Crosstalk between RNA silencing and antiviral response in mammalian cells

• Project/Area Number: 15K19124
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Immunology
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: Takahashi Tomoko 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (00738792)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2017-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2016)
• Budget Amount: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000); Fiscal Year 2016: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000); Fiscal Year 2015: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
• Keywords: RNAサイレンシング / 抗ウイルス反応 / 抗ウイルス応答

Outline of Final Research Achievements

The siRNAs and miRNAs are small non-coding RNAs that mediate mRNA cleavage, degradation, and/or translational repression by a mechanism known as RNA silencing. RNA viruses infected into human cells are recognized by virus sensor proteins to activate interferon expression as an antiviral defense system. Here, we revealed that RNA silencing and antiviral defense system are mutually regulated by their components.

Research Products

• [Journal Article] Control of the localization and function of a miRNA silencing component TNRC6A by Argonaute protein. (2015)
  • Author(s): Nishi K, Takahashi T, Suzawa M, Miyakawa T, Nagasawa T, Ming Y, Tanokura M, Ui-Tei K.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. Volume: 43 Pages: 9856-9873
  • DOI: 10.1093/nar/gkv1026
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The siRNA Non-Seed Region and its Target Sequences are Auxiliary Determinants of Off-Target Effects. (2015)
  • Author(s): Kamola PJ, Nakano Y, Takahashi T, Wilson PA, Ui-Tei K.
  • Journal Title: PLoS Comput. Biol. Volume: 11 Issue: 12 Pages: e1004656-e1004656
  • DOI: 10.1371/journal.pcbi.1004656
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Presentation] TRBPと相互作用するmiRNAの網羅的解析 (2017)
  • Author(s): 中野悠子、高橋朋子、村上文則、程久美子
  • Organizer: 生物科学専攻リトリート2017
  • Place of Presentation: 水上温泉『松ノ井』（群馬県・利根郡 ）
  • Year and Date: 2017-03-06
• [Presentation] Identification of interacting RNAs with an RNA silencing enhancer TRBP. (2017)
  • Author(s): Yuko Nakano, Tomoko Takahashi, Fuminori Murakami, Kumiko Ui-Tei
  • Organizer: 新学術領域研究「先進ゲノム支援」国際シンポジウム"The Start of New Genomics"
  • Place of Presentation: 東京大学伊藤学術研究センター（東京都・文京区）
  • Year and Date: 2017-01-10
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] ヒト細胞における、RNAサイレンシングと抗ウイルス反応のクロストーク (2016)
  • Author(s): 高橋朋子、中野悠子、尾野本浩司、小森千晶、米山光俊、程久美子
  • Organizer: 第39回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県・横浜市）
  • Year and Date: 2016-11-30
• [Presentation] 二本鎖RNA結合タンパク質TRBPとHIV-1 TAR RNAの相互作用にDicerが与える影響 (2016)
  • Author(s): 小森千晶、高橋朋子、程久美子
  • Organizer: 第39回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県・横浜市）
  • Year and Date: 2016-11-30
• [Presentation] 二本鎖RNA結合タンパク質TRBPと相互作用するRNAの網羅的解析によるTRBPの新規機能の解明 (2016)
  • Author(s): 中野悠子、高橋朋子、村上文則、程久美子
  • Organizer: 第39回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県・横浜市）
  • Year and Date: 2016-11-30
• [Presentation] Mutual regulation between RNA silencing and anti-virus defense system. (2016)
  • Author(s): Tomoko Takahashi, Yuko Nakano, Koji Onomoto, Chiaki Komori, Mitsutoshi Yoneyama, Kumiko Ui-Tei
  • Organizer: Cell Symposium, Functional RNAs
