Development of simulation methods for biological supramolecular structure and function analyses

• Project/Area Number: 16087202
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: KITAO Akio The University of Tokyo, 分子細胞生物学研究所, 准教授 (30252422)
• Project Period (FY): 2004 – 2009
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2009)
• Budget Amount: ¥81,100,000 (Direct Cost: ¥81,100,000); Fiscal Year 2009: ¥12,300,000 (Direct Cost: ¥12,300,000); Fiscal Year 2008: ¥9,600,000 (Direct Cost: ¥9,600,000); Fiscal Year 2007: ¥16,400,000 (Direct Cost: ¥16,400,000); Fiscal Year 2006: ¥16,400,000 (Direct Cost: ¥16,400,000); Fiscal Year 2005: ¥17,600,000 (Direct Cost: ¥17,600,000); Fiscal Year 2004: ¥8,800,000 (Direct Cost: ¥8,800,000)
• Keywords: シミュレーション / ナノバイオ / 分子機械 / 生体超分子 / 生物物理

Research Abstract

We have developed the methods and simulation systems in which functional process of biological supramolecules is observed in silico in high resolution by using molecular simulations. We have also developed the methods to construct the structure and refine it to be energetically more stable one. In addition, we have designed the simulation methods to investigate functional mechanism more efficiently.

Research Products

• [Journal Article] The Effect of End Constraints on Protein Loop Conformations (2010)
  • Author(s): Steven Hayward, Akio Kitao
  • Journal Title: Biophys. J. 98 Pages: 1976-1985
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structure of the cytoplasmic domain of FlhA and implication for flagellar type III protein export (2010)
  • Author(s): Yumiko Saijo-Hamamoto, Katsumi Imada, Tohru Minamino, May Kihara, Masafumi Shimada, Akio Kitao, Keiichi Namba
  • Journal Title: Mol. Microbiol 76(1) Pages: 260-268
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mechanical unfolding of bacterial flagellar filament protein by molecular dynamics simulation (2010)
  • Author(s): Choon-Peng Chng, Akio Kitao
  • Journal Title: J. Mol. Graph. Model 28 Pages: 548-554
• [Journal Article] Mechanical unfolding of bacterial flagellar filament protein by molecular dynamics simulation (2010)
  • Author(s): Choon-Peng Chng
  • Journal Title: J.Mol.Graph.Model. 28 Pages: 548-554
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structure of the cytoplasmic domain of FlhA and implication for flagellar type III protein export (2010)
  • Author(s): Yumiko Saijyo-Hamano
  • Journal Title: Molecular Microbiology 76 Pages: 260-268
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Collective Dynamics of Periplasmic Glutamine Binding Protein upon Domain Closure (2009)
  • Author(s): Hannes H. Loeffler, Akio Kitao
  • Journal Title: Biophys. J 97 Pages: 2541-2549
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Multiple Markov transition matrix method: Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations (2009)
  • Author(s): Shun Sakuraba, Akio Kitao
  • Journal Title: J. Comp. Chem 30 Pages: 1850-1858
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] DTA: Dihedral transition analysis for characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins (2009)
  • Author(s): Wataru Nishima, Guoying Qi, Steven Hayward, Akio Kitao
  • Journal Title: Bioinformatics 25(5) Pages: 628-635
• [Journal Article] Principal Component Analysis of Native Ensembles of Biomolecular Structures (PCA_NEST): Insights into Functional Dynamics (2009)
  • Author(s): Lee-Wei Yang, Eran Eyal, Ivet Bahar, Akio Kitao
  • Journal Title: Bioinformatics 25(5) Pages: 606-614
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Multiple Markov transition matrix method : Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations (2009)
  • Author(s): Shun Sakuraba
  • Journal Title: J.Comp.Chem. 30 Pages: 1850-1858
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Collective Dynamics of Periplasmic Glutamine Binding Protein upon Domain Closure (2009)
  • Author(s): Hannes H.Loeffler
  • Journal Title: Biophys J. 97 Pages: 2541-2549
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Principal Component Analysis of Native Ensembles of Biomolecular Structures (PCA NEST) : Insights into Functional Dynamics (2009)
  • Author(s): Yang, Lee-Wei
  • Journal Title: Bioinformatics 25 Pages: 606-614
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] DTA : Dihedral transition analysis for characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins (2009)
  • Author(s): Nishima, Wataru
  • Journal Title: Bioinformatics 25 Pages: 628-635
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Multiple Markov transition matrix method : Obtaining the stationary probability distribution from multinle simulations (2009)
  • Author(s): Sakuraba, Shun
  • Journal Title: J. Comp. Chem. (published on line)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration affects both harmonic and anharmonic nature of protein dynamics (2008)
  • Author(s): Hiroshi Nakagawa, Yasumasa Joti, Akio Kitao, Mikio Kataoka
  • Journal Title: Biophys. J 95 Pages: 2916-2923
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 【総説】細菌べん毛繊維は分子間相互作用とフラストレーションを利用して超らせん構造の変化を制御する (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗, 今田勝巳, 難波啓一
  • Journal Title: 生物物理 40(1) Pages: 11-17
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra (2008)
  • Author(s): Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, Akio Kitao
  • Journal Title: Biophys. J 94 Pages: 4435-4443
