| Budget Amount *help |
¥18,200,000 (Direct Cost: ¥14,000,000、Indirect Cost: ¥4,200,000)
Fiscal Year 2017: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000)
Fiscal Year 2016: ¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2015: ¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
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| Outline of Annual Research Achievements |
1. NF-κB転写制御の解明を目的として、昨年に引き続き、遺伝子発現およびChIPシーケンス解析を行った。抗IgM抗体で刺激したマウス初代免疫B細胞を用いて、次世代シーケンスデータを取得し、以下のデータの情報統合解析を進めた。(1) mRNAシーケンス：刺激後６時間までの時系列データ (2) ChIPシーケンス：刺激１時間後のNF-κB(RelA p65)およびヒストンアセチル化（H3K27Ac転写活性化）(3)ATACシーケンス：刺激１時間後のクロマチンの開閉状態
これらの結果から、ヒストン修飾の解析より、抗原刺激によってH3K27Ac修飾が密に生じるDNA領域が決定された。この領域を調べると、クロマチンが開き、NF-κBの結合が有意に高いことが示唆された。また、これらの遺伝子のいくつかは、時系列遺伝子発現により、振動挙動を示すことが明らかになった。これらの解析結果から、抗原刺激の初期段階において、NF-κB結合により、B細胞のDNAの高次構造が大きく変化すること、その際、遺伝子が振動状態を示す何らかの構造が存在することが示唆された。
2. 細胞イメージングにより、NF-κBの動態計測を進めた。現在、細胞およびNF-κBの蛍光ラベル化の改善を図っている。
3. B細胞の実験データを用い、NF-κBシグナル伝達系の連続微分方程式モデルの構築およびシミュレーションを行った。このモデルは論文として発表した（Inoue et al. Oscillation dynamics underlies functional switching of NF-κB for B cell activation. npj Systems Biology & Application 16024, doi:10.1038/npjsba.2016.24, 2016)。
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