Development of functional artificial biomolecules to control transition state

• Project/Area Number: 15KT0071
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 特設分野
• Research Field: Transition State Control
• Research Institution: University of Yamanashi (2016-2018); National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (2015)
• Principal Investigator: KAWAKAMI Takashi 山梨大学, 大学院総合研究部, 助教 (60638881)
• Project Period (FY): 2015-07-10 – 2019-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2018)
• Budget Amount: ¥18,070,000 (Direct Cost: ¥13,900,000、Indirect Cost: ¥4,170,000); Fiscal Year 2017: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000); Fiscal Year 2016: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000); Fiscal Year 2015: ¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
• Keywords: 遷移状態 / PUREシステム / cDNAディスプレイ / in vitro virus / mRNAディスプレイ / 生体直交性反応 / Cu-free click chemistry / DIVERSEシステム / 分子進化 / 抗体 / 遺伝暗号の拡張 / タンパク質工学 / 抗体触媒 / 抗体酵素 / アブザイム / catmab / ペプチドタグ / タンパク質ラベリング / バイオイメージング / 蛍光イメージング / 蛍光プローブ

Outline of Final Research Achievements

We successfully developed a novel system (DIVERSE system, Directed In Vitro Evolution of Reactive peptide-tags via Sequential Enrichment) to create polypeptide tags for protein labeling achieved by cell-free evolution-based ultra high-throughput screening of highly diverse (>10^13) polypeptide tag libraries.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究の成果は、ポリペプチドタグと低分子の反応などの生体分子関連化学反応を始めとする様々な化学反応の創製や遷移状態制御の機構解明という学術的意義を有している。また、疾患原因タンパク質（疾患原因遺伝子）の機能を阻害することに発展応用していくことも可能であり、疾病の治療を始めとする医療応用を通して人類の福祉・健康に貢献していくという社会的意義も有している。

