Transcriptional regulatory mechanism of the RNA polymerase II initiation complex by the chromatin remodeling complex

• Project/Area Number: 15K18861
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Biological pharmacy
• Research Institution: University of Toyama
• Principal Investigator: Tanaka Aki 富山大学, 大学院医学薬学研究部(薬学), 助教 (50432109)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2018-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2017)
• Budget Amount: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000); Fiscal Year 2016: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2015: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
• Keywords: 遺伝子発現 / 転写 / 基本転写因子 / 遺伝子発現制御 / 生化学 / 転写開始 / 基本転写因子TFIIE / RNAポリメラーゼII clamp領域 / TFIIE / RNAポリメラーゼ clamp

Outline of Final Research Achievements

We performed Mass spectrometry to identify TFIIEα binding proteins. It was indicated that TFIIEα interacted with the SWI/SNF complex which is one of the chromatin remodeling complexes. The SWI/SNF complex can be divided into BAF and PBAF. Our immunoprecipitation study demonstrated that TFIIE interacted with the PBAF mainly and TFIIH. TFIIE recruits TFIIH to complete the PIC formation and regulates enzymatic activities of TFIIH. There is an interesting possibility that TFIIE-TFIIH act on the promoter coordinately with the PBAF complex and regulates transcription and the chromatin structure together.

