| Project/Area Number |
16014219
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Kyushu Institute of Technology |
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Principal Investigator |
皿井 明倫 九州工業大学, 情報工学部, 教授 (20221286)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大橋 健 九州工業大学, 情報工学部, 助教授 (00233239)
AHMAD Shandar アドバンストテクノロジーインスティテュート, 研究開発部, 研究員
GROMIHA Michael 産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, 研究員 (10357973)
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| Project Period (FY) |
2004
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2004)
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| Budget Amount *help |
¥5,100,000 (Direct Cost: ¥5,100,000)
Fiscal Year 2004: ¥5,100,000 (Direct Cost: ¥5,100,000)
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| Keywords | データベース / 生体分子 / 統合化 / 付加価値化 / バイオインフォマティクス |
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| Research Abstract |
分子のレベルでのさまざまな情報を集約した統合データベース、および、そこから知識を抽出するための技術を開発した。今年度は以下のような成果を得た。
1.病気と関連するアミノ酸変異情報などを文献やデータベースから収集し、配列・構造情報と統合した。また、変異と蛋白質の構造、安定性、酵素活性や相互作用との関係を解析した。
2.蛋白質の熱力学データの収集を行い、熱力学データベース、ProTherm、に登録した。またデータベースの検索機能などの強化を行った。さらに、蛋白質の熱力学データと構造データとの統合をすすめた。
3.蛋白質と核酸の相互作用の定量的実験データを収集し、データベース、ProNIT、に登録した。また、このデータを用いて相互作用の熱力学と構造との関係を解析した。
4.文献からのデータの収集を効率化するため、人工知能、自然言語処理、オントロジーなど研究を行った。
5.データから知識を抽出するための次のような開発を行った。(1)疾病と関連するアミノ酸変異などが蛋白質の安定性や蛋白質・DNA相互作用に与える影響を予測するため、これらの相関関係を解析した。(2)蛋白質・DNA複合体構造や相互作用情報を利用して転写因子やそのターゲット遺伝子をゲノムスケールで予測する方法の開発を行った。(3)蛋白質・リガンド相互作用データを統計的に解析し、構造記述子から結合活性を予測する方法の開発をすすめた。
6.これまでに開発されたデータベースと解析ツールを組み合わせた統合解析システムを構築するための準備をすすめた。これまでに開発が終わったツールについてはインターネットで公開した。
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