      10.1016/j.bbrep.2018.01.006

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Crystallographic analysis of the ternary complex of octanoate and N-acetyl-l-methionine with human serum albumin reveals the mode of their stabilizing interactions.2017

    • Author(s)
      Kawai A, Chuang VTG, Kouno Y, Yamasaki K, Miyamoto S, Anraku M, Otagiri M.
    • Journal Title

      Biochim Biophys Acta

      Volume: 1865 Issue: 8 Pages: 979-984

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2017.04.004

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Species Differences in the Binding of Sodium 4-Phenylbutyrate to Serum Albumin.2017

    • Author(s)
      Yamasaki K, Enokida T, Taguchi K, Miyamura S, Kawai A, Miyamoto S, Maruyama T, Seo H, Otagiri M.
    • Journal Title

      J Pharm Sci

      Volume: 106 Issue: 9 Pages: 2860-2867

    • DOI

      10.1016/j.xphs.2017.04.025

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of family 4 uracil-DNA glycosylase from Sulfolobus tokodaii and a function of tyrosine 170 in DNA binding2015

    • Author(s)
      Kawai A., Higuchi S., Tsunoda M., Nakamura K.T., Yamagata Y., Miyamoto S.
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 589 Issue: 19PartB Pages: 2675-2682

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2015.08.019

    • Related Report
      2015 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ヒト血清アルブミンを安定化する低分子化合物の構造化学研究2018

    • Author(s)
      河合 聡人、安楽 誠、河野 陽介、宮本 秀一、山崎 啓之、小田切 優樹
    • Organizer
      第16回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム(PPF2018)
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] ファミリー4 ウラシルDNAグリコシラーゼによる酵素触媒機構の解明2018

    • Author(s)
      河合 聡人, 吉田 紀生, 中村 照也, 下野 和実, 山縣 ゆり子, 宮本 秀一
    • Organizer
      第18回 日本蛋白質科学会 年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] ファミリー4 ウラシルDNAグリコシラーゼ-DNA複合体の立体構造に基づく酵素反応機構の解明2017

    • Author(s)
      河合 聡人, 中村 照也, 山縣 ゆり子, 宮本 秀一
    • Organizer
      2016年度量子ビームサイエンスフェスタ
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2017-03-14
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 立体構造に基づくオクタン酸ナトリウム及びN-アセチル-L-メチオニンのヒト血清アルブミン安定化効果に関する考察2017

    • Author(s)
      河合 聡人, 安楽 誠, 河野 陽介, 宮本 秀一, 山崎 啓之, 小田切 優樹
    • Organizer
      第34回日本薬学会九州支部大会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] ファミリー4 ウラシルDNAグリコシラーゼ-DNA複合体の結晶構造解析2017

    • Author(s)
      河合 聡人, 中村 照也, 下野 和実, 山縣 ゆり子, 宮本 秀一
    • Organizer
      第55回 日本生物物理学会 年会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 立体構造に基づくヒト血清アルブミンに対するN-アセチル-L-メチオニンの抗酸化効果に関する考察2017

    • Author(s)
      河合 聡人, 安楽 誠, 河野 陽介, 宮本 秀一, 山崎 啓之, 小田切 優樹
    • Organizer
      第17回 日本蛋白質科学会 年会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 立体構造に基づくアルブミン製剤に添加する安定化剤の有用性に関する考察2016

    • Author(s)
      河合 聡人, 安楽 誠, 河野 陽介, 宮本 秀一, 小田切 優樹
    • Organizer
      第16回 日本蛋白質科学会 年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      2016-06-07
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] ヒト血清アルブミン-オクタン酸ナトリウム-N-アセチル-L-メチオニン三元複合体のX線結晶構造解析2016

    • Author(s)
      小田切 優樹, 河合 聡人, 河野 陽介, 宮本 秀一, 山崎 啓之, 安楽 誠
    • Organizer
      日本薬剤学会 第31年会
    • Place of Presentation
      長良川国際会議場(岐阜県岐阜市)
    • Year and Date
      2016-05-19
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] ファミリー4 ウラシルDNAグリコシラーゼとDNAの複合体構造解析2016

    • Author(s)
      河合 聡人, 中村 照也, 山縣 ゆり子, 宮本 秀一
    • Organizer
      2015年度量子ビームサイエンスフェスタ
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場 (茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2016-03-15
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] ファミリー4 ウラシルDNAグリコシラーゼによるDNA認識機構の解明2015

    • Author(s)
      河合 聡人, 中村 照也, 山縣 ゆり子, 宮本 秀一
    • Organizer
      第15回 日本蛋白質科学会 年会
    • Place of Presentation
      あわぎんホール (徳島県徳島市)
    • Year and Date
      2015-06-24
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Remarks] 藤田医科大学 医学部 微生物学講座・感染症科ホームページ

    • URL

      http://www.fujita-hu.ac.jp/~microb/

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Remarks] 崇城大学薬学部物理化学研究室

    • URL

      http://www.ph.sojo-u.ac.jp/~akawai/

    • Related Report
      2015 Research-status Report

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Published: 2015-04-16   Modified: 2020-03-30  

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