• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

フォールディング開始直後のタンパク質立体構造の解明

Research Project

Project/Area Number 16041215
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionUniversity of Toyama (2005)
Toyama Medical and Pharmaceutical University (2004)

Principal Investigator

水口 峰之  富山大学, 薬学部, 助教授 (30332662)

Project Period (FY) 2004 – 2005
Project Status Completed (Fiscal Year 2005)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥6,500,000)
Fiscal Year 2005: ¥3,400,000 (Direct Cost: ¥3,400,000)
Fiscal Year 2004: ¥3,100,000 (Direct Cost: ¥3,100,000)
Keywordsタンパク質フォールディング / フォールディング中間体 / 中間体構造 / NMR / プロリンスキャン / 疎水性コア / 運動性 / 蛋白質 / フォールディング / 変性中間体 / 安定同位体標識 / 変性蛋白質 / 限定分解
Research Abstract

水中におけるタンパク質フォールディングを理解するためには、天然構造のみならず、タンパク質の変性状態や中間状態について調べることが重要である。本研究では、超好熱菌Pyrococcus furiosusl由来Pyrrolidone carboxy peptidase (PCP)のCysフリー変異体(Cys142/188SerPCP, PCP-0SH)についてフォールディング開始直後に形成される中間体構造について研究した。本年度は以下の研究成果を得た。
1.PCP-0SHの中間体構造のプロリンスキャニング
AヘリックスからFヘリックスまで、天然構造でヘリックス内に位置するアミノ酸残基をプロリンに変異させたPro変異体を15種類作製し、Pro変異による中間体の二次構造含量の変化をCDスペクトルで測定した。その結果、A,B,C,D,Fヘリックスの位置で二次構造が存在していること、さらに、EヘリックスのC末端側では二次構造が形成されていないこともわかった。また、ルーズにパッキングした疎水性コアの形成と二次構造の関係について研究した。中間体構造における疎水性コアの形成には、DヘリックスとFヘリックスの形成が特に重要であることがわかった。
2.PCP-0SH中間体構造のNMR解析
17種類のアミノ酸選択的ラベルと^2H/^<13>C/^<15>Nラベル体の3次元NMRスペクトルを組み合わせることで、中間体のNMRシグナルの帰属に成功した。解析の結果、PCP-0SHの中間体構造において、C末端半分はミリ秒〜マイクロ秒の時間スケールで運動していることが示された。また、^1H-^<15>N異種核NOE測定から、中間体構造のN末端半分はピコ秒〜ナノ秒の時間スケールでの運動性が高く、特にN末端6残基とHis66-Ser74で激しく運動していることがわかった。これらの研究結果は、PCP-0SHの中間体構造はN末端半分とC末端半分で運動性が大きく異なることを示している。

Report

(2 results)
  • 2005 Annual Research Report
  • 2004 Annual Research Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2005 2004

All Journal Article (10 results)

  • [Journal Article] Structure of the central hub of bacteriophage Mu baseplate determined by X-ray crystallography of gp44.2005

    • Author(s)
      Kondou, Y., et al.
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology 352・4

      Pages: 976-985

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Disassembling and bleaching of chloride-free pharaonis halorhodopsin by octyl-beta-glucoside.2005

    • Author(s)
      Kubo, M., et al.
    • Journal Title

      Biochemistry 44・39

      Pages: 12923-12931

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Effects of the stabilization of the molten globule state on the folding mechanism of α-lactalbumin : a study of a chimera of bovine and human α-lactalbumin.2005

    • Author(s)
      Mizuguchi, M., et al.
    • Journal Title

      PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics 61・2

      Pages: 356-365

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Solution structure of MAP-LC3 and identification of its functional subdomains.2005

    • Author(s)
      Kouno, T., et al.
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry 280・26

      Pages: 24610-24617

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray analysis of gene product 44 from bacteriophage Mu.2005

    • Author(s)
      Kondou, Y., et al.
    • Journal Title

      Acta Crystallographica F61

      Pages: 104-105

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Ab initio computations for the ring-opening potential of propylene oxide : roles of a protein and a water molecule.2005

    • Author(s)
      Shinoda, H., et al.
    • Journal Title

      Internet Electronic Journal of Molecular Design 4・10

      Pages: 698-710

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Dimeric transthyretin variant assembles into spherical neurotoxins.2005

    • Author(s)
      Matsubara, K. et al.
    • Journal Title

      Biochemistry 44・9

      Pages: 3280-3288

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] Peptide mimics of epidermal growth factor (EGF) with antagonistic activity2005

    • Author(s)
      Nakamura, T. et al.
    • Journal Title

      Journal of Biotechnology 116・3

      Pages: 211-219

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] The Gly-Gly linker region of the insect cytokine growth blocking peptide (GBP) is essential for activity2004

    • Author(s)
      Yoshida, M. et al.
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry 279・49

      Pages: 51331-51337

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] Letter to the Editor : ^1H, ^<13>C and ^<15>N resonance assignments of human microtubule-associated protein light chain-3.2004

    • Author(s)
      Kouno, T. et al.
    • Journal Title

      Journal of Biomolecular NMR 29・3

      Pages: 415-416

    • Related Report
      2004 Annual Research Report

URL: 

Published: 2004-04-01   Modified: 2018-03-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi