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ゲノム上の核マトリックス結合部位の網羅的解析とそのダイナミクス

Research Project

Project/Area Number 16011226
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionMie University

Principal Investigator

奥村 克純  三重大学, 生物資源学部, 教授 (30177183)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 白髭 克彦  東京工業大学, バイオ研究基盤支援総合研究センター, 助教授 (90273854)
Project Period (FY) 2004
Project Status Completed (Fiscal Year 2004)
Budget Amount *help
¥4,200,000 (Direct Cost: ¥4,200,000)
Fiscal Year 2004: ¥4,200,000 (Direct Cost: ¥4,200,000)
Keywords核マトリックス / ゲノムチップ / クロマチン / HSP70 / 分子コーミング / セントロメア / ES細胞 / エピジェネティック
Research Abstract

個別領域の詳細解析と高次クロマチンダイナミクス統合モデル:
種々のストレスによって転写が誘導される熱ショックタンパク質HSP70遺伝子領域について、クロマチンダイナミクスを解析した。HSPAlA, AlB, AlLの三種のコード領域から転写誘導されるHSP70について、ゲノム配列情報から、MAR-wizによりMARポテンシャルを算出し、ポテンシャルの高低に応じたプロープ、プライマーを設計し、RNA/DNA-FISH、マトリックスPCR、抗RNApolymeraseIIo(リン酸化型)抗体等によるChIP解析とリアルタイムPCRによる定量などにより、このゲノム領域について高次クロマチンの構造変換を詳細に検討して、転写のオン・オフと核マトリックス、転写・複製ファクトリー、クロマチンループドメインのダイナミクスについてのモデルを提示した。
クロマチンループの基点となる部位の網羅的解析:
G0とG1期の細胞から核マトリックス画分を調製し、この画分に残されるゲノムDNAをヒト21,22番染色体高密度ゲノムchipにかけて、ゲノム上の核マトリックス結合部位を網羅的に同定する準備を進め、現在核マトリックスの安定な調製法を確立し、ゲノムチップ解析のための条件検討を行い今後の指標とした。
分子コーミング技術の確立:
ゲノム解析に有用な分子コーミング技術を確立し、比較ゲノム解析や、複製起点解析に応用する基盤を築いた。
マウスセントロメア領域ヘテロクロマチンドメインの複製制御:
マウスセントロメア領域のヘテロクロマチン構造、修飾、複製タイミング、複製フォーク進行速度等について解析し、エピジェネティックな制御下にこれらが密接に関係することを示した。また、ES細胞でも複製フォークの進行や複製起点を解析できるシステムを構築した。

Report

(1 results)
  • 2004 Annual Research Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2005 2004

All Journal Article (6 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Regulation of Replication Fork Progression at the R/G Chromosomal Band Boundary and Pericentromeric Heterochromatin in Mammalian Cells2005

    • Author(s)
      Shin-ichiro Takebayashi
    • Journal Title

      Experimental.Cell Research 304巻1号

      Pages: 162-174

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] Zinc transporters, ZnT5 and ZnT7, are required for the activation of alkaline phosphatases, zinc-requiring enzymes that are GPI-anchored to cytoplasmic membrane2005

    • Author(s)
      Tomoyuki Suzuki
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry 280巻1号

      Pages: 637-643

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] Structure and evolution of the mouse pregnancy-specific glycoprotein (Psg) gene locus2005

    • Author(s)
      Andrew S McLellan
    • Journal Title

      BMC Genomics 6巻4号(印刷中)

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] 核内クロマチン構造と複製・転写のダイナミクス2005

    • Author(s)
      奥村克純
    • Journal Title

      生化学 77巻3号

      Pages: 191-199

    • NAID

      10015547935

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] A Novel Isoform of Vinexin, Vinexin γ, Regulates Sox9 Gene Expression through Activation of MAPK Cascade in Mouse Fetal Gonad2005

    • Author(s)
      Makoto Matsuyama
    • Journal Title

      Genes to Cells 10巻(印刷中)

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] A 210-kb segment of tandem repeats and retroelements located between imprinted subdomains of mouse distal chromosome 72004

    • Author(s)
      Hisao Shirohzu
    • Journal Title

      DNA Research 11巻5号

      Pages: 325-334

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Book] クロマチン・染色体実験プロトコール2004

    • Author(s)
      押村光雄編
    • Total Pages
      231
    • Publisher
      羊土社
    • Related Report
      2004 Annual Research Report

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Published: 2004-04-01   Modified: 2018-03-28  

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