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Thermal Unfolding Simulations of Bacterial Flagellin: Insight into its Refolding before Assembly (2008)
  • Author(s): Choon-Peng Chng, Akio Kitao
  • Journal Title: Biophys. J 94 Pages: 3858-3871
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration-Dependent Protein Dynamics Revealed by Molecular Dynamics Simulation of Crystalline Staphylococcal Nuclease (2008)
  • Author(s): Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, Akio Kitao
  • Journal Title: J. Phys. Chem. B 112 Pages: 3522-3528
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration-Dependent Protein Dynamics Revealed by Molecular Dynamics Simulation of Crystalline Staphylococcal Nuclease (2008)
  • Author(s): Joti, Yasumasa
  • Journal Title: Phys. Chem. B 112 Pages: 3522-3528
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Thermal Unfolding Simulations of Bacterial Flagellin : Insight into its Refolding before Assembly (2008)
  • Author(s): Chng, Choon-Peng
  • Journal Title: Biophys, J. 94 Pages: 3858-3861
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra (2008)
  • Author(s): Joti, Yasumasa
  • Journal Title: Biophys. J. 94 Pages: 4435-4443
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration affects both harmonic and anharmonic nature of protein dynamics (2008)
  • Author(s): Nakagawa, Hiroshi
  • Journal Title: Biophys. J. 95 Pages: 2916-2923
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration-Dependent Protein Dynamics Revealed by Molecular Dynamics Simulation of Crystalline Staphylococcal Nuclease (2008)
  • Author(s): Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, and Akio Kitao
  • Journal Title: J. Phys. Chem. B Vol.112 Pages: 3522-3528
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Thermal Unfolding Simulations of Bacterial Flagellin: Insight into its Refolding before Assembly (2008)
  • Author(s): Choon-Peng Chng and Akio Kitao
  • Journal Title: Biophys. J. (In press)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra (2008)
  • Author(s): Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, and Akio Kitao
  • Journal Title: Biophys. J. (In press)
• [Journal Article] 【総説】細菌べん毛繊維は分子間相互作用とフラストレーションを利用して超らせん構造の変化を制御する (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗, 今田勝巳, 難波啓一
  • Journal Title: 生物物理 Vol.40,(1) Pages: 11-17
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Picosecond fluctuating protein energy landscape mapped by pressure-temperaturer molecular dynamics simulation Lars Meinhold. S (2007)
  • Author(s): Lars Meinhold, Jeremy C. Smith, Akio Kitao, Ahmed H. Zewail
  • Journal Title: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 104(44) Pages: 17261-17265
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Effects of Water Model and Simulation Box Size on Protein Diffusional Motions (2007)
  • Author(s): Kazuhiro Takemura, Akio Kitao
  • Journal Title: J. Phys. Chem. B 111 Pages: 11870-11872
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Non-Gaussian behavior of elastic incoherent neutron scattering profiles of proteins studied by molecular dynamics simulation (2007)
  • Author(s): Atsushi Tokuhisa, Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Akio Kitao, Kaoru Shibata, Mikio Kataoka
  • Journal Title: Phys. Rev. E 75 Pages: 41912-41912
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Gap compression/extension mechanism of bacterial flagellar hook as the molecular universal joint (2007)
  • Author(s): Tadaomi Furuta, Hideyuki Matsunami, Katsumi Imada, Keiichi Namba, Akio Kitao
  • Journal Title: Fadel A. Samatey, J. Struct. Biol 157 Pages: 481-491
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Gap compression/extension mechanism of bacterial flagellar hook as the molecular universal joint (2007)
  • Author(s): Tadaomi Furuta, Hideyuki Matsunami, Katsumi Imada, Keiichi Namba, and Akio Kitao
  • Journal Title: Fadel A. Samatey, J. Struct. Biol. Vol.157 Pages: 481-491
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Non-Gaussian behavior of elastic incoherent neutron scattering profiles of proteins studied by molecular dynamics simulation. (2007)
  • Author(s): Atsushi Tokuhisa, Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Akio Kitao, Kaoru Shibata, Mikio Kataoka
  • Journal Title: Phys. Rev. E Vol.75 Pages: 41912-41912
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Effects of Water Model and Simulation Box Size on Protein Diffusional Motions (2007)
  • Author(s): Kazuhiro Takemura and Akio Kitao
  • Journal Title: J. Phys. Chem. B Voll.111 Pages: 11870-11872
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Picosecond fluctuating protein energy landscape mapped by pressure-temperaturer molecular dynamics simulation Lars Meinhold. S (2007)
  • Author(s): Jeremy C. Smith, Akio Kitao and Ahmed H. Zewail
  • Journal Title: Proc. Natl. Acad. Sci. USA Vol.104(44) Pages: 17261-17265
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Gap compression/extension mechanism of bacterial flagellar hook as the molecular universal joint (2007)
  • Author(s): Tadaomi Furuta, Fadel A.Samatey, Hideyuki Matsunami, Katsumi Imada, Keiichi Namba, Akio Kitao
  • Journal Title: Journal of Structural Biology 157 Pages: 481-490
• [Journal Article] 蛋白質の効率的機能を支えるメカニズム (2006)
  • Author(s): 城地保昌, 北尾彰朗
  • Journal Title: 蛋白質核酸酵素 51(8) Pages: 972-978
