(DNAプール)PLACE‐SSCP法による自己免疫疾患の病因遺伝子の網羅的探索
| Project/Area Number |
16012247
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
堀内 孝彦 九州大学, 大学病院, 講師 (90219212)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
林 健志 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (00019671)
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| Project Period (FY) |
2004
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2004)
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| Budget Amount *help |
¥6,000,000 (Direct Cost: ¥6,000,000)
Fiscal Year 2004: ¥6,000,000 (Direct Cost: ¥6,000,000)
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| Keywords | 遺伝子解析 / 一塩基多型 / 全身性エリテマトーデス |
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| Research Abstract |
本研究の目的は、我々が開発した新しい解析システム(DNAプール)PLACE-SSCP法を用いて、自己免疫疾患の病因遺伝子を明らかにすることにより、病態解明を行い、最終的にはその知見を疾患特異的な治療法開発、難治病態の効果的な制御へと応用することにある。(DNAプール)PLACE-SSCP法は、数百人規模の検体について、一気に、迅速かつ正確なアレル頻度の解析が可能であり、多数の疾患候補遺伝子について、網羅的な疾患関連解析を行う本研究の目的に適している。
合計61個の遺伝子についてその全エクソン領域ならびにプロモーター領域について、プライマーの設定を行った。SLE患者11名、健常人1名についてPLACE-SSCP法、塩基配列決定を行ってSNP同定を進めた。なお61遺伝子のうち8遺伝子は、SSCPパターンなどから、SNPの同定、解析が困難であった。残りの53遺伝子について1056STSを作成し、その解析をすべて終了した。これらの遺伝子の全エクソン、プロモーター領域の中に合計314のポリモルフィズムを同定した。ほとんどが、SNPであったが、うち15はins/delであった。エクソンの解析に際しては、隣接するイントロン部にプライマーを設定しているため、一部イントロンも解析している。53遺伝子に同定したSNP(ごく一部ins/delを含む)は、プロモーター領域に103個、5'UTRに19個、翻訳領域に72個、3'UTRに54個、イントロンに66個で合計314個であった。このうちの約半数が、dbSNPに登録のない新規のSNPであった。SLE患者264名(女性95%)、対照269名(女性100%)について、それぞれDNAをプールしてPLACE-SSCP法で解析し、314SNPすべてのアレル頻度を決定して、疾患との関連を検討した。いくつかのSNPについて有意な疾患との関連を見い出した。
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Report
(1 results)
Research Products
(5 results)