  • Place of Presentation: Langham Place Hotel, Guangzhou, China
  • Year and Date: 2016-11-06
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Global analysis of interacting and/or regulating RNAs of a double-stranded RNA binding protein,TRBP, and its associated proteins to define the not-well-determined function. (2016)
  • Author(s): Yuko Nakano, Tomoko Takahashi, Fuminori Murakami, Kumiko Ui-Tei
  • Organizer: Cell Symposium, Functional RNAs
  • Place of Presentation: Langham Place Hotel, Guangzhou, China
  • Year and Date: 2016-11-06
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Thermodynamic regulation of the efficiency of RNA silencing and its evolutionary perspective. (2016)
  • Author(s): Kumiko Ui-Tei, Piotr J. Kamola, Naoki Hibio, Tomoko Takahashi, Yuko Nakano
  • Organizer: Cell Symposium, Functional RNAs
  • Place of Presentation: Langham Place Hotel, Guangzhou, China
  • Year and Date: 2016-11-06
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Nuclear transport of TNRC6A protein is regulated by the amount of Argonaute protein in the cytoplasm (2015)
  • Author(s): Yvelt Ming, Kenji Nishi, Tomoko Takahashi, Masataka Suzawa, Kumiko Ui-Tei
  • Organizer: BMB2015
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド（兵庫県・神戸市）
  • Year and Date: 2015-12-02
• [Presentation] アポトーシス誘導によるRNAサイレンシング調節因子TRBPの機能変換 (2015)
  • Author(s): 高橋朋子、宮川拓也、善野修平、田之倉優、程久美子
  • Organizer: BMB2015
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド（兵庫県・神戸市）
  • Year and Date: 2015-12-01
• [Presentation] RNAサイレンシングと抗ウイルス応答のクロストーク機構の解析 (2015)
  • Author(s): 中野悠子、高橋朋子、尾野本浩司、米山光俊、程久美子
  • Organizer: BMB2015
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド（兵庫県・神戸市）
  • Year and Date: 2015-12-01
• [Presentation] 二本鎖RNA結合タンパク質TRBPとHIV-1 TAR RNAおよびmicroRNAとの相互作用 (2015)
  • Author(s): 小森千晶、高橋朋子、村上文則、程久美子
  • Organizer: BMB2015
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド（兵庫県・神戸市）
  • Year and Date: 2015-12-01
• [Presentation] RNAサイレンシングに関わる二本鎖RNA結合タンパク質TRBPが結合するmicroRNAの網羅的解析 (2015)
  • Author(s): 村上 文則、高橋 朋子、程 久美子
  • Organizer: 新学術領域研究「ゲノム支援」 2015年度拡大班会議 （2015.8.27）
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館アネックスホール（京都府・京都市）
  • Year and Date: 2015-08-27
• [Presentation] RNAサイレンシング機構における二本鎖RNA結合タンパク質の機能解析 (2015)
  • Author(s): 中野悠子、高橋朋子、程久美子
  • Organizer: 第15回東京大学生命科学シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京大学武田先端知ビル（東京都・文京区）
  • Year and Date: 2015-06-27
• [Presentation] Establishment of a target gene-specific and off-target effect-reduced RNAi system using chemical modifications affecting thermodynamics. (2015)
  • Author(s): Kumiko Ui-Tei, Hanna Iribe, Jastina Leo, Tomoko Takahashi
  • Organizer: 新学術領域研究「天然物ケミカルバイオロジー：分子標的と活性制御」 第８回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 東北大学片平さくらホール（宮城県・仙台市）
  • Year and Date: 2015-06-08
• [Book] 第１章４節 siRNAの利点と技術開発・安全性評価 「次世代を担う、核酸医薬、免疫療法、遺伝子治療、細胞医薬品の課題と各疾患治療への横断的展開」 (2017)
  • Author(s): 中野悠子、高橋朋子、程久美子
  • Publisher: 技術情報協会
• [Book] 第14章核酸医薬とsmall RNA, DOJIN BIOSCIENCEシリーズ「非コードRNA」 (2016)
  • Author(s): 高橋朋子、程久美子
  • Total Pages: 354
  • Publisher: 化学同人
• [Book] "核酸医薬の創製と応用展開" ノンコーディングRNAの生体機能と医薬応用の現状. 13-20. (2015)
  • Author(s): 程久美子、高橋朋子
  • Total Pages: 8
  • Publisher: シーエムシー出版
• [Remarks] 東京大学理学系研究科生物科学専攻 程研究室ホームページ
  • URL: http://ui-tei.rnai.jp/
• [Remarks]
  • URL: http://ui-tei.rnai.jp/