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 分子シミュレーションと中性子散乱による蛋白質ダイナミクスの研究 (2006)
  • Author(s): 城地保昌, 北尾彰朗
  • Journal Title: 分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 8 Pages: 44-47
• [Journal Article] Molecular Dynamics Simulations of NAD+-induced Domain Closure in Horse Liver Alcohol Dehydrogenase (2006)
  • Author(s): Steven Hayward, Akio Kitao
  • Journal Title: Biophysical Journal 91 Pages: 1823-1831
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration-coupled protein boson peak measured by incoherent neutron scattering (2006)
  • Author(s): Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, Yasumasa Joti, Akio Kitao, Kaoru Shibata, Atsushi Tokuhisa, I. Tsukushi, Nobuhiro Go
  • Journal Title: Physica B 385-6 Pages: 871-873
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Dynamical heterogeneity of protein dynamics studied by elastic incoherent neutron scattering and molecular simulations (2006)
  • Author(s): Hiroshi Nakagawa, Atsushi Tokuhisa,, H. Kamikubo, Yasumasa Joti, Akio Kitao, Kaoru Shibata, Mikio Kataoka
  • Journal Title: Material Science and Engineering A 442 Pages: 356-360
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Switch interactions control energy frustration and multiple flagellar filament structures (2006)
  • Author(s): Akio Kitao, Koji Yonekura, Saori Maki-Yonekura, Fadel A. Samatey, Katsumi Imada, Keiichi Namba, Nobuhiro Go
  • Journal Title: Proc. Natl. Acad. Sci 103 Pages: 4894-4899
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Amplitudes and directions of internal protein motions from a JAM analysis of 15N relaxation data (2006)
  • Author(s): Akio Kitao, Gerhard Wagner
  • Journal Title: Magn. Reson. Chem 44
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Dynamical heterogeneity of protein dynamics studied by elastic incoherent neutron scattering and molecular simulations (2006)
  • Author(s): Hiroshi Nakagawa, Atsushi Tokuhisa, H.Kamikubo, Yasumasa Joti, Akio Kitao, Kaoru Shibata, Mikio Kataoka
  • Journal Title: Material Science and Engineering A 442 Pages: 356-360
• [Journal Article] Hydration-coupled protein boson peak measured by incoherent neutron scattering (2006)
  • Author(s): H.Nakagawa, M.Kataoka, Y.Joti, A.Kitao, K.Shibata, A.Tokuhisa, I.Tsukushi, N.Go
  • Journal Title: Physica B 385-386 Pages: 871-873
• [Journal Article] Amplitudes and directions of internal protein motions from a JAM analysis of 15N relaxation data (2006)
  • Author(s): Akio Kitao, Gerhard Wagner
  • Journal Title: Magnetic Resonance in Chemistry 44
• [Journal Article] 蛋白質の効率的機能を支えるメカニズム (2006)
  • Author(s): 城地保昌, 北尾彰朗
  • Journal Title: 蛋白質核酸酵素 51 (8) Pages: 972-978
• [Journal Article] Amplitudes and directions of internal protein motions from a JAM analysis of ^<15>N relaxation data (2006)
  • Author(s): Akio Kitao, Gerhard Wagner
  • Journal Title: Magnetic Resonance in Chemistry (In prees)
• [Journal Article] Switch interactions control energy frustration and multiple flagellar filament structures (2006)
  • Author(s): Akio Kitao, Koji Yonekura, Saori Maki-Yonekura, Fadel A.Samatey, Katsumi Imada, Keiichi Namba, Nobuhiro Go
  • Journal Title: Proc.Natl.Acad.Sci. 103(13) Pages: 4894-4899
• [Journal Article] べん毛による細菌の泳ぎ方と方向転換の分子機構 (2005)
  • Author(s): 今田勝巳, Fadel A. Samatey, 松波秀行, 長島重広, 北尾彰朗, 米倉功治, 眞木さおり, 難波啓一
  • Journal Title: 蛋白質核酸酵素 50(10) Pages: 1328-1334
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 生体超分子のユニバーサルジョイント-in silicoで探る細菌べん毛フックのメカニズム (2005)
  • Author(s): 北尾彰朗, Fadel A. Samatey, 松波秀行, 今田勝巳, 難波啓一
  • Journal Title: 蛋白質核酸酵素 50(10) Pages: 1335-1340
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Protein Boson Peak Originated from Hydration-Related Multiple Minima Energy Landscape (2005)
  • Author(s): asumasa Joti, Akio Kitao, Nobuhiro Go
  • Journal Title: J. Am. Chem. Soc 127 Pages: 8705-8709
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 生体超分子のユニバーサルジョイント-in silicoで探る細菌べん毛フックのメカニズム (2005)
  • Author(s): 北尾彰朗, Fadel A.Samatey, 松波秀行, 今田勝巳, 難波啓一
  • Journal Title: 蛋白質核酸酵素 50(10) Pages: 1335-1340
• [Journal Article] べん毛による細菌の泳ぎ方と方向転換の分子機構 (2005)
  • Author(s): 今田勝巳, Fadel A.Samatey, 松波秀行, 長島重広, 北尾彰朗, 米倉功治, 眞木さおり, 難波啓一
  • Journal Title: 蛋白質核酸酵素 50(10) Pages: 1328-1334
• [Journal Article] Protein Boson Peak Originated from Hydration-Related Multiple Minima Energy Landscape (2005)
  • Author(s): Yasumasa Joti, Akio Kitao, Nobuhiro Go
  • Journal Title: J.Am.Chem.Soc 127 Pages: 8705-8709
• [Journal Article] Slow Protein Dynamics to be detected in Inelastic Neutron Scattering Spectra Studied by Molecular Simulations", Proceedings of 3rd International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems (2004)
  • Author(s): Yasumasa Joti, Akio Kitao, Nobuhiro Go
  • Journal Title: edited by M. Tokuyama & I. Oppenheim Pages: 358-359
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structure of the bacterial flagellar hook and implication for the molecular universal joint mechanism (2004)
  • Author(s): Fadel A. Samatey, Hideyuki Matsunami, Katsumi Imada, Shigehiro Nagashima, Tanvir R. Shaikh, Dennis R. Thomas, James Z. Chen, David J. De Rosier, Akio Kitao, Keiichi Namba
  • Journal Title: Nature 431 Pages: 1062-1068
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular simulation study to examine the possibility of detecting collective motion in protein by inelastic neutron scattering (2004)