Research Products

• [Journal Article] Development of Novel PCSK9-Binding Cyclic Peptides for Hyperlipidemia Treatment (2018)
  • Author(s): Mizuki Yamamoto, Takehiro Ando, Rina Iwamoto, Keita Tsukamoto, Takashi Kawakami
  • Journal Title: Peptide Science Volume: 55 Pages: 105-105
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Ultra-high-throughput Screening of Cyclic N-alkyl Peptides Useful for Maintaining Pluripotency and Growth of Induced Pluripotent Stem Cells (2018)
  • Author(s): Yu Shimizu, Masashi Sato, Yoshitsugu Onuki, Takashi Kawakami, Hiroshi Kurosawa
  • Journal Title: Peptide Science Volume: 55 Pages: 106-106
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Peptide Selection against Reactive Small Molecular Probes for Protein Imaging and Opto-genetics by Using the DIVERSE Screening System (2017)
  • Author(s): Mizuki Yamamoto, Hiroki Suzuki, Tomohiro Iwabuchi, Yu Shimizu, Takashi Kawakami
  • Journal Title: Peptide Science Volume: 印刷中
• [Journal Article] Directed Evolution of a Cyclized Peptoid-Peptide Chimera against a Cell-Free Expressed Protein and Proteomic Profiling of the Interacting Proteins to Create a Protein-Protein Interaction Inhibitor (2016)
  • Author(s): Takashi Kawakami, Koji Ogawa, Tomohisa Hatta, Naoki Goshima, and Tohru Natsume
  • Journal Title: ACS Chemical Biology Volume: 11 Issue: 6 Pages: 1569-77
  • DOI: 10.1021/acschembio.5b01014
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] De Novo Creation of Non-enzymatically Covalent-labeling Peptide Tags for Protein Imaging by Using the DIVERSE System (2016)
  • Author(s): Miya Kurata, Naoko Yanada, Koichiro Ikai, Daiki Sakamoto, Takashi Kawakami
  • Journal Title: Peptide Science Volume: 53 Pages: 227-228
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Site-specific Labeling of Peptide-tagged Proteins with Nano-sized Fluorescent Probes in Living Cells for Single-molecule Imaging (2016)
  • Author(s): Naoko Yanada, Miya Kurata, Daiki Sakamoto, Koichiro Ikai, Takashi Kawakami
  • Journal Title: Peptide Science Volume: 53 Pages: 207-208
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] DIVERSE System: De Novo Creation of Peptide Tags for Non-enzymatic Covalent Labeling by In Vitro Evolution for Protein Imaging Inside Living Cells (2015)
  • Author(s): Takashi Kawakami, Koji Ogawa, Naoki Goshima, and Tohru Natsume
  • Journal Title: Chemistry & Biology Volume: 22 Issue: 12 Pages: 1671-1679
  • DOI: 10.1016/j.chembiol.2015.10.016
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] In vitro display evolution of cyclized peptidomimetics targeted to a chemically synthesized amyloid beta protein dimer (2015)
  • Author(s): Takashi Kawakami, Kazuma Murakami, Daiki Sakamoto, Mizuho Hanaki, Tohru Natsume, and Kazuhiro Irie
  • Journal Title: Peptide Science Volume: 52 Pages: 323-324
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Post-translational modification mapping of collagen that binds to HSP47 by directed ligand evolution and DNLC mass spectrometry (2015)
  • Author(s): Takashi Kawakami, Shinya Ito, Naoki Goshima, Kazuhiro Nagata, and Tohru Natsume
  • Journal Title: Peptide Science Volume: 52 Pages: 321-322
  • Peer Reviewed
• [Presentation] ケミカルバイオロジーを基盤とする機能性ペプチドの創製 (2018)
  • Author(s): 川上隆史
  • Organizer: Kofu Stem Cell Conference, KSCC 2018
  • Invited
• [Presentation] Development of Novel PCSK9-Binding Cyclic Peptides for Hyperlipidemia Treatment (2018)
  • Author(s): Mizuki Yamamoto, Takehiro Ando, Rina Iwamoto, Keita Tsukamoto, and Takashi Kawakami
  • Organizer: 10th International Peptide Symposium
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Ultra-high-throughput Screening of Cyclic N-alkyl Peptides Useful for Maintaining Pluripotency and Growth of Induced Pluripotent Stem Cells (2018)