Research Products

• [Journal Article] Mediator cyclin-dependent kinases upregulate transcription of inflammatory genes in cooperation with NF-κB and C/EBPβ on stimulation of Toll-like receptor 9. (2017)
  • Author(s): Yamamoto, S., Hagihara, T., Horiuchi, Y., Okui, A., Wani, S., Yoshida, T., Inoue, T., Tanaka, A., Ito, T., Hirose, Y., and Ohkuma, Y.
  • Journal Title: GENES TO CELLS Volume: 22 Issue: 3 Pages: 265-276
  • DOI: 10.1111/gtc.12475
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Association of the Winged Helix Motif of the TFIIEα Subunit of TFIIE with Either the TFIIEβ Subunit or TFIIB Distinguishes Its Functions in Transcription. (2015)
  • Author(s): Tanaka, A., Akimoto, Y., Kobayashi, S., Hisatake, K., Hanaoka, F., and Ohkuma, Y.
  • Journal Title: Genes Cells Volume: 20 Issue: 3 Pages: 203-216
  • DOI: 10.1111/gtc.12212
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Human mediator MED17 subunit plays essential roles in gene regulation by associating with the transcription and DNA repair machineries. (2014)
  • Author(s): Kikuchi, Y., Umemura, H., Nishitani, S., Iida, S., Fukasawa, R., Hayashi, H., Hirose, Y., Tanaka, A., Sugasawa, K. and Ohkuma, Y.
  • Journal Title: Genes to Cells Volume: 20 Issue: 3 Pages: 191-202
  • DOI: 10.1111/gtc.12210
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] 基本転写因子TFIIE とクロマチン構造変換複合体による転写制御機構 (2018)
  • Author(s): 田中 亜紀, 山田 佑里香, 小林 聡子, 廣瀬 豊, 大熊 芳明
  • Organizer: 日本薬学会第138年会
• [Presentation] 基本転写因子による転写開始から伸長への移行の制御機構解析 (2018)
  • Author(s): 平山 翼, 福岡 瑞希, 田中 亜紀, 廣瀬 豊, 大熊 芳明
  • Organizer: 日本薬学会第138年会
• [Presentation] 基本転写因子による転写開始から伸長への移行の制御機構解析 (2017)
  • Author(s): 福岡瑞希、田中亜紀、平山翼、廣瀬豊、大熊芳明
  • Organizer: RNAミーティング2017
• [Presentation] 真核生物RNAポリメラーゼIIは転写初期段階に外側と内側からダイナミックな構造と機能の変化を誘起される (2017)
  • Author(s): 大熊 芳明、中村 考秀、加藤 大騎、鈴木 吾大、松本 靖彦、田中 亜紀、大矢 禎一、関水 和久
  • Organizer: ConBio2017(第40回日本分子生物学会年会、第90回日本生化学会大会)
• [Presentation] 基本転写因子TFIIEの転写開始から伸長への移行段階における役割の解析 (2017)
  • Author(s): 田中 亜紀、福岡 瑞希、平山 翼、廣瀬 豊、大熊 芳明
  • Organizer: ConBio2017(第40回日本分子生物学会年会、第90回日本生化学会大会)
• [Presentation] TLR9活性化の際のメディエーターキナーゼによる転写制御の解析 (2016)
  • Author(s): 山本誠司，萩原衆子，堀内祥行，奥井文, 吉田徳幸， 井上貴雄, 田中亜紀, 松久明生，廣瀬豊, 大熊芳明.
  • Organizer: 第39回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2016-11-30
• [Presentation] 基本転写因子TFIIEによる転写開始から伸長への移行の制御機構解析 (2016)
  • Author(s): 中村考秀, 田中亜紀, 福岡瑞希,廣瀬豊,大熊芳明.
  • Organizer: 第39回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2016-11-30
• [Presentation] Dynamic Switch Mechanism of RNA polymerase II by General Transcription Factor TFIIE from Transcription Initiation to the Transition Step from Intiation to Elongation. (2016)
  • Author(s): Ohkuma Y, Nakamura T, Akimoto Y, Fukuoka M, Hirose Y, Tanaka A
  • Organizer: The 39th Annual Meeting of the Molecular Biology Scociety of Japan
  • Place of Presentation: Yokohama
  • Year and Date: 2016-11-30
• [Presentation] 転写メディエーター複合体と神経細胞分化の関係 (2016)
  • Author(s): 林裕人, 田中亜紀, 廣瀬豊, 大熊芳明.
  • Organizer: 第89回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 仙台
  • Year and Date: 2016-09-25
• [Presentation] Functional analysis of archaeal DNA-binding protein Sso7d (2016)
  • Author(s): Nakamura T, Nomura N, Mitsumizu H, Hirose Y, Tanaka A, Ohkuma Y.
  • Organizer: The First International Symposium on Toyama-Asia-Africa Pharmaceutical Network
  • Place of Presentation: Toyama
  • Year and Date: 2016-09-12
• [Presentation] CpGオリゴ核酸によるTLR9を介した転写制御機構の解析 (2015)
  • Author(s): 山本誠司，萩原衆子，堀内祥行，奥井文，和仁翔太郎, 吉田徳幸， 井上貴雄, 田中亜紀, 松久明生，廣瀬豊, 大熊芳明
  • Organizer: BMB2015 第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-12-01
• [Presentation] 基本転写因子TFIIBとTFIIEによる転写開始の制御機構 (2015)
  • Author(s): 中村考秀、田中亜紀、秋元勇亮、郭丹恵、大熊芳明
  • Organizer: BMB2015 第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-12-01
• [Presentation] 基本転写因子TFIIEα winged helix領域の機能解析 (2015)
  • Author(s): 田中亜紀、福岡瑞希、小林聡子、大熊芳明
  • Organizer: BMB2015 第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-12-01
• [Presentation] ヒトメディエーター複合体hMED17サブユニットによる転写制御とDNA損傷修復機能の解明 (2015)
  • Author(s): 菊地祐子, 西谷紗織, 梅村啓靖, 田中亜紀, 廣瀬豊, 菅澤薫, 大熊芳明
  • Organizer: BMB2015 第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-12-01
• [Presentation] 転写コファクターPC4と基本転写因子TFIIEのβサブユニットとの協調的な働き (2015)
  • Author(s): 秋元勇亮, 山本誠司, 飯田智, 田中亜紀, 廣瀬豊, 大熊芳明
  • Organizer: BMB2015 第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-12-01
• [Presentation] 基本転写因子TFIIEによる転写開始から伸長への移行の制御機構解析 (2015)
  • Author(s): 中村考秀, 田中亜紀, 廣瀬豊,大熊芳明
  • Organizer: 日本薬学会北陸支部第127回例会
  • Place of Presentation: 富山
  • Year and Date: 2015-11-15
• [Presentation] メディエーター複合体と転写因子BRD4との機能的関連性の検討 (2015)
  • Author(s): 林裕人、田中亜紀、廣瀬豊、田渕明子、大熊芳明.
  • Organizer: 第33回日本生化学会北陸支部例会
  • Place of Presentation: 富山
  • Year and Date: 2015-05-23
• [Presentation] 基本転写因子TFIIEによる転写開始と伸長の制御機構の解析 (2015)
  • Author(s): 郭丹慧、保田幸子、廣瀬豊、田中亜紀、今中常雄、大熊芳明.
  • Organizer: 第33回日本生化学会北陸支部例会
  • Place of Presentation: 富山
  • Year and Date: 2015-05-23