  • Author(s): Yasumasa Joti, Akio Kitao, Nobuhiro Go
  • Journal Title: Physica B 350
• [Journal Article] Molecular simulation study to examine the possibility of detecting collective motion in protein by inelastic neutron scattering (2004)
  • Author(s): Yasumasa Joti
  • Journal Title: Physica B 350
• [Journal Article] Structure of the bacterial flagellar hook and implication for the molecular universal joint mechanism (2004)
  • Author(s): FA.Samatey
  • Journal Title: Nature 431 Pages: 1062-1068
• [Journal Article] Slow Protein Dynamics to be detected in Inelastic Neutron Scattering Spectra Studied by Molecular Simulations (2004)
  • Author(s): Yasumasa Joti
  • Journal Title: Proceedings of 3^<rd> International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems Pages: 358-359
• [Presentation] タンパク質が引き起こす生体膜変形のダイナミクス(注:シンポジウムの概略説明含む) (2010)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 日本物理学会第65回年次大会
  • Place of Presentation: 岡山大学 津島キャンパス(岡山県)
  • Year and Date: 2010-03-20
• [Presentation] 中性子非弾性散乱によるタンパク質の低エネルギーダイナミクスに対する水和効果 (2010)
  • Author(s): 中川洋
  • Organizer: 日本物理学会第65回年次大会
  • Place of Presentation: 岡山大学 津島キャンパス(岡山県)
  • Year and Date: 2010-03-20
• [Presentation] いくつかの蛋白質でのリガンド結合に伴う構造変化の詳細メカニズム (2010)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 量子生命フロンティア研究特定ユニット第8回勉強会
  • Place of Presentation: 日本原子力研究機構システム計算科学センター(東京都)
  • Year and Date: 2010-03-17
• [Presentation] 細菌べん毛モーター固定子複合体MotA/MotBの分子モデリング (2010)
  • Author(s): 西原泰孝
  • Organizer: 2009年度べん毛研究交流会
  • Place of Presentation: 松風園(愛知県)
  • Year and Date: 2010-03-15
• [Presentation] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス (2010)
  • Author(s): 竹村和浩
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第4回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
  • Year and Date: 2010-03-04
• [Presentation] 粗視化モデルと全原子モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法 (2010)
  • Author(s): 原田隆平
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第4回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
  • Year and Date: 2010-03-04
• [Presentation] 生体超分子の立体構造変化と機能 (2010)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 分野間連携プロジェクト「巨大計算の新手法の開発と分子・物質シミュレーション中核拠点の形成」第6回連携研究会及成果報告
  • Place of Presentation: 分子科学研究所研究棟301(愛知県)
  • Year and Date: 2010-02-15
• [Presentation] 分子シミュレーションによるテラヘルツ領域での蛋白質ダイナミクス-計算による中性子散乱・テラヘルツ分光スペクトル- (2010)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 第1回テラールレツーバイオ研究会
  • Place of Presentation: 情報通信研究機構神戸研究所未来ICT研究センター(兵庫県)
  • Year and Date: 2010-02-08
• [Presentation] 大規模分子動力学によるバイオナノマシンの機能シミュレーション (2010)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: スーパーコンピューターワークショップ2010「大規模並列分子シミュレーションの最前線」
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
  • Year and Date: 2010-01-13
• [Presentation] 集団座標による分子シミュレーションの解析 (2009)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 第5回分子・物質シミュレーション中核拠点形成事業人材育成講座「第3回分子シミュレーションスクール」
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
  • Year and Date: 2009-12-15
• [Presentation] 中性子散乱と分子シミュレーションによる蛋白質の立体構造ダイナミクス-現状と今後への期待- (2009)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: JSNS2009-中性子科学会/第9回年会
  • Place of Presentation: いばらき量子ビーム研究センター(茨城県)
  • Year and Date: 2009-12-09
• [Presentation] 細菌べん毛モーター固定子MotA/MotB複合体の構造モデリング (2009)
  • Author(s): 西原泰孝
  • Organizer: 生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構第6回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
  • Year and Date: 2009-12-02
• [Presentation] I-BARドメインの脂質膜結合過程 (2009)
  • Author(s): 竹村和浩
  • Organizer: 生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構 第6回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
  • Year and Date: 2009-12-02
• [Presentation] 生体超分子機能解明のための大規模分子シミュレーション (2009)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構 第6回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
  • Year and Date: 2009-12-01
• [Presentation] 独立部分空間分析によるタンパク質集団運動の解析 (2009)
  • Author(s): 桜庭俊
  • Organizer: 第23回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 中小企業振興会館吹上ホール(愛知県)
  • Year and Date: 2009-11-30
• [Presentation] タンパク質ダイナミクスと機能における水和の役割 (2009)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 理研シンポジウム「動的水和構造と分子過程研究会III」
  • Place of Presentation: 理化学研究所 Spring8 上坪講堂(兵庫県)
  • Year and Date: 2009-11-25
• [Presentation] バイオ分子間相互作用形態の階層的モデリング (2009)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: JST-CREST「マルチスケール・マルチフィジックス現象の統合シミュレーション」研究領域 平成21年度 公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 東洋大学(東京都)
  • Year and Date: 2009-11-12
• [Presentation] I-BARドメインの膜結合分子ダイナミクス (2009)
  • Author(s): 竹村和浩
  • Organizer: 第47回2009年度日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: アスティとくしま(徳島県)
  • Year and Date: 2009-11-01
• [Presentation] 蛋白質の調和運動と非調和運動に対する水和効果 (2009)
  • Author(s): 中川洋
  • Organizer: 第47回200年度日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: アスティとくしま(徳島県)
  • Year and Date: 2009-11-01
• [Presentation] The effect of bound water molecules on binding orientations in DCK2 inhibitors (2009)
  • Author(s): Raghunadha Reddy Burri
  • Organizer: 第47回2009年度日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: アスティとくしま(徳島県)
  • Year and Date: 2009-10-30
• [Presentation] Seeing is believing : コンピューターでみてわかるバイオ分子 (2009)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 夏の学校2009「日本バイオインフォマティクス学会」
  • Place of Presentation: 時の栖(静周県)
  • Year and Date: 2009-09-13