  • Author(s): Yu Shimizu, Masashi Sato, Yoshitsugu Onuki, Takashi Kawakami, Hiroshi Kurosawa
  • Organizer: 10th International Peptide Symposium
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 新規小分子結合ペプチドタグの開発とバイオイメージングへの応用 (2018)
  • Author(s): 山本美月、鈴木宏輝、岩渕智宏、清水優、川上隆史
  • Organizer: 日本ケミカルバイオロジー学会第13回年会
• [Presentation] 自己免疫疾患治療薬の開発を目指した新規IL6/IL6R間相互作用阻害剤の探索 (2018)
  • Author(s): 鈴木宏輝、山本美月、岩渕智宏、清水優、川上隆史
  • Organizer: 日本ケミカルバイオロジー学会第13回年会
• [Presentation] 薬剤の血中半減期増加への応用を目指した新規Fc結合ペプチドの開発 (2018)
  • Author(s): 岩渕智宏、山本美月、鈴木宏輝、清水優、川上隆史
  • Organizer: 日本ケミカルバイオロジー学会第13回年会
• [Presentation] Peptide Selection against Reactive Small Molecular Probes for Protein Imaging and Opto-genetics by Using the DIVERSE Screening System (2017)
  • Author(s): 山本美月、鈴木宏輝、岩渕智宏、川上隆史
  • Organizer: 第54回ペプチド討論会
• [Presentation] ChemistryからBiologyへの展開-DIVERSEスクリーニングシステムの開発とバイオイメージングへの応用- (2017)
  • Author(s): 川上隆史
  • Organizer: 日本化学会第97春季年会
  • Place of Presentation: 慶応義塾大学（神奈川県横浜市）
  • Invited
• [Presentation] DIVERSEシステムを用いた蛋白質ラベリング用ペプチドタグ創製とバイオイメージングへの応用 (2017)
  • Author(s): 川上隆史
  • Organizer: 第７回「産と学をつなぐSENRIの会」
  • Place of Presentation: ホテル阪急エキスポパーク（大阪府吹田市）
  • Invited
• [Presentation] 試験管内分子進化法を用いたPPI阻害環状Nアルキルペプチド化合物の創製 (2016)
  • Author(s): 川上隆史
  • Organizer: 新学術領域研究「天然物ケミカルバイオロジー」地区ミニシンポジウム～天然物ケミカルバイオロジーの更なる発展を目指して～
  • Place of Presentation: 京都大学（京都府京都市）
  • Year and Date: 2016-02-23
  • Invited
• [Presentation] De Novo Creation of Non-enzymatically Covalent-labeling Peptide Tags for Protein Imaging by Using the DIVERSE System (2016)
  • Author(s): 倉田みや、簗田奈央子、猪飼航一郎、坂本大樹、川上隆史
  • Organizer: 日本ペプチド学会第53回ペプチド討論会
  • Place of Presentation: 京都テルサ（京都府京都市）
• [Presentation] Site-specific Labeling of Peptide-tagged Proteins with Nano-sized Fluorescent Probes in Living Cells for Single-molecule Imaging (2016)
  • Author(s): 簗田奈央子、倉田みや、坂本大樹、猪飼航一郎、川上隆史
  • Organizer: 日本ペプチド学会第53回ペプチド討論会
  • Place of Presentation: 京都テルサ（京都府京都市）
• [Presentation] Directed evolution of antibody-like peptides for proteomics (2015)
  • Author(s): Takashi Kawakami, Naoki Goshima, and Tohru Natsume
  • Organizer: The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
  • Place of Presentation: Honolulu (USA)
  • Year and Date: 2015-12-15
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 無細胞分子進化法と超高感度質量分析を用いた翻訳後修飾の網羅的解析 (2015)
  • Author(s): 川上隆史、伊藤進也、五島直樹、永田和宏、夏目徹
  • Organizer: 日本ペプチド学会第５２回ペプチド討論会
  • Place of Presentation: 平塚中央公民館（神奈川県平塚市）
  • Year and Date: 2015-11-16
• [Presentation] アミロイドβ二量体を標的とする非天然型環状ペプチドの試験管内分子進化 (2015)
  • Author(s): 川上隆史、村上一馬、阪本大樹、花木瑞穂、夏目徹、入江一浩
  • Organizer: 日本ペプチド学会第５２回ペプチド討論会
  • Place of Presentation: 平塚中央公民館（神奈川県平塚市）
  • Year and Date: 2015-11-16
• [Presentation] 進化分子工学と有機合成化学を基盤とするペプチドツール創製システムの構築 (2015)
  • Author(s): 川上隆史
  • Organizer: BioJapan2015 World Business Forum
  • Place of Presentation: パシフィコ横山（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2015-10-15
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Book] ２種類の人工塩基を有するDNAアプタマー (2018)
  • Author(s): 山本美月、川上隆史
  • Publisher: 羊土社
• [Book] 細胞膜透過性ペプチド創製を指向したPUREシステムとmRNAディスプレイ法による大環状Nアルキルペプチドの超高速スクリーニング (2017)
  • Author(s): 山本美月、鈴木宏輝、岩渕智宏、清水優、川上隆史
  • Publisher: 技術情報協会
• [Remarks] 山梨大学 生命環境学部 生命工学科 川上研究室のホームページ
  • URL: https://tkawakami.wixsite.com/kawakami-laboratory
• [Remarks] 山梨大学 生命環境学部 生命工学科 川上研究室のホームページ
  • URL: http://www.bt.yamanashi.ac.jp/modules/kenkyu/index.php?content_id=20
• [Remarks]
  • URL: http://www.molprof.jp/~kawakami/
• [Remarks]
  • URL: http://researchmap.jp/takakawa/
• [Patent(Industrial Property Rights)] 任意の標的物質と共有結合可能な（ポリ）ペプチド／タンパク質タグの選択方法及び選択されて得られた（ポリ）ペプチド／タンパク質タグ (2015)
  • Inventor(s): 川上隆史、夏目徹
  • Industrial Property Rights Holder: 川上隆史、夏目徹
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Industrial Property Number: 2015-160191
  • Filing Date: 2015-08-14