SAGE解析法によるカイコ絹糸腺細胞のトランスクリプトーム解析

• Project/Area Number: 16011263
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: National Institute of Agrobiological Sciences
• Principal Investigator: 三田 和英 独立行政法人農業生物資源研究所, ゲノム研究グループ, チーム長 (30159165)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 門野 敬子 独立行政法人農業生物資源研究所, 主任研究官 (40355722)
• Project Period (FY): 2004
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2004)
• Budget Amount: ¥5,400,000 (Direct Cost: ¥5,400,000); Fiscal Year 2004: ¥5,400,000 (Direct Cost: ¥5,400,000)
• Keywords: SAGE解析 / SAGEライブラリー / カイコ / トランスクリプトーム / 中部絹糸腺 / 後部絹糸腺 / cDNA / シーケンスtag

Research Abstract

(1)SAGE解析用データベース作成(Reference db):SAGE解析用データベース作成(Reference db):カイコcDNAクローンをpolyA-tail側からシーケンスを決め、SAGE解析用のNlaIIIとBsmFIで切り出される14塩基断片(sequence tag)‘名札'のシーケンスを決め、ESTデータベースとリンクしたデータベースを作成する。このため、近交系p50T系統のカイコの11組織から作成したcDNAライブラリーを解析し、39,000個の5'ESTと38,000個の3'ESTを決め、CAP3プログラムを用いてクラスターリングをし、2,406個のclusterと6,255のsingletonを得た。これらから各cDNAのtagを決め、ホモロジー検索により各cDNAのアノーテーションを行い、データベース化した。
(2)5令3日目の中部(MSG)および後部絹糸腺(PSG)から抽出したmRNAから10塩基の断片を得、これを連結したコンカテマーを作成し、中部および後部絹糸腺SAGEライブラリーを作成した。
(3)SAGEクローンのシーケンスを各SAGEライブラリー当たり3,000-5,000個決め、10ベースのtagシーケンスを決めた。MSGライブラリーから27,442tags、PSGライブラリーから43,894tagsを決めた。
(4)MSGとPSG SAGEライブラリーで得られたtagの頻度と分布を比較することにより、MSGおよびPSG特異的に出現するtagを解析した。25個のMSG特異的cDNAと13個のPSG特異的cDNAを得た。MSG特異的cDNAにはSericin1,2遺伝子の他、Photoreceptor hedrogenase, Retinal binding protein, SR family splicing factor等が同定されたが、大部分は未知遺伝子だった。PSG特異的cDNAにはfibroin H-chain, L-chain, P25遺伝子の他、Protease inhibitor, Arginine kinase等が見い出された。

Research Products

• [Journal Article] Survey and analysis of microsatellites in the silkworm, Bombyx mori : Frequency, Distribution, Mutations, Marker potential and their Conservation in heterologous species. (2005)
  • Author(s): Prasad MD, Muthulakshmi M, Madhu M, Archak S, Mita K, Nagaraju J.
  • Journal Title: Genetics 169 Pages: 197-214
• [Journal Article] A baculovirus-encoded protein tyrosine phosphatase gene induces enhanced locomotory activity in a lepidopteran host. (2005)
  • Author(s): Kamita SG, Nagasaka K, Chua JW, Shimada T, Mita K, Kobayashi M, Maeda S, Hammock BD.
  • Journal Title: Proc.Natl.Acad.Soc.USA 102 Pages: 2584-2589
• [Journal Article] Partial deletions of the W chromosome due to reciprocal translocation in the silkworm Bombyx mori. (2005)
  • Author(s): Abe H., Seki M, Ohbayashi F, Tanaka N, Yamashita J, Fujii T, Yokoyama T, Takahashi M, Banno Y, Sahara K, Yoshida A, Ihara J, Yasukochi Y, Mita K, Ajimura M, Suzuki MG, Oshiki T, Shimada T
  • Journal Title: Insect Molecular Biology (印刷中)
• [Journal Article] Change in the expressed gene patterns of the wing discs during the metamorphosis of Bombyx mori. (2004)
  • Author(s): Kawasaki, H., Ote, M., Okano, K., Shimada, T., Quan, G-X., Mita, K.
  • Journal Title: Gene 343 Pages: 133-143