• [Presentation] Motional correlation in protein dynamics (2009)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: Telluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics
  • Place of Presentation: Telluride/CO(USA)
  • Year and Date: 2009-08-05
• [Presentation] I-BARドメインの脂質膜結合過程 (2009)
  • Author(s): 竹村和浩
  • Organizer: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回ワークショップ
  • Place of Presentation: 湘南国際村センター(神奈川県)
  • Year and Date: 2009-07-27
• [Presentation] 粗視化モデルと全原子モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発 (2009)
  • Author(s): 原田隆平
  • Organizer: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回ワークショップ
  • Place of Presentation: 湘南国際村センター(神奈川県)
  • Year and Date: 2009-07-27
• [Presentation] Multi-scale dynamics of protein complex formation (2009)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
  • Place of Presentation: The Univ.of Tokyo ; Sanjo Conference Hall(Tokyo)
  • Year and Date: 2009-07-16
• [Presentation] Flexible protein-protein docking investigations on Cc-COX complex (2009)
  • Author(s): Hao Guo
  • Organizer: International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
  • Place of Presentation: The Univ.of Tokyo ; Sanjo Conference Hall(Tokyo)
  • Year and Date: 2009-07-14
• [Presentation] 分子シミュレーションで探るバイオの世界:蛋白質から生体超分子まで (2009)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 公開セミナー「第19回バイオインフォマティクスーの招待」
  • Place of Presentation: お茶の水女子大学理学部 2号館(東京都)
  • Year and Date: 2009-06-25
• [Presentation] X線散漫散乱による生体分子の動的構造決定に向けた理論基盤の構築 (2009)
  • Author(s): 城地保昌
  • Organizer: 第4回特定領域研究「革新的ナノバイオ」班会議
  • Place of Presentation: 万国津梁館(沖縄県)
  • Year and Date: 2009-06-18
• [Presentation] Effect of Simulation Box Size and Water Model on Protein Internal Dynamics (2009)
  • Author(s): 竹村和浩
  • Organizer: 特定領域研究「高次系分子科学」第3回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京工業大学 西9号館ディジタル多目的ホール(東京都)
  • Year and Date: 2009-06-05
• [Presentation] Cellプロセッサを用いた編集距離計算の高速化 (2009)
  • Author(s): 桜庭俊
  • Organizer: SACSIS2009(先進的計算基盤システムシンポジウム)
  • Place of Presentation: 広島国際会議場(広島県)
  • Year and Date: 2009-05-28
• [Presentation] A Combined Knowledge Based Scoring Function for Protein-Protein Docking (2009)
  • Author(s): 郭皓
  • Organizer: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
  • Year and Date: 2009-05-22
• [Presentation] ミオグロビン内のリガンド移動に連動したタンパク質の集団運動 (2009)
  • Author(s): 西原泰孝
  • Organizer: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
  • Year and Date: 2009-05-20
• [Presentation] タンパク質の分子運動におけるシミュレーションボックスサイズと水モデルの影響 (2009)
  • Author(s): 竹村和浩
  • Organizer: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
  • Year and Date: 2009-05-20
• [Presentation] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発 (2009)
  • Author(s): 原田隆平
  • Organizer: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
  • Year and Date: 2009-05-20
• [Presentation] 分子シミュレーションで探る蛋白質のテラヘルツ時間領域分光データ (2009)
  • Author(s): 城地保昌
  • Organizer: 日本物理学会2009年第64回年次大会
  • Place of Presentation: 立教大学/東京都豊島区
  • Year and Date: 2009-03-28
• [Presentation] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発 (2009)
  • Author(s): 原田隆平
  • Organizer: 第64回日本物理学会2009年次大会
  • Place of Presentation: 立教大学/東京都豊島区
  • Year and Date: 2009-03-27
• [Presentation] Dynamics of Protein Hydration Water Studied from The Simulated Coherent Neutron Scatterring Snectra (2009)
  • Author(s): Joti, Yasumasa
  • Organizer: 特定領域「水と生体分子」成果取りまとめシンポジウム&新学術領域「揺らぎと生体機能」第2回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター/愛知県岡崎市
  • Year and Date: 2009-03-16
• [Presentation] Structure and Dynamics of The Protein Hydration Water at The Protein Dynamical Transition (2009)
  • Author(s): Nakagawa, Hiroshi
  • Organizer: 特定領域「水と生体分子」成果取りまとめシンポジウム&新学術領域「揺らぎと生体機能」第2回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター/愛知県岡崎市
  • Year and Date: 2009-03-16
• [Presentation] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス (2009)
  • Author(s): 竹村和浩
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェア説明会
  • Place of Presentation: 学士会館/東京都千代田
  • Year and Date: 2009-03-11
• [Presentation] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス (2009)
  • Author(s): 竹村和浩
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミ・ユレーションソフトウェアの研究開発 ; 第3回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター/愛知県岡崎市
  • Year and Date: 2009-03-05
• [Presentation] バクテリオファージT4の感染初期過程 (2009)
  • Author(s): 二島渉
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 ; 第3回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター/愛知県岡崎市
  • Year and Date: 2009-03-05
• [Presentation] Free Energy Landscape of Biomolecules from Multiple Non-Equilibrium Molecular Simulations (2009)
  • Author(s): Sakuraba, Shun
  • Organizer: Biophysical Society's 53rd Annual Meeting
  • Place of Presentation: The Boston Convention and Exhibition Center / USA, Boston
  • Year and Date: 2009-03-03
• [Presentation] Linear Response of Biomolecules To External Perturbations : Revisit Induce-fit (2009)
  • Author(s): Yang, Lee-Wei
  • Organizer: Biophysical Society's 53rd Annual Meeting
  • Place of Presentation: The Boston Convention and Exhibition Center / USA, Boston
  • Year and Date: 2009-03-01
• [Presentation] Characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins (2009)
  • Author(s): Kitao, Akio
  • Organizer: Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences-Experi ments and Simulations
  • Place of Presentation: KIAS / KOREA, Soul
  • Year and Date: 2009-02-28
• [Presentation] 大規模分子シミュレーションの現状と細菌べん毛系の機能研究 (2009)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 連続研究会「イオンチャンネル」
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター/愛知県岡崎市
  • Year and Date: 2009-02-17
• [Presentation] T4ファージ蛋白質gp5の脂質2重膜貫通シミュレーション (2009)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 次世代スパコン「ナノ統合拠点」連続研究会-ウイルス分子科学-
  • Place of Presentation: 東京大学/東京都文京区
  • Year and Date: 2009-01-06
• [Presentation] 膜変形蛋白質ドメインの分子ダイナミクス (2008)
  • Author(s): 竹村和浩
  • Organizer: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: つくば国際会議場/茨城県つくば市
  • Year and Date: 2008-12-19
• [Presentation] 超並列計算機に適した生体分子シミュレーション法の開発 (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構1第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: つくば国際会議場/茨城県つくば市
  • Year and Date: 2008-12-18
• [Presentation] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発 (2008)
  • Author(s): 原田隆平
  • Organizer: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: つくば国際会議場/茨城県つくば市
  • Year and Date: 2008-12-18
• [Presentation] レア・イベントとしてのタンパク質ダイナミクスと複合体形成 (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 第46回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • Year and Date: 2008-12-05
• [Presentation] 分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化 (2008)
  • Author(s): 城地保昌
  • Organizer: 第46回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • Year and Date: 2008-12-05
• [Presentation] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系の効率的自由エネルギー地形探索 (2008)
  • Author(s): 原田隆平
  • Organizer: 第46回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • Year and Date: 2008-12-05
• [Presentation] 蛋白質動力学転移における水和水の構造とダイナミクス (2008)
  • Author(s): 中川洋
  • Organizer: 第46回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • Year and Date: 2008-12-05
• [Presentation] 膜変形タンパク質ドメインの分子ダイナミクス (2008)
  • Author(s): 竹村和浩
  • Organizer: 第46回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • Year and Date: 2008-12-04
• [Presentation] 時間依存・非依存線形応答理論を用いた誘導適合のメカニズムの解析 (2008)
  • Author(s): 楊立威
  • Organizer: 第46回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • Year and Date: 2008-12-04
• [Presentation] ミオグロビン内のリガンド移動の解析 : 線形応答理論と主成分解析の応用 (2008)
  • Author(s): 西原泰孝
  • Organizer: 第46回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • Year and Date: 2008-12-03
• [Presentation] タンパク質表面の水和水のネットワーク形成とダイナミクス (2008)
  • Author(s): 中川洋
  • Organizer: 日本中性子科学会第8回年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学/愛知県名古屋市
  • Year and Date: 2008-12-01
• [Presentation] Independent subspace Analysisによるタンパク質の非線形モードの解析 (2008)
  • Author(s): 桜庭俊
  • Organizer: 第22回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 岡山大学/岡山県岡山市
  • Year and Date: 2008-11-17
• [Presentation] Induce-fit Revisit : Protein Conformational Changes in. Response to External Perturhatinns (2008)
  • Author(s): Yang, Lee-Wei
  • Organizer: Examined Using Linear Response Theories (LRT), InCoB 2008
  • Place of Presentation: National Yang Ming UniVersi ty / TAIWAN, Taipei
  • Year and Date: 2008-10-23
• [Presentation] バイオ分子間相互作用形態の階層的モデリング (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 戦略的創造研究推進事業CREST平成20年度公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 東洋大学/東京都文京区
  • Year and Date: 2008-10-20
• [Presentation] A New Flexible Protein-Protein Docking Method (2008)
  • Author(s): Guo, Hao
  • Organizer: CREST Annual Meeting, University of Tokyo
  • Place of Presentation: 東京大学/東京都文京区
  • Year and Date: 2008-10-20
• [Presentation] A New Hierarchic Protein-Protein Docking Method (2008)
  • Author(s): Guo, Hao
  • Organizer: Life Science Research in University of Tokyo
  • Place of Presentation: 東京大学/東京都文京区
  • Year and Date: 2008-09-23
• [Presentation] 分子シミュレーションと中性子干渉性散乱による蛋白質表面における水の集団運動の観察 (2008)
  • Author(s): 城地保昌
  • Organizer: 日本物理学会2008年秋季大会
  • Place of Presentation: 岩手大学/岩手県盛岡市
  • Year and Date: 2008-09-22
• [Presentation] Effect of hydration, temperature and pressure on protein dynamics (2008)
  • Author(s): Kitao, Akio
  • Organizer: 5^<th> International HPBB 2008
  • Place of Presentation: Scripps Inst.of Oceanography/ California, USA
  • Year and Date: 2008-09-15
• [Presentation] 蛋白質gp5三量体の脂質2重膜貫通シミュレーション (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第4回ワークショップ
  • Place of Presentation: 淡路夢舞台国際会議場/兵庫県淡路市
  • Year and Date: 2008-06-18
• [Presentation] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系の新規自由エネルギー計算手法の開発 (2008)
  • Author(s): 原田隆平
  • Organizer: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第4回ワークショップ
  • Place of Presentation: 淡路夢舞台国際会議場/兵庫県淡路市
  • Year and Date: 2008-06-16
• [Presentation] 分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化 (2008)
  • Author(s): 城地保昌
  • Organizer: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: タワーホール船掘/東京都江戸川区
  • Year and Date: 2008-06-10
• [Presentation] 二面角遷移に基づくタンパク質立体構造変化の解析方法 (2008)
  • Author(s): 二島渉
  • Organizer: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: タワーホール船掘/東京都江戸川区
  • Year and Date: 2008-06-10
• [Presentation] MDシミュレーションを用いたユビキチン主鎖N-HダイナミクスとNMR緩和 (2008)
  • Author(s): 竹村和浩
  • Organizer: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: タワーホール船掘/東京都江戸川区
  • Year and Date: 2008-06-10
• [Presentation] Molecular simulation study to examine the possibility of detecting protein conformational motions by coherent neutron scattering (2008)
  • Author(s): Joti, Yasumasa
  • Organizer: The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation integrated Nanoscience
  • Place of Presentation: 日本科学未来館 /東京都江東区
  • Year and Date: 2008-06-05
• [Presentation] Molecular Mechanisms That Control Structure of Flexible Bio-nanomachines (2008)
  • Author(s): Kitao, Akio
  • Organizer: The 1st International Conference of the Grand Challen ge to Next-Generation Integrated Nanoscience
  • Place of Presentation: 日本科学未来館/東京都江東区
  • Year and Date: 2008-06-04
• [Presentation] NMR Relaxation and backbone N-H dynamics of Ubiquitin Insight from Molecular Dynamics Simulation (2008)
  • Author(s): Takemura, Kazuhiro
  • Organizer: The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience
  • Place of Presentation: 日本科学未来館/東京都江東区
  • Year and Date: 2008-06-04
• [Presentation] Multiple Markov transition Matrix Method : Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations (2008)
  • Author(s): Sakuraba, Shun
  • Organizer: The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience
  • Place of Presentation: 日本科学未来館/東京都江東区
  • Year and Date: 2008-06-04
• [Presentation] やわらかい生体分子が形を制御する仕組み (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 東大/駒場/2008年度物性セミナー
  • Place of Presentation: 東京大学/東京都文京区
  • Year and Date: 2008-05-23
• [Presentation] 【招待講演】 分子シミュレーションで探る生体高分子系のダイナミクス (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 応用物理学関係連合講演会
  • Place of Presentation: 千葉県 船橋市日本大学理工学部
  • Year and Date: 2008-03-27
• [Presentation] 【ポスター】マルコフ遷移行列から決定する生体分子の自由エネルギー面 (2008)
  • Author(s): 櫻庭 俊、北尾彰朗
  • Organizer: 日本物理学会2008春季大会
  • Place of Presentation: 大阪府 東大阪市 近畿大学
  • Year and Date: 2008-03-23
• [Presentation] 【招待溝演】大規模計算機シミュレーションで探る生体超分子構造形成から分子機能まで (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 第24回ライフサイエンス&HPC天城セミナー
  • Place of Presentation: 静岡県 伊豆市天城ホームステッド
  • Year and Date: 2008-03-21
• [Presentation] 【招待溝演】大規模計算機シミュレーションで探る生体超分子構造形成から分子機能まで (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: ナノテク研究会;平成19年度シンポジウム「近未来ナノテクノロジ技術シーズ」
  • Place of Presentation: 群馬県 桐生市群馬大学工学部
  • Year and Date: 2008-03-19
• [Presentation] 【ポスター】分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化 (2008)
  • Author(s): 城地保昌、北尾彰朗
  • Organizer: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • Year and Date: 2008-03-05
• [Presentation] 【ポスター】全原子モデルと粗視化モデルを組み合わせた生体高分子系のマルチスケールシミュレーション (2008)
  • Author(s): 原田隆平、北尾彰朗
  • Organizer: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • Year and Date: 2008-03-05
• [Presentation] 【ポスター】マルコフ遷移行列から決定する生体分子の自由エネルギー面 (2008)
  • Author(s): 櫻庭 俊、北尾彰朗
  • Organizer: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • Year and Date: 2008-03-05
• [Presentation] 【ポスター】バクテリオファージT4の感染初期過程 (2008)
  • Author(s): 二島 渉、金丸周司、有坂文雄、北尾彰朗
  • Organizer: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • Year and Date: 2008-03-05
• [Presentation] 【招待講演】大規模分子動力学シミュレーションで探るべん毛繊維とフックの構造多型 (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 2008べん毛研究流会ICORP超分子ナノマシンプロジェクト終了報告会
  • Place of Presentation: 京都府 京都市関西セミナーハウス
  • Year and Date: 2008-03-04
• [Presentation] 【ポスター】タンパク質拡散運動における水モデルとシミュレーションボックスサイズの影響 (2008)
  • Author(s): 竹村和浩、北尾彰朗
  • Organizer: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • Year and Date: 2008-03-04
• [Presentation] 【招待講演】大規模分子動力学法による生体超分子の立体構造変化と機能 (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: スーパーコンピューターワークショップ2008大規模計算と分子のダイナミクス
  • Place of Presentation: 愛知県 岡崎市岡崎コンファレンスセンター
  • Year and Date: 2008-02-18
• [Presentation] 【ポスター】タンパク質拡散における水モデルとシミュレーションボックスサイズ (2008)
  • Author(s): 竹村和浩、北尾彰朗
  • Organizer: スーパーコンピューターワークショップ2008大規模計算と分子のダイナミクス
  • Place of Presentation: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • Year and Date: 2008-02-18
• [Presentation] 【口頭】生体超分子の立体構造変化と機能 (2008)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 第4回連携研究会;分野間連携プロジェクト「巨大計算新手法の開発と分子・物質シミュレーション中核拠点の形成
  • Place of Presentation: 愛知県 岡崎市自然科学研究機構
  • Year and Date: 2008-02-13
• [Presentation] 【ポスター】Hydration effects on protein dynamics studied by moleculardynamics simulation of a crystalline (2008)
  • Author(s): 城地保昌、北尾彰朗
  • Organizer: 第5回「水と生体分子」公開ワークショップ
  • Place of Presentation: 奈良県 奈良市 奈良県新公会堂
  • Year and Date: 2008-01-24
• [Presentation] 【ポスター】Effects of water model and simulation box size on protein diffusional motions (2008)
  • Author(s): 竹村和浩、北尾彰朗
  • Organizer: 第5回「水と生体分子」公開ワークショップ
  • Place of Presentation: 奈良県 奈良市 奈良県新公会堂
  • Year and Date: 2008-01-24
• [Presentation] 同時ブロック対角比に基づく非線形相関モードの抽出 (2008)
  • Author(s): 桜庭俊
  • Organizer: 計算科学研究センターワークショップ「次世代理論化学の新展開と超並列計算への挑戦」
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター/愛知県岡崎市
  • Year and Date: 2008-01-19
• [Presentation] 【ポスター】Molecular Dynamics Simulations of the Periplasmic Glutamine Binding Protein (2008)
  • Author(s): Hannes H. Loeffler、北尾彰朗
  • Organizer: Biomolecular Simulation 2008:frontiers of biomolecular
  • Place of Presentation: Bristrol Zoo, UK
  • Year and Date: 2008-01-07
• [Presentation] 【口頭】タンパク質ユビキチンのNMR緩和と分子シミュレーション (2007)
  • Author(s): 竹村和浩、北尾彰朗
  • Organizer: 第45回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 神奈川県 横浜市パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-21
• [Presentation] 【口頭】生体分子の自由エネルギー地形の解析 (2007)
  • Author(s): 櫻庭 俊、北尾彰朗
  • Organizer: 第45回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 神奈川県 横浜市パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-21
• [Presentation] 【口頭】Dynomics portal-An integral effort on developing and organizing dynamics web servers/databases (2007)
  • Author(s): Yang Lee-Wei、二島 渉、北尾彰朗
  • Organizer: 第45回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 神奈川県 横浜市パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-21
• [Presentation] 【口頭】バクテリオファージT4の感染初期過程 (2007)
  • Author(s): 二島 渉、金丸周司、有坂文雄、北尾彰朗
  • Organizer: 第45回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 神奈川県 横浜市パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-21
• [Presentation] 【口頭】aPCA analysis of NMR on ubiquitin proteins and the webserver tool (2007)
  • Author(s): Yang Lee-Wei、Eran Eyal、Lvet Bahar、北尾彰朗
  • Organizer: 第45回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 神奈川県 横浜市パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-21
• [Presentation] 【ポスター】分子シミュレーションと中性子干渉性散乱で探る蛋白質の協奏的運動 (2007)
  • Author(s): 城地保昌、北尾彰朗
  • Organizer: 第45回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 神奈川県 横浜市 パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-21
• [Presentation] 【招待講演】Conformational changes inproteins and nucleic acids which constitute biological macro-molecules (2007)
  • Author(s): Akio Kitao
  • Organizer: Japan-UK Symposium
  • Place of Presentation: 神奈川県 横浜市パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-20
• [Presentation] 【ポスター】粗視化シミュレーションと並列全原子シミュレーションを組み合わせた生体高分子系の効率的構造空間探索 (2007)
  • Author(s): 原田隆平、北尾彰朗
  • Organizer: 特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 大阪府 豊中市千里ライフサイエンスセンター
  • Year and Date: 2007-12-18
• [Presentation] 【ポスター】細菌べん毛蛋白質flagellinのアンフォールディングシミュレーション:繊維形成過程の理解を目指して (2007)
  • Author(s): Chng Choon-peng、北尾彰朗
  • Organizer: 特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 大阪府 豊中市 千里ライフサイエンスセンター
  • Year and Date: 2007-12-18
• [Presentation] 【ポスター】バクテリオファージT4の感染初期過程シミュレーション (2007)
  • Author(s): 二島 渉、金丸周司、有坂文雄、北尾彰朗
  • Organizer: 特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 大阪府 豊中市千里ライフサイエンスセンター
  • Year and Date: 2007-12-08
• [Presentation] 【招待講演】サブマイクロ秒領域での蛋白質に揺らぎと機能 (2007)
  • Author(s): 北尾彰朗
  • Organizer: 第一回論理創薬研究会
  • Place of Presentation: 岐阜県 岐阜市岐阜大学医学部
  • Year and Date: 2007-12-05
• [Presentation] 【招待講演】Role of energy frustration in function of protein and supramolecule (2007)
  • Author(s): Akio Kitao
  • Organizer: The 7th KIAS-Soongsil Conference on Protein Structure and Function
  • Place of Presentation: Soongsil University, Seoul, KOREA
  • Year and Date: 2007-10-04
• [Presentation] 【口頭】Dynomics era: How inforamation on conformational dynamics can be used to gain a deeper understanding of biological events at the molecular level? (2007)
  • Author(s): yang Lee-Wei, A. J. Rader, Eran Eyal, Xiong Liu, Christopher J. Jursa, Chakra Chennubhotla, Mark Holliman, Shann Ching Chen
  • Organizer: ISMB/ECCB2007
  • Place of Presentation: Vienna, Austria
  • Year and Date: 2007-07-22
• [Presentation] 【ポスター】Dynomics Era: Efforts in constructing a PDB-commensurate dynamics database and web servers-How dynamics data can be of use to gain insights into biomolecular function? (2007)
  • Author(s): Yang Lee-Wei, A. J. Rader, Eran Eyal, Xiong Liu, Christopher J. Jursa, C hakra Chennubhotla, Mark Holliman, Shann Ching Chen
  • Organizer: SMB/ECCB2007, Vienna Austria, July 2007.
  • Place of Presentation: Vienna, Austria
  • Year and Date: 2007-07-22
• [Presentation] 【ポスター】The dynamic predisposition of (the location of) enzyme active sites (2007)
  • Author(s): Yang Lee-Wei, Akio Kitao, Ivet Bahar
  • Organizer: AFP/Biosapien
  • Place of Presentation: Vienna, Austria
  • Year and Date: 2007-07-19
• [Presentation] 【ポスター】バクテリオファージT4の感染機構 (2007)
  • Author(s): 二島 渉、金丸周司、有坂文雄、北尾彰朗
  • Organizer: 第3回生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構
  • Place of Presentation: 静岡県 熱海市ホテルニューアカオ
  • Year and Date: 2007-07-11
• [Presentation] 【ポスター】生体分子の自由エネルギー地形の解析 (2007)
  • Author(s): 櫻庭 俊、北尾彰朗、有坂文雄
  • Organizer: 第3回生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構
  • Place of Presentation: 静岡県 熱海市ホテルニューアカオ
  • Year and Date: 2007-07-11
• [Presentation] 【招待講演】Polymorphic Supercoiling Mechanism of Bacterial Flagellar Filament and Hook (2007)
  • Author(s): Akio Kitao
  • Organizer: Theoretical Colloquia Series
  • Place of Presentation: Los Alamos, USA
  • Year and Date: 2007-06-21
• [Presentation] 【ポスター】分子シミュレーションによるタンパク質分子間ドッキング計算手法の開発 (2007)
  • Author(s): 竹村和浩、北尾彰朗
  • Organizer: 第7回日本蛋白質科学会
  • Place of Presentation: 宮城県 仙台市仙台国際センター
  • Year and Date: 2007-05-24
• [Presentation] 【ポスター】バクテリオファージT4尾部の膜貫通機構 (2007)
  • Author(s): 二島 渉、金丸周司、有坂文雄、北尾彰朗
  • Organizer: 第7回日本蛋白質科学会
  • Place of Presentation: 宮城県 仙台市仙台国際センター
  • Year and Date: 2007-05-24
• [Book] Extension of the Normal Mode Concept: Principal Component Analysis, Jumping-Among-Minima Model and their Applicaions to Experimental Data Analysis(edited by Qiang Cui & lvet Bahar, in Normal Mode Analysis: Theory and Applications to Biological and Chemical Systems, Chapter 12) (2006)
  • Author(s): Akio Kitao
• [Book] Normal Mode Analysis : Theory and Applications to Biological and Chemical Systems, Chapter 12 (2006)
  • Author(s): Akio Kitao
  • Total Pages: 406
  • Publisher: Chapman & Hall/CRC
• [Remarks]
  • URL: http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/MolDes/
• [Remarks]
  • URL: http://dynamics.iam.u-tokyo.ac.jp/
• [Remarks]
  • URL: http://dynamics.iam.u-tokyo.ac.jp/
• [Remarks]
  • URL: http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/MolDes/